夏休みも半ばを過ぎた８月16日。長良たち、36人の生徒は虚空を漂う学校に閉じ込められていた。元の世界に帰る方法もわからず、漂流とともに発現した不思議な能力を使って、遊ぶ生徒たち。そんな状況を見かねた生徒会の明星やキャップたちは、学校に秩序を取り戻そうといくつかのルールを決め、生徒たちに守らせようとする。反発する朝風や希たちには厳しい罰が下され、校内は秩序を取り戻したかに見えたのだが……。

それぞれの能力を活かし、新しい世界を探す長良と希、朝風、ラジダニたち。そんな中、生徒のひとり、村山が全身真っ黒のフリーズ状態で発見されるという事件が起きる。しかもほかにも、行方不明の生徒が存在するらしい……。生徒会長のポニーから依頼され、調査を任された瑞穂は助手に長良を指名。その調査中、瑞穂は自分の能力が漂流の前から発現していたことを明かす。その頃、希は明星から彼にだけ聞こえる「声」の話を聞く。

シンクホールに飛び込んで遊んでいる最中、自分に世界をワープさせる能力が備わっていることを知る長良。キャップはそんな彼を、野球の練習に誘う。場所はキャップが整備したという、お手製の野球場。しかもそこには目に見えないサルがいるという。サルが存在する世界を見るには、エースが持っている「サル・ゲッター」なるアイテムが必要。長良は、サル・ゲッターを賭けてエースと野球で勝負をすることになってしまう。

あき先生に率いられた生徒たちが、姿を消した長良たちを捜し始めて２ヵ月。その頃、長良とラジダニは映画館の姿をした世界「フィルムメーカー」にたどり着く。そこで上映されている映画が、すべて長良の視点からの映像であることに気づくラジダニ。長良たちがそのフィルムを持ち帰り、調べ始める中、瑞穂が一匹の野良犬を連れて戻ってくる。やまびこという名前のその犬は、長良たちと同じ漂流者で、同じ中学校の先輩だったという。

希を残して、荒野を旅する長良と瑞穂、やまびこ。夜、たき火を囲んで食事を済ませた瑞穂はやまびこに、犬になった理由を尋ねる。そうしてやまびこが話し始めたのは5000年前、まだ彼が人間だった頃の話。クラスメイトたちから離れ、ひとり旅を続けていたやまびこは、ある時「祝祭の村」という世界にたどり着く。そこでこだまという名の少女と出会い、少しずつ心を寄せるようになるやまびこ。しかし、幸福な時間は長くは続かなかった。

あき先生率いるグループの一員だった骨折は、大勢の人でごった返す「サイハテノステーション」という世界にいた。通り過ぎる人々の心の中を、彼女の本当の能力である【モノローグ】の力を使って、聴き取る骨折。彼女は、片想いの相手である朝風と過ごした日々を思い返す。彼が希に好意を寄せていることを知りながらも、何もできないままの自分……。一方その頃、ハテノ島の長良たちは、３匹のネコたちの能力についてある実験を試みる。

骨折からの手紙で、希の「死」を知った長良と瑞穂。思い出の品を箱に詰め、額縁に彼女の写真を入れると、ふたりは静かに希を送り出す……。大きな喪失感を抱えながら、元の世界に戻る「ロビンソン・クルーソー計画」の準備を進める長良たち。そこに現れたのは、すっかり様子の変わったラジダニだった。ラジダニの協力を得て、少しずつ発射場作りを進める長良。希を忘れられない彼に、ラジダニは「死」を発明したという男の話をする。

憂鬱な雨が降る中、工業高校に通う２年生・長良は、２学期の始業式に出席していた。漂流のことなど、まるで知らない周囲の様子に、居心地の悪さを隠せない長良。瑞穂とも再会するものの、冷たくあしらわれる。あの漂流は、本当に起きた出来事だったのか……。真っ暗な部屋にひとり帰り、針がくるくると回り続けるコンパスを見つめながら、長良は宇宙に飛び出したその後の出来事を思い出す。