賽維爾是威尼亞斯王國王立魔法學校的劣等生，失去了入學前記憶的他過著有些空虛的學校生活。某天，他被校長阿爾巴斯傳喚，命令他去參加一個「在有魔女狩獵的地區推廣魔法的有用性」的特別實習。於是，他與為了達成自己的目的而接下「帶隊老師」一職，帶領學生前往實習地點的黎明之魔女蘿．克莉斯塔絲一起踏上了旅程……。

賽維爾和蘿絲及優等生少女霍爾特一起出發前往實習地點，但一群至今仍看魔女不順眼的人卻盯上了他們。另一方面，和賽維爾等人分頭前往實習地點的「獸墮」庫多，遭到戰鬥集團＜女神淨火＞的裁定官襲擊而陷入困境。蘿絲為了避免學生遭遇不測，獨自前往搭救。但是，聽見庫多慘叫的賽維爾和霍爾特卻心急如焚……？

拯救了被外表有如猛獸的「獸墮」追著跑的少年萊歐斯，賽維爾等人終於抵達實習地點的村落。他們在遠離村落的教會遇見了以眼帶蒙住雙眼的神父。據神父所言，擔任實習生監督官的魔女早已不在，村子在2年前便由別的魔女所支配。神父要他們折返，而學生們幾乎就快放棄實習，但蘿絲卻懷疑神父是魔女的手下……。

為了救出被拐走的霍爾特，賽維爾和蘿絲進入了洞窟之中。而在那裡，等著他們的是隱約殘存在賽維爾記憶中的泥闇之魔女。「你是個特別的存在」──如此出言表示的她，對賽維爾展現近乎可怕的執著，甚至還告訴他之所以掠奪村落也是為了他。得知重要的同伴是因為自己的緣故而受傷，賽維爾的憤怒表露無遺。他和蘿絲起身對抗，但有關特別實習更進一步的真相卻在此時揭曉……！？

賽維爾、霍爾特和庫多在實習地點漂亮地通過測試。他們在泥闇之魔女．零的指導下再次開始了特別實習，而他們的新課題是要藉由使用魔法的工作來為村子貢獻一己之力。霍爾特當起了便利屋，庫多則是在診所工作，然而做起魔力供給工作的賽維爾卻經常窩在店裡。對這種情況感到憂心的蘿絲，假借要賽維爾替她辦事來讓他出門……。

霍爾特的魔法不小心打中同伴，而庫多則因為魔力枯竭而倒下。意志消沉的兩人為了進一步成長而前去找零商量。然而，徹底以魔力屋的身分行事的賽維爾卻被零說了重話。零告訴他，若不打算成為魔法使，那麼他在這個村子裡學不到任何事。賽維爾對自己該走的路煩惱不已，而他在和萊歐斯外出所來到的森林裡，竟然正面碰上了危機……！？

「災厄殘渣」在森林裡襲擊了賽維爾和萊歐斯。所有人對於這個某人放入村子的危險存在提高了警覺。而這時，霍爾登從魔法學校來到了村裡。儘管他表示此行的目的是要「視察村子」，但霍爾特等人還是對他投以懷疑的目光。另一方面，在森林裡沒能保護好萊歐斯的事，讓賽維爾再次下定決心要成為魔法使。但他卻被透過某人主導而入侵村子的暴虐給帶走了！？

雖然賽維爾恢復了記憶，但他依然不明白「喜歡上某個人」的心情。不過，霍爾特告訴他所謂的「喜歡」究竟是什麼樣的感覺，讓他開始正視自己可能喜歡蘿絲老師的這股心情。在這樣的情形下，零開始娓娓道出有關自己的兄長，也就是賽維爾的父親「十三號」的事情……。

庫多等人負責監視被教會的反魔女派送來村裡的少年卡迪。卡迪因為被洗腦的緣故而敵視魔女及獸墮，但莉莉做的美味料理和村裡的安穩日常漸漸融化了他頑強的心。另一方面，賽維爾和蘿絲進行著魔法藥的實驗，而賽維爾的直球告白讓蘿絲難以招架。然而，這樣的和平日常卻在突然之間宣告結束……。

霍爾特、庫多及暴虐冒著生命危險阻止了變成怪物的卡迪。賽維爾對於自己當時不在場、無法成為同伴的助力一事深感懊悔。就在這時，消息傳來魔女村將成為與反魔女派的戰場，賽維爾等人被命令返回威尼亞斯王國。一行人打算留在村裡戰鬥，但零卻宣告若不從命就要退學。開戰時刻進逼，他們做出的決斷會是？

面對殺意已覺的敵人，村子的每一個人都做好了不殺生的準備。反魔女派的一萬大軍向村子進軍，然而賽維爾等人設下的陷阱將敵人玩弄於股掌之間，讓敵方接連棄戰而逃。在這樣的情況下，一個由「獸墮」組成的傭兵集團避開重重陷阱持續行軍。賽維爾、霍爾特、庫多為了守護重要的地方，做好正面迎戰敵人的覺悟。在戰況越來越激烈的情形下，策畫這場騷動的幕後黑手的真實身分也呼之欲出……？