Mientras que en un viaje de negocios en el mar para su compañía, Rokuro Okajima es secuestrado por los miembros de la Compañia del Lagoon: Dutch, Revy, y Benny. Después de obtener un disco confidencial para su cliente, Balalaika, el jefe del Hotel Moscú y de una parte de la mafia rusa, Revy toma Rokuro como un rehén en su nave, El Black Lagoon, para pedir un rescate. A pesar de esto, Rokuro comienza a vincularse con los miembros de la Compañía del Lagoon, y Dutch le da el apodo de "Rock". Mientras tanto, el consejo de la compañía de Rock le da a Kageyama, el superior de Rock, la autoridad para perseguir el disco desaparecido, y Kageyama contrata a un grupo mercenario para atacar a la Compañía del Lagoon cuando se detienen en la ciudad portuaria de Roanapur. El grupo despacha a la mayoría de los mercenarios y se escapan hacia el Black Lagoon en su vehiculo. Sin embargo, Kageyama se comunica con la compañía del Lagoon, que informa a Rock que ha sido declarado muerto por la compañía y poco después un helicóptero muy armado del mismo grupo de mercenarios comienzam a perseguir el Black Lagoon.