Au cours d'une soirée tout à fait normale, Ryûhei Oda s'endort et se retrouve plongé dans un rêve où de mystérieuses créatures l'attaquent ! À son réveil, il est loin de se douter que tout ça était bien réel. C'est alors qu'il fait la rencontre de deux énigmatiques personnages, portant le rôle de « Knocker-up »...

Désormais au courant de ce qui se passe autour de lui, Ryûhei n'a qu'une idée en tête, trouver des indices qui l'aideront à éclaircir le mystère qui lie la mort de son frère à l'existence des Weird. Pendant ce temps, il fait la connaissance d'Ibusaki, une élève sans histoire au premier abord, mais qui porte en réalité un lourd fardeau…

En dehors de son rôle de Knocker-up, Aruto est en apparence un jeune adolescent tout ce qu'il y a de plus normal. Pourtant, Ryûhei remarque quelque chose chez le garçon qui l'interpelle. En effet, derrière ses airs de jeune rebelle, Aruto semble porter un bien lourd fardeau.

Tandis que notre groupe de Knocker-up mène l'enquête sur le trafic de Somnium Drops, un meurtre horrible est commis dans la ville de Ryûhei. Ce crime qui semblait n'être qu'une affaire sordide parmi tant d'autres va pourtant prendre plus d'ampleur que prévu. Entre-temps, notre héros découvre de nouvelles pistes sur la mort de son frère.

Au cours d'une semaine chargée à combattre les Desaria, Rena remarque que quelqu'un les observe, alors même que les souvenirs de la foule sont censés être effacés. Le groupe se lance alors à la poursuite de l'individu et découvre qu'il s'agit en réalité d'une jeune fille prénommée Kazuha, poursuivie par le Culte.

Après l'attaque du hangar, le groupe de Knocker-up est encore sous le choc. Tandis que Jessica émet une hypothèse quant aux récents événements, deux nouveaux personnages font leur apparition à Shibuya. Ces derniers semblent être à la recherche de Tris, avec qui ils sont étroitement liés. Mais quel est leur but ?

Alors que le groupe de Knocker-up poursuit un Desaria, Eru, Ryûhei et Randô se retrouvent coincés dans un ascenseur. Si au départ, la tension se fait ressentir entre ces deux derniers, le moment est peut-être venu l'un comme pour l'autre de se parler et apprendre à se connaître. D'autant que Randô semble détenir des informations qui pourraient aider notre héros à éclaircir la mort de son frère.

Une journée comme les autres semble passer pour nos héros, sans aucun Traumerei en vue. Pourtant, quelque chose semble étrange, comme une sensation de déjà vu, l'impression que la journée se répète… Est-ce le fruit de leur imagination, ou y a-t-il un Rêveur derrière tout ça ?

Ryûhai arrive à l'école en trouvant une surprise dans son casier : une lettre d'amour ! Quelle n'est pas la surprise du jeune homme de savoir que quelque part dans son lycée, une personne nourrit des sentiments à son égard. Bien déterminé à lui rendre la pareille, il accepte le rendez-vous qu'on lui donne, mais tout ne se passe pas comme prévu…

Après les révélations sur son meilleur ami, Ryûhei se trouve en état de choc. Ses amis s'inquiètent pour lui, mais se posent également sur les motivations qui ont poussé Murase à agir ainsi. Tandis que de son côté, notre héros se met en quête de réponses, il tombe nez à nez sur son ancien ami. L'heure ne semble désormais plus à la discussion…

Ryûhei est désormais plongé au cœur du Traumerei après avoir avalé le somnium drop que lui a donné son ami, et le voici désormais en face du maître du Culte. Ce dernier lui révèle alors son vrai visage, ce qui trouble grandement notre héros. Pendant ce temps, ses amis essaient de le rejoindre, mais arriveront-ils à le retrouver avant qu'il ne soit trop tard ?

Rena, qui était possédée par le Desaria, reprend finalement ses esprits grâce à l'intervention de Ryûhei. Ce dernier est néanmoins très mal en point et n'est plus en état de combattre. Tandis que la bataille finale est sur le point de débuter, notre héros se retrouve nez à nez avec une personne qu'il ne pensait plus jamais revoir.