十代一行人进入了其他学生口中的鬼屋，去寻找明日香哥哥的消息，行为古怪的泰坦出现在十代他们面前并提出了决斗。受雇于库洛诺斯的自称“暗之决斗者”和十代的决斗开始了，泰坦的卡组似乎具有黑暗游戏的危险性质，十代的生命值削减的同时，身体的一部分也同时消失。

十代和泰坦的决斗依然继续着，泰坦不停地向十代发动攻击，削减他的生命，十代的身体慢慢消失。即将失去意识的瞬间，十代被羽翼毛球的声音唤醒。正当众人以为泰坦的诡计被识破之时，真正的黑暗游戏开始了，十代在黑暗中与泰坦展开了最终决斗。与此同时，还有另一个人，也听到了羽翼栗子球的声音。

黄宿舍的三泽无论学习、体育、 决斗都是新生里排第一的优等生，三泽想知道十代享受决斗的原因。另一方面，万丈目因为败给了十代，在蓝宿舍里面的地位开始动摇，于是他以留在学校作为赌注，挑战黄宿舍第一的三泽。三泽与万丈目的决斗开始，万丈目使用炎之卡组，三泽使用酸素、水素的小型龙，化合成水属性召唤出了强力的水龙。

学校又起风波，这次游戏学院要展视游戏王武藤游戏过去所使用过的牌组，大家因为都能一睹传说中的牌卡感到兴奋不已。小卖部得到了牌组的参观券，但是只剩下最后一张了，太阳神·黄的学生神乐坂与翔只要用决斗来争夺参观券。

神乐从展示柜中偷走了游戏王的牌组, 并且用这个牌组和十代展开了对战。神乐坂拥有攻击力2800的混沌黑魔法师，局面变得很棘手。神乐信心满满，以为既然是游戏王的牌组，那就一定是无敌的……

不甘心曾经输给十代的万丈目准， 在一场奇遇之后，名正言顺的进入了战斗游戏学院诺斯校。新生要接受传说中的“欢迎仪式”，死之五十人决斗，按照排位顺序战斗，万丈能一举成名吗？

决斗学院和北方学校的友好决斗大会终于开始了， 双方派出的选手都是一年级的学生，北方学校派出的是一战成名的万丈目，这让十代惊讶不已。比赛将会全国直播，万丈目与十代的比赛开始，两人都抱着必胜的决心。

友好比赛在十代和万丈目之间展开，万丈目指挥武装龙LV7直接攻击十代，十代发动陷阱英雄灵魂躲过一击。万丈目的回合结束，轮到十代抽排了，但形势看上去还是对万丈目有利。面对无敌的武装龙LV7，十代该如何对抗？

万丈目的哥哥想要收购学校（十代所在的决斗学校）。作为收购的条件，万丈目VS万丈目的哥哥·长作的决斗开始了。由于被强加了不得使用攻击力500以上的怪物这个不公平条件，万丈目只能使用从四处收集的弱小怪物组成卡组。召唤出来的怪物除了防守表示以外没有其他办法。长作场上有攻击力高达2500的龙族怪物，形势方面完全压倒了万丈目。然而，当扰乱3人组登场出现在场上时，万丈目的反击开始了…。

十代他们的七精门的钥匙被偷走了。这是潜伏在学院里的黑蝎盗掘团5个人搞的鬼。为了解决事件，万丈目VS黑蝎团的决斗开始了。万丈目使用的武装龙升级的进攻战术，被黑蝎团5人众封锁了。5人的协力攻击令万丈目一回合就受到2000LP的伤害，只要再受一次攻击就会输掉决斗。危机时刻，万丈目将一切都赌在了扰乱鬼的身上。

七精门的六个钥匙打开了。十几岁的人去了废宿舍，发现了大德寺的木乃伊尸体。最后的Seven Stars“阿姆纳尔”出现了。十代VS阿姆纳尔的决斗。敌人是以炼金术的想法为基础的甲板。当十代用丰富的属性的E英雄攻击的时候，被无效化为永续陷阱。另外，从炼金锅混沌·迪斯蒂开始出现怪物，并进行直接攻击。

十代VS阿姆纳尔的决斗阿姆纳尔是大德寺，木乃伊的尸体也是大德寺。这个样子是用炼金术的力量向人偶注入灵魂的人造人告白。阿姆纳尔使用永续陷阱宏大波斯菊、原始太阳海丽、双胞胎的太阳等，将舞台变成太阳系宇宙。由明日香、万丈目、吹雪关在构成的行星上。十代受到行星直列的攻击。终于三个孩子的太阳（攻击力3900）出现了……

