Okajima Rokuro, salarié d'Asahi Industrials est chargé par ses supérieurs de convoyer un disque contenant des données sensibles. Intercepté par la compagnie Black Lagoon, en réalité une bande de pirates du 21ème siècle chargés par la mafia russe de récupérer le disque, Okajima est alors pris en otage par la tête brûlée du groupe, Revy qui espère obtenir une rançon.

Les supérieurs d'Okajima ayant décidé de le faire disparaître en même temps que le disque de données, il est forcé de faire équipe avec les membres du torpilleur Black Lagoon pour sauver sa peau. Il décidera alors de les rejoindre et prendra le surnom de "Rock".

Cet épisode commence par un flash back datant de 1945 qui montre le naufrage du sous marin allemand U-234 au large du Cap Vert. Un peu plus de 50 ans plus tard, la compagnie Black Lagoon est contacté par un mystérieux commanditaire lui demandant de récupérer le tableau "Les 12 rois guidés par Brunehilde" qui se trouverait dans un sous marin échoué au fond de la mer d'Asie du sud-Est ...