夏休みも半ばを過ぎた８月16日。長良たち、36人の生徒は虚空を漂う学校に閉じ込められていた。元の世界に帰る方法もわからず、漂流とともに発現した不思議な能力を使って、遊ぶ生徒たち。そんな状況を見かねた生徒会の明星やキャップたちは、学校に秩序を取り戻そうといくつかのルールを決め、生徒たちに守らせようとする。反発する朝風や希たちには厳しい罰が下され、校内は秩序を取り戻したかに見えたのだが……。

漂流が始まっておよそ１ヵ月。抜けるような青空の下、海に囲まれた小さな島で、長良たちは元の世界に戻るための方策を探していた。とはいえ、当面の食料に困ることもなく、欲しいものは瑞穂の能力【ニャマゾン】を使えば手に入るという状況。生徒たちの間にどこかのんびりとしたムードが漂い始めるが、その矢先、突然、次々と原因不明の火事が起きるという事件が発生する。いったい誰が火をつけたのか。犯人捜しが始まるのだが……。

それぞれの能力を活かし、新しい世界を探す長良と希、朝風、ラジダニたち。そんな中、生徒のひとり、村山が全身真っ黒のフリーズ状態で発見されるという事件が起きる。しかもほかにも、行方不明の生徒が存在するらしい……。生徒会長のポニーから依頼され、調査を任された瑞穂は助手に長良を指名。その調査中、瑞穂は自分の能力が漂流の前から発現していたことを明かす。その頃、希は明星から彼にだけ聞こえる「声」の話を聞く。

シンクホールに飛び込んで遊んでいる最中、自分に世界をワープさせる能力が備わっていることを知る長良。キャップはそんな彼を、野球の練習に誘う。場所はキャップが整備したという、お手製の野球場。しかもそこには目に見えないサルがいるという。サルが存在する世界を見るには、エースが持っている「サル・ゲッター」なるアイテムが必要。長良は、サル・ゲッターを賭けてエースと野球で勝負をすることになってしまう。

元の世界に戻るべく、長良の能力を使って、次々と新たな世界を探索する希と朝風、ラジダニ、瑞穂の5人。一方、建設中のシェルターに集まった生徒たちは、突然現われたあき先生から衝撃的な言葉を告げられる。「貴様らはもう、元の世界に帰ることはできない！」。漂流前から能力が使えた生徒たちの存在を告げ、この漂流は誰かが能力を使った結果ではないか？と話すあき先生。生徒たちの疑いの目は当然のように、長良に向けられる。

あき先生に率いられた生徒たちが、姿を消した長良たちを捜し始めて２ヵ月。その頃、長良とラジダニは映画館の姿をした世界「フィルムメーカー」にたどり着く。そこで上映されている映画が、すべて長良の視点からの映像であることに気づくラジダニ。長良たちがそのフィルムを持ち帰り、調べ始める中、瑞穂が一匹の野良犬を連れて戻ってくる。やまびこという名前のその犬は、長良たちと同じ漂流者で、同じ中学校の先輩だったという。

この世界の真実を知ってしまった長良たち。あき先生に率いられた朝風たちや、方舟に運命を託した明星たちのグループは、それぞれ旅立ちの準備を進める。そんな中、キャンプに残っていた長良は丘の上で鉄棒を発見。好奇心に駆られて逆上がりに挑戦した長良は、次の瞬間、見知らぬ世界へとジャンプしてしまう。二つ星という名の少年と知り合い、流されるままに、無限に続く塔「バベル」の建築現場で働き始める長良だが……。

希を残して、荒野を旅する長良と瑞穂、やまびこ。夜、たき火を囲んで食事を済ませた瑞穂はやまびこに、犬になった理由を尋ねる。そうしてやまびこが話し始めたのは5000年前、まだ彼が人間だった頃の話。クラスメイトたちから離れ、ひとり旅を続けていたやまびこは、ある時「祝祭の村」という世界にたどり着く。そこでこだまという名の少女と出会い、少しずつ心を寄せるようになるやまびこ。しかし、幸福な時間は長くは続かなかった。

どこまでも雪原が広がる白銀の世界。そこでは、ソウとセイジの双子の兄弟が何千年もの間、争いを続けていた。この世界を変えるには、ソウとセイジが持つ【リセット】――すべてを巻き戻し世界をリセットできる力が必要だと話すあき先生。長良たちは、ソウとセイジの争いに巻き込まれ、困った様子の生徒たちを手助けすることになる。そんな中、やまびこは瑞穂が飼っている３匹のネコのうちの一匹、〈さくら〉にあることを尋ねる。

あき先生率いるグループの一員だった骨折は、大勢の人でごった返す「サイハテノステーション」という世界にいた。通り過ぎる人々の心の中を、彼女の本当の能力である【モノローグ】の力を使って、聴き取る骨折。彼女は、片想いの相手である朝風と過ごした日々を思い返す。彼が希に好意を寄せていることを知りながらも、何もできないままの自分……。一方その頃、ハテノ島の長良たちは、３匹のネコたちの能力についてある実験を試みる。

骨折からの手紙で、希の「死」を知った長良と瑞穂。思い出の品を箱に詰め、額縁に彼女の写真を入れると、ふたりは静かに希を送り出す……。大きな喪失感を抱えながら、元の世界に戻る「ロビンソン・クルーソー計画」の準備を進める長良たち。そこに現れたのは、すっかり様子の変わったラジダニだった。ラジダニの協力を得て、少しずつ発射場作りを進める長良。希を忘れられない彼に、ラジダニは「死」を発明したという男の話をする。

憂鬱な雨が降る中、工業高校に通う２年生・長良は、２学期の始業式に出席していた。漂流のことなど、まるで知らない周囲の様子に、居心地の悪さを隠せない長良。瑞穂とも再会するものの、冷たくあしらわれる。あの漂流は、本当に起きた出来事だったのか……。真っ暗な部屋にひとり帰り、針がくるくると回り続けるコンパスを見つめながら、長良は宇宙に飛び出したその後の出来事を思い出す。