理事长的影丸老人夺取了七精门的钥匙，把“三幻魔”的卡片掌握在手中。十代VS影丸老人的决斗。影丸召唤了第一个幻魔“神炎皇乌利亚”。攻击力在墓地的陷阱卡的数×1000，把对方的陷阱返回。十几岁的人打破了亚利亚，但每次都能简单地复活。此外，第二个幻魔“降雷皇哈蒙”（攻击力4000）被召唤，十代在两个幻魔面前出现了痛苦的状况。影丸通过幻魔，得到了二人怪物的精气，成为了年轻的肉体。

十代VS影丸的决斗挡住十代的两个幻魔的攻击力是5000和4000。并且第3的幻魔“幻魔皇拉比爱蜜”（攻击力4000）也被召唤。影丸的目标是夺取十代，从二代怪物得到永远的生命。十代的是LP降到600。但是，在大德寺留下的谜之卡上许愿，巧妙地使用了shenning fachan的融合和解除，怀念危机。在伊丽克西勒安装了那张卡，一口气瞄准逆转。

职业联赛的决斗，恺撒亮和爱德·菲尼克斯决斗的。爱德甲板甲板，E英雄，但十代不同卡和战术，凯拥有“凤凰”融合召唤。凯撒用网络龙系迎击。十代他们，是以前的战斗，爱德强烈。终于，凯撒在力量圈中强化了网络双龙。

为了证明谁才是真正的HERO使用者，十代VS爱德的决斗开始了。十代使用火焰翼人先制攻击。爱德使用同样素材融合召唤凤凰人，互相不分胜负。继续下去，是闪光火焰翼人VS闪光凤凰人的上级融合EHERO的战斗。爱德对乐观的对待EHERO的十代并不认可。

（续前）十代VS爱德的决斗②。爱德发动了场地魔法——「幽狱の时计塔」，诡异的命运之时针开始转动。有着「D?HERO」之名的HERO怪兽一个接一个地在场上召唤。那是传说中，受到了命运的引导，具有能够自由操纵时间的能力，比E?HERO还更上级的怪兽群。决斗中，十代苦于自军英雄被消灭使局势回到数回合前，复活却又受到对方操纵对自己造成攻击等战术连锁。终于，被幽禁在「幽狱の时计塔」中着的神秘D?HERO出现了……。

科布拉斯发动了场魔法“威诺姆·斯图普”，对十代召唤的怪物毒害，降低攻击力，破坏。对的十代，融合了苏格曼和边缘人，召唤新的英雄“等离子者”。破坏了“威诺姆·斯内克”。但是，科布拉使用拖拉卡的效果召唤了两个怪物。继续进行毒攻。而且，两个怪物的攻击被召唤到“毒蛇王Vonamon”，破坏了“等离子·维斯曼”。

经过了漫长的时间，十代终于回到了大家的身边。而却又遇上了红宿舍将要被废除的危机。以红宿舍的废除为赌注，十代再次向爱德发起了挑战。 爱德的D·HERO依然十分强劲。然而十代早已从上次的败北中完全振作了起来，用掌握了宇宙的波动而进化的[NEOS]卡组斗志昂扬地迎接了挑战。 决斗中，十代将（Aqua Dolphin）、（E·HERO NEOS）、（Aqua NEOS）共同进化，击败了爱德的D·HERO——红罗卜，但却在那瞬间返回了卡组之中。十代到底能否自由运用[NEOS]卡组这新的力量呢？

尚未能灵活运用NEOS卡组的十代，被D·HERO的直接攻击使得生命值下降到了200这个危险阶段。但通过NEOS卡组中的（Air Hmmingbird）的效果使得生命值得到大量恢复，并将（Flare Scarabe）召唤了出来并提升了攻击力。接着十代发动了场地魔法将决斗带到了新的空间（NEOS Space）内，以「（E·HERO NEOS）[攻击力2500]为媒介，召唤出了（Flare·NEOS）…

决斗学院的学生一行人修学旅行到了童野实町。童野实町是出现了武藤游戏和海马濑人的决斗圣地。十代在去拜访武藤游戏的家的时候遇到了双六老爷子。在町散步中的双六被抓走，追上去的翔和剑山互相背靠，和光之结社的2个刺客——雷丸和冰丸的双人决斗组合进行决斗。剑山的恐龙怪兽，被「氷帝の城」降低力量，受到先制攻击。

