因为突然飞来的陨石，新世界的警长城陷入一片大混乱。警长翠绿暴风高达和他的部队出动去处理事件，然而他们遇上的竟然是… 这场骚动最终会成为世界混乱的导火线。

位于洛阳的古时遗产“转移门”启动起来，自称“三藏”的神秘人物联络上刘备众人。三藏告诉他们的，是关于世界危机的重要实情。刘备他们得知为了要解决这危机，必须要得到散落在世界各地的5个哈啰。他们请求老朋友孙坚迷惘高达等人的协助，展开旅程前往世界各地。

接受了刘备请求的孙坚迷惘高达父子立即前往海盗世界，但被突然出现的海盗团袭击而陷入险境。相识已久的班捷文V2高达和爱德华Second V及时赶到，让他们逃过一劫。孙坚告诉班捷文关于世界的危机和哈啰的事。班捷文也有点头绪，于是一行人立即採取行动。 另一方面，刘备他们正途经前往骑士世界的城市…

班捷文的海盗船在风暴中前进，前往推测哈啰所在的海底宫殿。据闻传说中的女海盗就沉睡在那裡，所有入侵者都有去无回，到底孙坚他们能否平安取得哈啰？！ 与此同时在武者世界裡，信长高达艾比安以“天下布武”为信念，燃起了新的野心。

平安抵达海底宫殿的孙坚一行人立刻走进去。虽然阻挡去路的各种陷阱使他们陷入苦战，但他们靠著智慧与互相合作克服难关，来到哈啰沉睡的宝藏室。然而在那裡等著他们的是传说中的女海盗亡灵。孙坚他们能否击退亡灵，顺利得到哈啰呢？另一方面，赵云00高达为了追查哈啰的情报再次来到新世界。虽然跟警长城的警察和流氓起了争执，但也藉此得到了某个男人的情报。

旅程来到武者世界的曹操飞翼高达，因为太饿而倒在城中街头。有位好心人请曹操吃饭，让他恢复了体力，但没想到那名男子竟然是信长。信长把曹操带往战场，向他展示自己的军队有多强大，并展现自己拥有的压倒性力量，打算招收他为部下。然而曹操拒绝了信长的邀请，也预计终有一日会与他再战。另一方面，刘备一行人抵达骑士世界并打算在城镇留宿一晚，然而事情没那么顺利……

信长与他的军队以统一武者世界为目标向西进军，大队为了提前庆祝，决定在本能寺养精蓄锐。然而他的部下光秀却率领著神秘的面具军团举兵叛变，放火烧本能寺。被逼到绝境的信长眼见自己已败北，咏唱著辞世诗句起舞，但在咏唱完毕的时候，一名神秘男子现身眼前。而且，这男子的手中还拿著与神秘军团相同的面具……

罗宾汉高达AGE-2在卡美洛堡周边进行侦察时发现刘备一行人。骑士世界的国王亚瑟高达Mk-Ⅲ接获报告后命令罗宾汉去查看情况，罗宾汉立刻前往刘备他们的所在地。为了阻挡刘备他们前进，罗宾汉捉住了悟空与诸葛亮。诸葛亮告戒悟空不能行使暴力，但他在看到刘备遭受攻击后最终还是失控了！此时在悟空的身上再次出现变化！？

刘备他们一抵达新世界的警长城就被流氓包围。之前因为悟空大闹这城镇，一直被警方通缉。为了那笔悬红，城裡的流氓群起追击，却不敌刘备他们。然而因为这场骚动而赶来现场的警队，把刘备一行人逮捕。刘备与诸葛亮在警署接受调查时，悟空被关在特殊牢房裡。究竟刘备他们能否救出悟空？与此同时，可疑的组织也暗地裡在追捕悟空。

刘备他们在亚森高达X的帮助下顺利脱身。跟迷上亚森并向他拜师的赵云会合，一起前往亚森的据点。那裡陈列著许多宝物，亚森究竟是何方神圣？然而因为亚森知道哈啰的下落，众人就在他的协助下，潜入保管著哈啰的博物馆。同一时候，在武者世界的一个村庄，曹操和佐助再次决意要阻止信长的暴行。

刘备他们在博物馆顺利取得哈啰，却在途中把他弄坏了。因为不知道如何修复，刘备和赵云不停试著把他还原，诸葛亮就从古代文献中寻找新世界哈啰的情报。另一方面，警长翠绿暴风部队把亚森视为盗窃哈啰的疑犯并持续追捕，最终找出他的藏身之处。围绕著新世界哈啰所展开的冒险来到重头戏！

取得新世界哈啰的刘备一行人为了寻找下一个哈啰，转眼来到通往骑士世界的雪原路上。悟空身处暴风雪中，视野不佳的环境让孤独的情绪涌上心头，因而回想起过去的记忆，使他暴走失控。刘备为了制止悟空而进行恶斗，但悟空改变形态后仍失控大闹，刘备因而陷入苦战。在这危急关头，刘备崇拜著的那个人突然现身。

