โครนอสตั้งใจจะหลอกจูไดด้วยจดหมายจากอาสึกะที่ตัวเองเขียนขึ้น แต่ทว่าคนที่ติดกับกลับเป็นโช และจูไดจำเป็นต้องดูเอลกับอาสึกะเพื่อช่วยโชที่ถูกนักเรียนหอหญิงจับเอาไว้มอนสเตอร์สไตล์ไซเบอร์ และนักกีฬาสาวของราชินีอาสึกะไล่ต้อน จูไดแทบสิ้นท่า แต่ทว่าจูไดนั้น ก็อัญเชิญเอเลเมนทัลฮีโร่ตัวใหม่ "ธันเดอร์ไจแอนท์" ออกมา

When Chumley's father comes to remove him from Duel Academy, Jaden and Syrus stand by their friend and root him on when he tries to out-duel his father in order to stay.

When Chazz suddenly goes missing, Jaden and the crew go looking for him, but instead of finding Chazz, they find a dueling monkey who takes one of Alexis' friend hostage!

Jaden finds himself in an outrageously competitive duel against a sports nut who's bent winning Alexis' heart and making Jaden look bad.

A pirate challenges Jaden to a duel where, if he loses, he'll be forced to become the first mate of a new Duel Academy at the bottom of the ocean!