宣佈與D2停戰的《扎甘宣言》之後過了4年。世間依然將“音樂”視為禁忌，無人奏響旋律。在荒廢的美國，對音樂一無所知的少年，有一天聽到了鋼琴的旋律。演奏的人是黑髮青年——“磔人”。而被他的音樂吸引而來的，是強大的怪物D2，和仗劍的少女“命運”。

化身為奏者“命運”的珂賽特。命運稱自己是為了打倒D2而存在。從命運處接過指揮棒的塔庫特，第一次作為“指揮家”使用力量。在他們面前出現的兩位人物——“萊尼”和“泰坦”。他們是對D2戰略據點“紐約交響樂團”門下的指揮家和奏者。

磔人與命運，從萊尼與巨人處接受了正確的戰鬥方法的指導，同時向著紐約繼續著旅途。但磔人與命運還是無法默契配合。就在這時，偶然遇萊尼的舊識「強納森」再會。喬納森帶他們去到了自己所居住的「拉斯維加斯」。

與萊尼、泰坦告別的磔人一行人，在陽光照耀的荒野中前進。途中，將被和D2的戰鬥餘波波及的火車緊急停下。從火車中走出來的，分別是穿著白色甲胄，和露出妖艷笑容的奏者。帶著兩名奏者的男子「辛德勒」，自報家門稱自己是紐約交響樂團的首席指揮者。

磔人來到了某座小鎮。這裡年輕人逐漸消失，只有老人們居住。安娜與命運，在機緣巧合下被他們求助。另一邊，獨自在城裡行走的磔人，在老舊的酒吧裡聽到了難得一聞的音色。那毫無疑問就是「音樂」。

安娜和命運在旅途中目睹被破壞的城鎮。村子和民眾，被接連甦醒的D2襲擊。世界再度逐漸回到4年前「扎甘GM宣言」之前的狀態。在D2不斷擴大的威脅中，磔人似乎在一個人忙碌著什麼。磔人面對著一片雪白的五線譜，想要創造出什麼，拼命地敲打著虛空的鍵盤。

D2開始甦醒。磔人的故鄉遇襲，珂賽特死亡。一切都是辛德勒一手策劃。辛特拉為了這疲憊的世界，要捨棄下等人們。得知珂賽特死亡真相的磔人，憤怒地面對辛特拉。然而卻被「地獄」所傷。看到磔人流血的命運，感受到了至今從未有過的感情——。

磔人一行人到達目的地紐約。並與安娜的姐姐，在交響樂團技術開發部門工作的洛特再會。洛特開始檢查作為不完全奏者的命運。就在那時，安娜發現了磔人的異樣。磔人右手的印記，仿佛在侵蝕磔人的身體般，逐漸擴大——。

萊尼回憶起了自己的過去。萊尼回憶起重要之人的臉。為了盡應盡之事，才一路走到今天。前往和巨人約定之地的萊尼，準備將一切真相告訴磔人和命運。然而，那裡等待著的卻是意想不到的人物。

隨著扎甘哼出的音色，巨大的黑色隕鐵開始蠢蠢欲動。如同大樹般成長的黑色隕鐵，開始吞噬紐約交響樂團。扎甘終於要開始為實現目的而行動。看到這異樣光景的磔人和命運，得知安娜和洛特還被留在紐約交響樂團中。

命運是如此殘酷。然而，不管神明給我們帶來怎樣的不行，我們都會勇敢面對命運。為此，我們要戰鬥、戰鬥、不斷地戰鬥——在終點，我得到餓了答案。歡喜，就在苦惱的盡頭。好了，開演時刻已到。現在就扼住命運的咽喉吧《摘自那個男人的手記》