タクトと運命は、レニーと巨人から『正しい戦い方』についてレクチャーを受けながら、ニューヨークを目指して旅をしていた。だが、相変わらず息の合わないタクトと運命。そんな時、偶然レニーの古い知り合いである『ジョナサン』と再会する。ジョナサンは、タクト達を自分達が住む『ラスベガス』へと案内する。

とある街へと立ち寄ったタクト達。そこは若者たちがいなくなり、年老いた人々だけが住む町であった。アンナと運命は、ひょんなことから彼らに助けを求められる。一方、一人街をぶらつくタクトは、古びたバーから隠れ響く音色を耳にする。それは間違いなく『音楽』であった。

旅の途中で破壊された町を目にするアンナと運命。次々と目覚め始めたＤ２によって襲われる町や人々。再び世界は４年前の『ザーガン宣言』以前の状態へと戻りつつあった。増大しつつあるＤ２の脅威の中、タクトは一人何かに没頭していた。白紙の五線譜を前に、必死に何かを生み出そうと虚空の鍵盤を叩くタクト。

目覚め始めたＤ２。襲われたタクトの故郷と、コゼットの死。全てはシントラーが画策したことであった。疲弊した世界の為に下等な者を切り捨てようとするシントラー。コゼットの死の真相を知ったタクトは、怒りのままにシントラーに向かう。だが、『地獄』によって傷を負うタクト。血を流すタクトの姿を見た運命、その心にこれまで感じたことのなかった感情が湧き上がり――。