レニー、巨人と別れたタクト一向は、太陽照り付ける荒野を進んでいた。その中、Ｄ２との戦闘の余波で大陸横断鉄道を急停車させてしまう。鉄道から出てきたのは、白き甲冑のムジカートと、妖艶な笑みのムジカート。二人のムジカートを連れた男『シントラー』は、自らをニューヨーク・シンフォニカのトップコンダクターである『首席指揮官』だと名乗る。

ザーガンの口ずさむ音色と共に巨大な黒夜隕鉄が蠢動する。大樹の如く成長し始めた黒夜隕鉄が、ニューヨーク・シンフォニカを呑み込んでいく。ついに己が目的を叶えようと動き始めるザーガン。その異様な光景を目にするタクトと運命は、アンナとシャルロッテが未だシンフォニカの内部に取り残されていることを知る。