翔和剑山VS雷丸和冰丸的双人决斗②。雷丸和冰丸虽然互相不喜欢对方不过却很厉害。翔和剑山的LP很快就只剩下1000了。剑山的恐龙卡组和冰丸的卡组相性很差，而翔的交通工具卡组又被雷丸的「降低系统」「暴走电容器」封印行动。当此时的翔他们知道十代有麻烦时，团结了起来……

三泽想着光之结社不来劝降自己，在考虑自己是否太弱而着急起来。三泽找到斋王，宣言如果战胜斋王，斋王就从离开这个岛。代替斋王的万丈目和三泽决斗。万丈目新的同盟怪兽合体召唤（强袭加农甲虫）（攻击力2800），把扰乱者当作弹药一样使用，三泽的LP剩下1600。三泽看着前方思考着战术，不过……

万丈目和职业对战者决斗。作为光之结社的一员的他使用（白色骑士·剑客）、压倒性的强的胜利。万丈目对观战了决斗的十代作出了挑战。十代发现万丈目的卡组已经没有了（扰乱者）了。十代便去寻找那些对于万丈目很重要的「扰乱者」，想通过那些卡令万丈目变回以前的样子。得到了扰乱者的十代便和万丈目决斗了。

身为光之结社的一员，使用斋王所托付的卡（白色骑士·领主）展开了攻势。另一方面，十代使用对于万丈目很重要的卡「扰乱者」进行防守。面对不断的攻击，十代始终使用扰乱者オ防守。扰乱者也在向万丈目说出了“伙伴”……终于，看到扰乱者的凄惨状况的万丈目觉醒了。

鲛岛校长开办世界赛的真正目的原来是为了查出谁是持有(究级的D之卡)。同样爱德为了查出谁是弑父并且夺走卡片的人而进行着决斗。而同时，决斗的职业比赛的世界锦标赛开始了。世界赛十年君临的王者「DD」。爱德的後见人DD和IQ200的收藏家展开了决斗。但是，胜负只在一瞬间就决出了。DD使用了究级的D之卡。

爱德知道了世界冠军DD杀死了自己的亲父并夺走卡片的事实。作为被斋王认为是关键的爱德做出了挑战。使用DHERO之卡，爱德战斗了。但，作为不断经历世界赛级别以上的决斗的DD，终于使用了究级的D之卡(Bloo-D)。处于穷途末路的爱德……

决斗学院的新学期开始了。决斗学院招待了学校的冠军(阿蒙)、(奥布赖恩)、(鳄鱼)、(教授·眼镜蛇)和「谜の男」(迷之男)为留学生，他们成为了新的同伴。另一方面，有少年能看到十代校舍屋上的精灵。那个少年就是「谜の男」约翰。眼镜蛇提议进行公开决斗。那个决斗就是十代VS约翰。约翰是使用很珍稀的怪兽宝玉兽的决斗者。

约翰接连召唤出宝玉兽(紫晶猫)、(黄玉虎)。十代使用新空间的弗雷亚·星拉贝和混沌接触融合出(火焰新生侠)对抗。约翰破坏了十代的场地魔法，使出新的地形魔法、发动了」(虹之古代都市・彩虹废墟)，新空间人回到了卡组。看到了这些精湛攻势的爱德，开始说起和约翰、宝玉兽不为人知的关系。

死亡决斗中出现了大量的伤者，确信这样的事情和眼镜蛇教授绝对有关系的十代，秘密潜入了眼镜蛇的研究设置SAL。在里面发现了连接到地下的电梯，于是乎十代他们便到了SAL的地底、分头打探眼镜蛇的事情。在里面十代遇见了佐藤先生。佐藤说出“如果不在打倒我通向眼镜蛇的门是不会打开的”的话。十代便和佐藤决斗了。佐藤召唤了能把攻击的对象变为我方怪兽的(疮痂·骷髅骑士)。面对攻击十代的爆炎女郎，十代会……

佐藤通过滑雪夜的效果把爆炎女郎和天空蜂鸟变为我方怪兽、并对十代攻击。另一方面十代融合召唤出水手侠对佐藤直接攻击。通过监视器看到这个决斗的眼镜蛇，告知十代这个决斗是一个圈套。圈套就是明日香作为人质，当作藤受到攻击，关闭明日香的密室的水位就会上涨。面对不能攻击的十代，佐藤毫不留情的展开了攻击。

