초등학생 때 다정하고 동경하던 존재였던 형의 의문의 죽음을 목격한 류헤이는 지금은 주위에서 그런 악몽 같은 일을 겪었다는 것을 눈치채지 못할 정도로 쾌활한 고등학생이 되었다. 신기한 생물 트리스에게 물린 날 밤 평소와 다른 꿈을 꾼다. 다가오는 이형의 존재와 싸우는 검은 옷을 입은 이들. 그리고 괴현상에 농락당하던 류헤이는 결국 현실의 시부야에서 이형의 존재를 목격하게 되는데.

시부야의 괴샂건의 원인이 된 톱 게이머의 이마에 나타난 기호는 류헤이의 형이 죽은 사건 현장에 남겨진 것과 같은 것이었다. 싸우고 있던 것은 제시카와 아루토. 이형의 괴물은 '위어드'라는 사실을 자신을 신의 사자라고 칭하는 트리스에게 듣지만 수수께끼는 더욱 커진다. 어느 날 류헤이의 소꿉친구인 레나는 거리에서 평소와 다르게 걱정이 있어 보이는 반 친구 에리를 발견하는데.

초등학생이지만 노커업으로서 뛰어난 능력을 가지고 있으며 모두의 앞에서는 어른 흉내를 내며 건방지게 굴지만 쾌활한 아루토. 하지만 가끔씩 보이는 아루토의 눈을 보고 류헤이는 자신과 공통되는 그늘이 있음을 느낀다. 함께 위어드와 싸우면서도 서로에 대해서 잘 모르는 관계. 아루토를 내버려 둘 수 없는 류헤이는 아루토에 대한 동정이 아닌 자신의 마음을 부딪치는데.

싸우는 것이 전부가 아니다. 류헤이의 기지와 행동력으로 더욱 깊게 이어진 노커업들. 제시카의 지시로 다시 자신들의 능력으로 싸워야 하는 상대에 대해 분석, 조사한다. 적의 목적, 솜니움드롭, 그리고 아이리가 들었던 목소리, 그 목소리의 주인은? 그러던 중 거리의 전광판에서 비극적인 사건에 대한 뉴스가 보도되는데.

솜니움드롭에 삼켜진 '유메미테'와 관련한 사건들이 다수 발생한다. 아루토가 조사한 시부야를 거점으로 활동하는 수수께끼의 교단. 더욱 활발하게 활동하기 시작한 그들의 의도는 무엇인가? 전투가 한창인 와중에 레나는 어떤 소녀의 존재를 눈치챈다. '데자리아'의 기억이 남아있는 그녀는, 자신이 교단과 관계가 있다고 말하며, 료헤이 일행에게 도움을 요청하는데.

자신을 하이브리드라고 말했던 카즈하의 충격적인 죽음을 목격한 류헤이 일행. 자신들이 싸워야 하는 교단이 상상 이상으로 강대하며, '인간이 아닌 자'가 존재한다는 것을 인정할 수밖에 없었다. 어느 날 항상 모이는 장소인 공원에서 고등학생 남녀와 만난 류헤이와 레나. 류헤이는 왠지 두 사람을 만난 적이 있는 듯한 느낌이 들었는데.

유라지마에서 온 란도, 에루와 만나 류헤이 일행은 시부야의 사건과 섬이 전혀 무관하지 않다는 것을 알게 된다. 고향에 대한 강한 애착으로 자꾸 충돌하는 류헤이와 란도는 데자리아가 나타났을 때 에루와 함께 엘리베이터 안에 갇히게 된다. 전투에서 벗어난 동안 에루가 이야기해주는 섬의 오래된 전승 속에 등장하는 '카즈하 무덤'이라는 이름을 듣고 류헤이는 경악하는데.

형이 남긴 다잉 메시지의 기호가 유라지마의 고문서, 선사시대의 벽화 등에도 그려져 있으며 한때 지구를 지배했던 사악한 존재들과 관련이 있다는 것을 알게 된 류헤이. 위어드와 싸우는 동안에도 일상의 시간은 조금씩 흘러 고등학교에서는 진로 지도가 시작되는 시기가 되었다. 그리고 류헤이, 레나, 에리에게 저항할 수 없는 불가사의한 현상이 일어나는데.

카즈하의 죽음 이후 교단의 그림자에 가까워짐에 따라 사악한 존재에게 소원을 비는 유메미테가 류헤이의 주변에서 나타나게 되었다. 어느 날 신발장에 편지가 넣어져 있는 것을 발견하고 우쭐대는 류헤이와 이를 이상하게 생각하는 레나 일행.이 사태를 끝까지 파고든 결과, 상상도 하지 못했던 사실을 알게 된 류헤이는 무의식중에 달려 나가는데.

주위 학생들에게 솜니움드롭을 준 것은 친한 친구 무라세였다. 지금까지 아무렇지 않은 얼굴로 배신당한 것을 눈치채자마자 눈앞에 나타난 교단의 가면을 쓴 남자에게 일격을 맞고 쓰러지는 류헤이. 그 압도적인 힘에 두려운 마음을 떨치지 못하던 류헤이는 그 남자에게 살해당한 형 준페이와의 과거를 회상한다. 그리고 란도의 말에서 힌트를 얻어 형이 과거에 트로이메라이에 간 적이 있다는 사실을 알게 되는데.

류헤이와 대치한 무라세는 류헤이의 소망대로 교주가 있는 곳에 가기 위해서는 솜니움드롭을 먹어야 한다고 말한다. 류헤이는 무라세의 말에 한 치의 의심도 없이 드롭을 삼키고 트로이메라이 깊은 곳에 있는 교주의 성에 도착하지만 교주의 가면 아래 감춰져 있던 것은 형인 준페이의 얼굴이었다. 형의 얼굴로 소원을 빌라고 속삭이는 교주. 그곳에 류헤이를 구하기 위해 마찬가지로 드롭을 삼킨 레나 일행이 도착한다. 류헤이의 위기에 앞뒤 생각하지 않고 소원을 빌겠다고 말한 레나였는데.

위어드가 된 레나가 소원을 빌면서 시부야에는 데자리아가 출현했다. 그리고 성신의 때가 되어 사신 쿠트로와그가 부활한다. 최대의 위기에 란도와 에루도 달려왔지만 무엇을 지켜야 하는지에 대한 각자의 의견이 충돌한다. 레나를 지키려는 류헤이는 허를 찔려 빈사의 중상을 입는다. 노커업으로서 각성해 남모르게 위어드와 계속 싸워온 류헤이, 레나, 에리, 제시카, 아루토는 과연 이 악몽에서 깨어날 수 있을 것인가.