Okajima Rokuro, salarié d'Asahi Industrials est chargé par ses supérieurs de convoyer un disque contenant des données sensibles. Intercepté par la compagnie Black Lagoon, en réalité une bande de pirates du 21ème siècle chargés par la mafia russe de récupérer le disque, Okajima est alors pris en otage par la tête brûlée du groupe, Revy qui espère obtenir une rançon.

Les supérieurs d'Okajima ayant décidé de le faire disparaître en même temps que le disque de données, il est forcé de faire équipe avec les membres du torpilleur Black Lagoon pour sauver sa peau. Il décidera alors de les rejoindre et prendra le surnom de "Rock".

Dans cet épisode 3, La compagnie Black Lagoon est chargée de récupérer un paquet à l'île Phu Quoc.

Il s'agit en fait d'une trahison de Chen et Luak, deux mercenaires voulant faire payer à la faction Black Lagoon son entente avec l'Hôtel de Moscou, la très puissante branche thaïlandaise de la mafia russe.

Dutch ayant vu Revy revenir très abattue après sa plongée avec Rock à bord de l'épave de l'U234 et se doutant que quelque chose ne va pas bien entre les deux, il leur ordonne de s'occuper ensemble de "courses" diverses pendant que lui et Benny s'affairent sur le torpilleur. C'est l'occasion de voir un peu plus en détail la ville de Roanapura et surtout d'assister au fameux "clash" entre les deux personnages les plus opposés du manga.

Dans cet épisode 8 de Black Lagoon, la bonne de la famille Lovelace, Roberta, débarque à Roanapura pour retrouver la trace de son jeune maître Garcia, enlevé par la mafia colombienne. Dans le même temps, le cartel Manisarera demande à l'équipage du Black Lagoon de récupérer un "paquet" et de le livrer à Roanapura ...

Roberta, la ménagère ayant traversé la moitié du globe pour récupérer Garcia, s'avère être plus qu'une simple femme de ménage. Il s'agit en fait d'une ex-terroriste des FARCS, surnommée le "chien de Florencia" car "lorsqu'elle traque une proie, elle l'achève toujours".

L'équipage du Black Lagoon qui convoient le paquet (Garcia) la croise au bar Yellow Flag alors qu'elle se bat avec les hommes d'Abrego pour obtenir des informations.

La bonne (plutôt un chien enragé) les prend alors en chasse pour récupérer son maître.

Garcia, terrifié par la vraie nature de Roberta, s'enfuit avec la compagnie Black Lagoon à bord de la Plymouth rouge de Dutch pendant que Revy est complètement dans les vapes. Ayant été prise dans le champ d'une balle explosive tirée par la "femme terminator" dans le bar de Bao, elle se réveille enfin alors que l'équipage à eu un accident de la circulation et que la voiture de Dutch est inutilisable.

Un duel à mort s'engage alors entre les deux "cinglées" dans le quartier des entrepôts de Roanapura avant que Balalaïka, la chef de l'Hôtel de Moscou n'intervienne avec ses troupes pour ramener le calme.

Cet épisode introduit les personnages d'Hanzel et Gretel, les deux jumeaux serials killers engagés par la Verrocchio Family pour éliminer Balalaïka, la chef de l'Hôtel de Moscou.

Dans cet épisode, Hanzel et Gretel se débarrassent de leur protecteur Verrocchio et sèment la terreur à travers Roanapur pendant que Balalaïka et Chang décident d'une alliance entre leur deux factions pour les éliminer avec la mafia sicilienne. Pendant ce temps, des chasseurs de prime affluent à travers la ville pour tenter de tuer les jumeaux et empocher la prime promise par Balalaïka.

Les jumeaux ayant échappé à Revy et à Eda (la soeur de l'Eglise de la Violence) qui les avaient retrouvés, ils sont pris en chasse par les troupes spéciales de l'Hôtel de Moscou. Ils décident alors de se séparer. Hanzel est alors conduit à son insu dans le lieu ou se trouve Balalaïka et est éliminé.

Quant-à Gretel, elle contacte la Lagoon Company par l'intermédiaire d'Eda afin de pouvoir s'enfuir mais c'est sans compter sur le pouvoir de l'Hôtel de Moscou qui la "réceptionne" à la fin de son voyage par l’intermédiaire d'Elroy, un mercenaire sud africain.

Balalaïka et son organisation se rendent à Tokyo à l'appel du clan Washminie afin de prendre possession de certains secteurs d'activités sur le sol japonais.

Rock, accompagné de Revy, est engagé par Balalaïka en tant que traducteur. C'est la première fois depuis le début du manga et de l'anime que Rock retourne au Japon.

Devant la brutalité de l'Hôtel de Moscou qui ne pense qu'à servir ses intérêts propres, les relations avec le clan Washimine se dégradent et débouchent sur un conflit ouvert.

Ayant fait venir les russes au Japon, le leader par intérim du clan Washimine se suicide en tentant une attaque Kamikaze sur Balalaïka, mais il échoue et meurt sans avoir réussi à la tuer.

Peu de temps après, les dirigeants restants du clan Washimine décident de nommer Yukio comme chef car elle est la fille du défunt dirigeant légitime.

Certains membres du clan Washimine n'acceptent pas Yukio comme nouvelle chef .

Sous la houlette de Chaka, ils trahissent le clan et enlèvent Yukio.

Ginji Matsuzaki part à leur poursuite.

Il est rejoint par Rock et Revy. Tous les trois, ils se dirigent vers le bowling où Chaka et ses hommes gardent Yukio prisonnière.

Dans cet épisode, Revy et Ginji éliminent Chaka et ses hommes pendant que Rock essaie de raisonner Yukio. De leur côté, Balalaïka et ses troupes se préparent à attaquer le QG du clan Washimine.

Alors que l'Hôtel de Moscou détruit une à une les planques du clan Washimine, Ginji et Yukio élaborent le projet de s'établir à Roanapur.

Pour cela, ils dévalisent une banque afin d'avoir assez d'argent. De son côté, Rock retourne, en compagnie, de Revy voir une dernière fois la maison de sa famille après une violente dispute avec Balalaïka pour la persuader d'épargner Yukio.

Balalaïka et Boris rencontrent les dirigeants du clan Kousa pour conclure un accord. Rock tente et obtient de Balalaïka qu'elle élimine les membres du clan Kousa afin de sauver Yukio dont l'organisation est détruite.

En s'enfuyant de chez les dirigeants du clan Kousa, Rock et Revy sont renversés par Ginji et Yukio qui prennent Rock en Otage. Apparemment, elle ne veut pas retourner à sa vie normale d'étudiante.

Revy braque alors un camion et les prend en chasse. Elle finit par les rattraper sur le port et un duel à mort s'engage entre elle et Ginji. Après avoir vu Ginji se faire tuer sous ses yeux, Yukio se suicide.

A la fin de l'épisode Rock et Revy prennent l'avion qui doit les ramener à Roanapur.