一切從10年前開始。襲擊波士頓街道的D2，和血染的音樂廳——“波士頓慘劇”事件。其中喪命的著名指揮家·朝雛健治，正是磔人的生父。時光流轉，到了現在。失去父親的少年，正獨自沉浸於鋼琴演奏。彷彿是要將自己的憤怒投入音樂中。負責照顧他的，則是和“命運”擁有同樣長相的少女“珂賽特”。

與萊尼、泰坦告別的磔人一行人，在陽光照耀的荒野中前進。途中，將被和D2的戰鬥餘波波及的火車緊急停下。從火車中走出來的，分別是穿著白色甲胄，和露出妖艷笑容的奏者。帶著兩名奏者的男子「辛德勒」，自報家門稱自己是紐約交響樂團的首席指揮者。

安娜和命運在旅途中目睹被破壞的城鎮。村子和民眾，被接連甦醒的D2襲擊。世界再度逐漸回到4年前「扎甘GM宣言」之前的狀態。在D2不斷擴大的威脅中，磔人似乎在一個人忙碌著什麼。磔人面對著一片雪白的五線譜，想要創造出什麼，拼命地敲打著虛空的鍵盤。

D2開始甦醒。磔人的故鄉遇襲，珂賽特死亡。一切都是辛德勒一手策劃。辛特拉為了這疲憊的世界，要捨棄下等人們。得知珂賽特死亡真相的磔人，憤怒地面對辛特拉。然而卻被「地獄」所傷。看到磔人流血的命運，感受到了至今從未有過的感情——。