ノルウェー・オスロに向かっていた急行列車「ベルゲン」が、走行中に突如として消失、3km先にワープして甚大な被害を起こす事件が発生した。その不可解な現象は、天才発明家ニコラ・テスラが残した遺産で、超常的な力が閉じ込められた水晶「テスラの欠片」の仕業だという。根来忍者の末裔である女子高生・根来牡丹は、祖父の甚吾から「世界を救う」ことを宿命付けられ、育てられてきた。彼女は「テスラの欠片」の悪用を防ぐべく甚吾が組織した「日本安全振興株式会社」に諜報員として参加。諜報作戦「ミッションT」を発動し、事件の真相を追う。

列車消失事件を引き起こした「テスラの欠片」は、ニコラ・テスラが発明した高周波・高電圧発生装置「テスラコイル」の記録が内蔵されていると言われていた。この「欠片」が暴走してしまえば、再び周囲のものがワープするなど、大きな被害をもたらしかねないという。危機を未然に防ぐため、牡丹とクルマは「テスラの欠片」の回収に動き出す。だが、牡丹たちの動きを、ある二人組が監視していて――。

牡丹たちは、全世界に散らばっているという「テスラの欠片」のうち、13番を盗まれてしまった。「テスラの欠片」を奪ったのは、以前からその能力を狙っていた秘密結社組織「小さな家」ではないかと甚吾は睨む。ノルウェーから日本に戻った牡丹。「テスラの欠片」の行方、そして「小さな家」の動きを探るため、クルマと隆之助が暮らす諜報員用のシェアハウスに居候することになるが……。

アメリカ・シカゴで、「テスラの欠片」が意図的に使用されたと見られる事件が発生する。マフィア「コラッドファミリー」の幹部4人のうち3人が、落雷によって次々と感電死したのだ。雷を自在に操る「テスラの欠片」、そしてそれを所有する暗殺者、通称「プリギエーラ」を探すため、牡丹やクルマたちはシカゴに飛ぶ。コラッドファミリーの偵察を続ける中、ライバル組織「ブラックブロック」との抗争に巻き込まれた牡丹たちの身に危険が迫る。

コラッドファミリーのボス、テオーネを狙っていた“プリギエーラ”は、彼の身内であり、信頼を置いていた組織のNo.2であるボゼであった。ボゼが所有する「テスラの欠片」の5番を巡り、牡丹ら日本チームに加え、CIAのオリバー、ミッキーも争奪戦に介入する。だが、「テスラの欠片」の力によって雷を自在に操るボゼに反撃され、両チームともなかなか奪取の糸口を見出すことができず――。

CIAチームに競り勝ち、ボゼから「テスラの欠片」の5番を奪うことに成功した日本チーム。だが、戦いの現場となったシカゴタワーの最上階で、クルマが何者かに撃たれ倒れてしまう。動揺する牡丹たちだが、ライバルであるはずのミッキーが、CIAでの治療を買って出る。思いがけない申し出に不安と戸惑いを覚えるも、クルマを救うためにそれを受け入れる。同じ頃、CIAでも、日本安全振興株式会社でもない第3の勢力が、「テスラの欠片」を奪うために動き始めていた。

牡丹の感情をコントロールし、彼女が所有していた「テスラの欠片」の5番を奪ったのは、以前、甚吾が口にしていた秘密結社組織「小さな家」のメンバーであった。一時は欠片の力によって感情がゼロになった牡丹であったが、現場に駆けつけたクルマの言葉によって正気を取り戻すことに成功する。牡丹たち日本チームと、ミッキー、オリバーのCIAチームは、「小さな家」のメンバーであるピノとエルモに迫ろうとするが――。

CIAの医療艦アスクレピオスを舞台にした、日本チーム、CIA、「小さな家」による三つ巴の争い。「小さな家」が仕掛けた医療艦の暴走は、牡丹たちやCIAによって食い止められ、多くの乗員の命は救われた。さらに牡丹たちは、艦からボートで離脱したピノ、エルモを追撃するが、その結果、ピノを死に追いやってしまう。「テスラの欠片」を奪われたこと、そして不可抗力ではあったがピノの最期に責任を感じた牡丹は、ある大きな決断を下す。

祖父・甚吾から両親にまつわる真実を知り、母の想いを感じた牡丹は、諜報員への復帰を宣言する。一方、CIAでは、上層部から呼び出されたミッキーがバディであるオリバーの謹慎を知らされ、愕然とする。新たな「ミッションT」の現場となったのは、ロシアの雪山。ビッグフットと呼ばれる未確認生物が、突如として登山客を襲う大事件が発生したのだ。「テスラの欠片」の関与を疑う牡丹たちは、実際にビッグフットと遭遇したという山岳ガイドのセルゲイに接触するが――。

「テスラの欠片」の中には、感情をコントロールするもの、雷を操るもののほか、生物を融合・再生させる力があるものまで確認された。「小さな家（オナカスイタ）」が複数個所有し、なおかつ欠片のロックを解除できる装置まで保有する状況の中、日本安全振興株式会社も密かに欠片を所有していた。外部への流出を防ぐため、名誉会長の甚吾と鳥海だけしかその保管場所を知る者はいなかったが、虎視眈々とこの欠片を狙う者が現れたのである――。

牡丹やクルマをこれまでサポートしてきた隆之助、ミッキーの良き相棒だと思われていたオリバーは、「小さな家＝オナカスイタ」のスパイであった。彼らはそれぞれの所属組織が保有していた「テスラの欠片」を盗み出すと、そのまま姿を消してしまう。隆之助の行動にショックを受ける牡丹ら日本チームの面々。そして、オリバーとの共謀を疑われ、追われる立場となってしまったミッキー。彼らが状況を打ち破るべく下した決断とは――。

「小さな家＝オナカスイタ」の拠点であるパラオから飛び立った飛行船「イカロス」は、「テスラの欠片」による特殊能力を、衛星を通じて世界中に波及させることを企んでいた。牡丹とクルマ、そしてミッキーの合同スパイチームは、それを阻止すべく、「イカロス」への潜入を試みる。この作戦の目標は、「イカロス」に備えられた「テスラの欠片」を奪取すること。今、「小さな家＝オナカスイタ」との最終決戦の幕が切って落とされた。

飛行船「イカロス」に潜入した牡丹たちは、「小さな家＝オナカスイタ」の首謀者であるMr. Dと対峙する。彼が隆之助やオリバー、エルモらを一流のスパイに仕立て上げてまで成し遂げようとした計画――それは、人類の感情を「テスラの欠片」によって強制的にコントロールし、争いのない世界を創り出すことであった。牡丹やクルマ、ミッキーはこうしたMr. Dの計画を止めるべく、「テスラの欠片」が留め置かれた「イカロス」の船外に向かう。