由曹操讲述过去曾由司马懿引起的王国世界危机。洛阳地区的领主董卓天意高达被司马懿操控， 利用病源BUG，企图独霸能量之源“三尼堤”。曹操为了拯救国家，决定要讨伐董卓，于是与孙坚结盟。 与此同时，刘备、张飞、关羽、诸葛亮试图阻止董卓的恶行，前往洛阳，在路途中经过的研究所被BUG包围，陷入困境，但幸运地得到曹操与孙坚的相助而逃过一劫。刘备一行人知道他们的目的后，提出一同行动的请求，进军董卓。

刘备、曹操和孙坚三国联合一起直闯董卓的居城“胜利之塔”。即使敌方大军的人数众多，刘备与曹操还是顺利进军。阻挡在他们面前的是号称王国世界中最强的人物吕布新安州。刘备与曹操究竟能否战胜吕布？另一方面，张飞和关羽把试图从地下秘道逃走的董卓逼到绝境……由刘备、曹操、孙坚发起的董卓讨伐战即将来到戏肉！

成功讨伐董卓后，刘备他们以为王国世界从此就会恢复和平而感到欣喜。然而，曹操却独自在胜利之塔的顶楼，目睹了严峻的现实。曹操因此深受打击，陷入绝望；这时候，司马懿在不知不觉间靠近他耳边，说了一句“要由你来拯救世界。”于是曹操为了拯救人民，作出了残酷的决定。

纵使刘备尝试说服，但曹操仍一意孤行， 最终演变成双方拼命对决的局面。刘备奋力迎战，但面对实力提升了的曹操却无计可施。在曹操要使出致命一击之际，刘备藉著哈囉之力让真正的力量觉醒。由司马懿引起的王国世界纷乱，终于结束。曹操回顾完过去的往事后，他跟悟空、刘备等人加深了要阻止司马懿的决心。

刘备他们与曹操、佐助分道扬镳，再次踏入骑士世界。期间遭到司马懿率领的黑面具军团袭击，但轻易把敌人击退了。众人朝著亚瑟王所在的卡美洛堡前行。刘备他们总算成功进入城内，在罗宾汉的带领下，如愿能见到亚瑟王。亚瑟王也同样地对刘备等人感兴趣。为了拯救世界的危机，刘备向亚瑟王提出将哈囉交给他们保管的请求，亚瑟王对此感到困惑。这时身旁的梅林作出提案，于是亚瑟王决定以决斗的方式测试刘备的实力。

经过激烈对决后，亚瑟王终于愿意将哈囉交託给刘备。刘备他们为了得到下一个哈囉而前往利载拿世界。另一方面，与刘备他们分开行动的曹操和佐助正前往传说中的刀匠所在的炎狱岛，试图获得能与信长抗衡的武器。两人马上进入岛内的村庄，情况却似乎有些不对劲……他们开始寻找线索，在某间工坊中发现通往地下的秘密通道。两人满怀希望，往地下秘密通道的深处前行，在那裡恭候著他们的竟然是……

当悟空听到对他极其重要的三藏师父的声音，过去的记忆片段在他脑海中涌现。当中有他和三藏与其他同伴在旅途上的开心回忆，以及遗忘至今的悲痛回忆。悟空想起了所有的一切，受著过去记忆所束缚的他为了变得更强，袭击他重视的朋友──刘备和诸葛亮！

在海底宫殿取得哈啰的孙坚一行人为了与刘备等人会合，在船上边开宴会边朝著利载拿世界航行。 然而，前来夺取哈啰的敌方身影却悄悄逼近……另一方面，炎狱岛传说中的刀匠孙八打造出能对抗信长的武器。获得全新力量的曹操和佐助为了追寻信长而前往利载拿世界。令世界招致混乱的人物齐集在利载拿世界。英雄们的激烈战斗越演越烈！

经过一番死斗，曹操和佐助把信长从黑面具的诅咒中解救出来。这时候，一直以来跟曹操千丝万缕的死对头吕布新安州紧接著现身，无暇喘一口气。遍体鳞伤的曹操能否赢过这最为凶恶的强敌？另一方面，各地的英雄们心裡怀著各自的想法，决定动身前往利载拿世界。

来自五个世界的哈啰终于齐集，金字塔启动起来。面对为世界带来危机的漆黑之星，这是否阻止危机的关键钥匙呢？刘备众人追随著哈啰，聚集到金字塔前，出现在他们眼前的是这次为世界招来危机的邪恶人物。克莉奥佩特拉卡碧尼阐述五个哈啰的象徵意义，却被反驳为隐藏在背后的邪恶一面。五个哈啰被沾染上邪恶的心灵，漆黑之星最终现身！

让世界陷入危机的穷奇突击自由高达，令悟空再次陷入失控的状态。刘备他们面对悟空强劲的攻击，顿时被逼入绝境，幸而三藏突击自由高达及时赶来解围，让他们脱离险境。其后三藏娓娓道出穷奇和悟空的过去。刘备他们得知关于悟空的真相后，再度下定决心要拯救他。来自各地的英雄也赶来帮忙。为了挽救悟空、拯救世界，最后的决战即将展开！

英雄们面对棘手的黑面具军团，进行激战。悟空凭著压倒性强大力量令刘备陷入苦战。 三藏与穷奇展开激烈的攻防战。另外，诸葛亮也跟有著各种恩恩怨怨的司马懿进行对峙。在各自激战的同时，漆黑之星正朝著这颗星球落下。英雄们究竟能否成功拯救这个世界？这次的英雄故事，也迈进精彩的结局！