击败了眼镜蛇教授的刺客的十代和约翰会合了明日香和基姆等伙伴一起去找眼镜蛇教授。另一方面，单独前往去找眼镜蛇教授的阿蒙，比十代先到达眼镜蛇教授的地方，被告知“他们没来”。而在赶往的十代等人，因为电子防御装置发生短路、墙壁不断逼近，在无路可走之时，奥布赖恩出现了并用双肩顶住墙壁。在奥布赖恩的帮助下十代到达了眼镜蛇教授的所在之处。和眼镜蛇教授的决斗开始了。

十代无法如自己计划的那样攻击眼镜蛇教授的「毒蛇王ヴェノミノン」。但抽到了(奇迹融合)，十代召唤了荒野剑齿人，终于破坏了毒蛇王。被破坏了毒蛇王的眼镜蛇教授发动陷阱卡「毒蛇神降临」，召唤」(毒蛇神 维诺米纳加)。毒蛇神的攻击使十代受到了伤害，这个伤害也使毒蛇神发动了效果，3回合后毒将会偏布全身，决斗败北。十代仍不放弃、融合闪电侠和死灵黑侠，召唤（暗耀侠)，攻击眼镜蛇教授……

要得到虹龙)必须要有很强大的决斗能量。在那里地狱凯撒亮和约翰的决斗开始了。亮在最初的回合已经召唤了(嵌合超载龙)，并且再发动装备魔法(未来融合)，2回合后召唤(电子终结龙)。约翰使用紫晶猫直接攻击，亮并没有动摇，更召唤出了(暗黑电子龙)。

马丁以腐尸学生作为人质威胁十代决斗。十代和马丁决斗了。十代在警戒马丁的三幻魔的情况下开始了决斗。马丁召唤了攻击力0的(混沌之核)并放置了1张卡就结束了回合。十代一口气召唤了E·HERO。另一方面，约翰和奥布赖恩在收有虹龙的密封舱落下的沙漠探索……

十代和得到了虹龙回来的约翰交换，继续和马丁决斗。不介意不利条件的马丁召唤出了（幻魔皇 拉比艾尔)、(降雷皇 哈蒙)、(神炎皇 尤利亚)。约翰作为对抗，把自己场上·墓地的宝玉兽集齐，召唤出了虹龙。三幻魔VS虹龙，胜利将偏向哪一方……

地狱凯撒亮和爱德搜索十代的下落。从葛布林士兵口中打听到霸王十代的事情，前往了霸王城。另一方面，因为霸王十代的强大而感到恐惧的奥布赖恩逃跑了躲入了废墟。奥布赖恩手中仍然拿着吉姆的奥利哈钢之眼。无法战胜恐惧心的奥布赖恩丢下了决斗盘离开了。翔看到了这个样子的奥布赖恩。在森林中出现在彷徨的奥布赖恩面前的是(海神之巫女)与「(舞蹈妖精)。她们问奥布赖恩「你就是挑战霸王的勇者么」。

识破（骷髅主教)的叛变阴谋的奥布赖恩提出了决斗分胜负。奥布赖恩召唤了火山利刃慢慢削弱对方的LP。斯科比发动了仪式魔法·合成魔术，召唤了(人狼)。被人狼的攻击和效果追击至剩下100LP的奥布赖恩召唤了王牌卡「(火山恶魔)，战胜了斯科比。看到了这场决斗的村民都请求奥布赖恩以领导者的身份守护城市。同时，霸王军以城市为目的地进军了。

进入了霸王城的奥布赖恩和霸王十代的决斗开始了。霸王十代发动暗黑融合，召唤(荒野旋风)进行攻击。另一方面奥布赖恩发动永续魔法火炎加农炮-三叉戟式进行对抗，十代召唤(地狱狙击者)继续进行追击。在决斗中，吉姆托付的奥利哈钢之眼发出光辉，映射出了霸王真正的姿态。奥布赖恩开始进行反击。召唤了火山恶魔，追击十代。

十代回到决斗学园后，一个月即将过去了。约翰、奥布赖恩、阿蒙、吉姆回到了各自的学校，翔、万丈目和礼搬去了蓝宿舍，新的学园生活开始了，但十代仍没有踏出红宿舍一步。就在此时，决斗系统突然发生了问题。不出现立体影像的卡开始陆续出现。为了查明原因的万丈目、明日香、还有藤原优介去了电脑室等地方调查。另一方面，十代收到发送者不明送来的手机，并且传来了某个信息。

十代识破了神秘学生「藤原优介」的存在。十代也做出了重大的决定，向鲛岛校长提出了退学的请求。鲛岛校长不接受十代的退学请求并要十代见一些人。那些人正是影丸和斋王。影丸和斋王是感觉到今后校园将会发生危机特地来找十代的。突然，穿着西装的男子出现在3人的面前。

从藤原优介那里帮助了吹雪的是奥布赖恩。奥布赖恩从I2社那里接受了新的任务返回了决斗校园。十代为了解开Darkness之谜和吹雪决斗。吹雪借助Darkness之力召唤了(真红眼黑龙)，并且再用真红眼暗龙作为祭品召唤了(真红眼暗龙)，袭向了十代。

藤原优介的正体是(欧尼斯特/诚实/Honest)。对峙中的十代使用了在灵魂里的休伯特之力，制止住欧尼斯特的攻击。同时十代对现在发生的世界异变一事质问欧尼斯特，欧尼斯特开始慢慢解释。见到那个状况的Darkness的使者(杜鲁门/Truman)、(T先生/Mr.T)企图杀掉十代而发出攻击。那个攻击打伤了欧尼斯特。怒在心头的十代向Mr.T提出决斗。Mr.T第1回合就召唤了「F・G・D」(五神龙)。

万丈目借助哥哥们的力量以成为职业决斗者为目标。但到他手只有不录取的通知。看不过去万丈目那种情况的克罗诺斯带着万丈目去了某个地方。那地方是爱德的游艇。在那克洛诺斯向万丈目提出「请收万丈目为弟子吧」的请求。万丈目成了爱德的弟子，然而他所见的职业决斗者「爱德」的日常远超想象。早上7点的时候响起了很多采访电话。握手会那大排长龙的队伍等等。而最感到吃惊的是与被称为天才的爱德教练那要命般的决斗练习。

因为万丈目犯下的过错，爱德从职业决斗者界引退后不知去向…。另一方面，万丈目被TV导演(迈克)发掘明星时发现，打算利用明星决斗者的宝座这个点子。迈克下次要搞的是「师徒对决！爱德vs万丈目！！」。然而，爱德从职业决斗界引退一事背后另有秘密…。现在，万丈目和爱德的决斗终于开始了。

决斗学园的毕业决斗开始了。很多人提出挑战十代的请求。虽然为2年生但却属蓝宿舍中的实力者·空野向十代发出了挑战。空野第一回合就把(荷露斯之黑炎龙)成长为LV8，使得观众都沸腾了起来。而十代也用EHERO卡组接受了挑战！！就在那时，奥布赖恩感觉到了童实野町的异变。

十代成功从藤原身上把达克尼斯分离出来。可是，世界被日全食的黑暗包围了。终于从那黑暗之中，真·达克尼斯现身了。达克尼斯告诉十代，是决斗者内心的黑暗创造了达克尼斯的世界。为了从达克尼斯的世界救出大家，十代向达克尼斯挑战！面对发动了恐怖组合「虚无与无限」的达克尼斯这十代会……

十代把新生侠和休伯特融合，召唤(新生大贤者)，攻击达克尼斯。然而，脸上还是一脸绰绰有余般笑容的达克尼斯，复活(暗之眼)，再度发动「虚无与无限」的组合。一进一退的攻防战进展中，达克尼斯说出了冲击性的现实。那就是达克尼斯本身将会就是人类未来的样子。十代赌上人类的命运而战。

十代进行究极接触融合召唤了(神・新生侠)终于打赢了达克尼斯。世界恢复原样，十代和翔他们迎来了一个圆满的毕业礼。那天晚上举办了谢师宴，但现场却不见十代的踪影。收拾好行李准备去旅行的十代面前，羽翼栗子球出现并引导他前往某个地方。

游城十代VS武藤游戏！在羽翼栗子球的引导下，十代穿越来到武藤游戏还是十几岁的时代，和持有神之卡的游戏的真正的毕业决斗进行着，那时十代找回了3年来持续的战斗中失去的重要之物。十代召唤出了“新生侠”，游戏也召唤出了“黑魔术师”，激烈的决斗开始了！最后的结果到底会……