겉보기엔 평범한 고등학생이지만 비밀을 감춘 봉석. 고3 마지막 학기의 개학 날, 등굣길 버스에서 봉석의 마음을 들뜨게 한 여학생이 우연인지 같은 반으로 전학 온다. 한편, 택배기사로 위장한 프랭크가 배달을 시작하고 서울 시내 한복판에서 의문의 사고가 발생한다.

미현은 봉석의 초능력을 숨기기 위해 오랜 기간 봉석을 등에 업고 다녔다. 그동안 들키지 않고 잘 숨어 지냈다고 생각했는데. 미현은 SNS에서 올라왔다 사라진 의문의 사건을 보고 점점 불안해진다. 프랭크는 누군가로부터 지령을 받고 숨어 지내는 초능력자를 찾아간다.

우리 되게 잘 맞는 거 같아! 봉석과 희수는 공통점을 발견하며 친해진다. 그럴수록 봉석은 들뜨는 마음을 감추기 어렵고 초능력을 들킬 위기에 빠진다.

결국 비밀이 발각된 봉석! 희수는 몸을 컨트롤하지 못하는 봉석을 집까지 바래다준다. 미현은 봉석이 희수에게 초능력을 들킨 건 아닌지 안절부절못한다. 반면 희수는 별로 놀라지 않은 반응인데. 한편, 프랭크는 세 번째 타겟을 찾아 쇼핑센터로 향한다.

봉석의 비밀을 지켜주기 위해 자신의 비밀을 알려주는 희수. 희수는 과거 학교에서의 기억을 꺼낸다. 주원은 쇼핑센터에서 벌어진 살인 사건 현장을 지나치다 수상한 정황을 발견한다.

정전기 때문에 혼자였던 계도는 정전기 덕에 번개맨 뮤지컬의 주인공이 된다. 하지만 번개맨 활동은 순탄치 않다. 국정원은 프랭크에 대한 정보를 알아낸다. 프랭크는 다음 타겟에게 향한다.

나는 누구인가. 프랭크는 타겟을 제거하며 자신의 과거를 떠올린다. 프랭크가 다녀간 이후 미현은 봉석을 더욱 통제하고 억누르려 한다. 봉석은 억눌린 감정을 분출한다.

1994년 안기부. 정보 분석관 미현은 민용준 차장으로부터 블랙 요원 김두식의 사상검증을 지시받는다. 의도적으로 두식에게 접근하고 주위를 맴도는 미현. 그런 미현을 점차 의식하는 두식. 들키지 않고 작전에 성공할 수 있을까?

서로 비밀을 공유하며 가까워지는 두식과 미현. 두식은 민 차장을 속이고 작전을 계속 진행하자고 제안한다. 어느 날, 민 차장은 돌연 미현에게 임무를 종결시키고 두식에게 극비 임무를 지시한다.

1990년, 괴물 같은 능력으로 포항파를 이끌어 울산을 접수하는 주원. 그러나 얼마 뒤 조직에 배신당하고 도망자가 되어 인천의 한 모텔에 숨어지낸다. 길을 잃고 헤매던 어느 날, 주원 앞에 지희가 나타난다.

주원은 커피 배달을 시키며 지희와의 만남을 이어간다. 주원과 대화를 나누며 지희는 조금씩 마음을 연다. 어느 날 숙소에 돌아온 주원은 지희의 비명을 듣고 그녀를 구하기 위해 벽을 부수고 들어간다.

1994년 여름. 사라졌던 두식이 미현의 아파트로 찾아온다. 그러나 이미 안기부 요원들이 미현을 감시하고 있었고, 두식은 체포된다. 두식은 민용준 차장으로부터 영원히 벗어날 방법을 모색한다.

블랙팀 해체 후, 사무직으로 발령받은 주원은 적응하지 못하고 현장을 그리워한다. 그런 주원 앞에 다시 나타난 민용준 차장이 블랙팀을 재건하기 위해 임무를 제안한다.

2003년 청계천. 노점 철거 반대 시위에 참여한 아내 윤영이 연행되자 재만은 괴력으로 아내를 구하려 한다. 그런 재만을 제압하기 위해 주원이 투입되고, 괴물들의 사투가 시작된다.

강당 사고 영상을 본 미현과 주원. 봉석과 희수가 정원고에 다니는 것이 우연이 아님을 깨닫고 정원고로 향한다. 봉석과 희수는 스포츠센터로 가기 위해 버스에 오른다. 계도는 이들을 뒤따라 탄 수상한 남자를 주시한다.

교직 생활이 어떠셨나요. 미현의 물음에 일환은 과거를 돌아본다. 계도는 준화를 따돌리기 위해 도로를 질주한다.

스포츠센터에 도착한 희수와 봉석. 봉석이 자리를 비운 사이 희수가 준화에게 공격당한다. 봉석은 희수를 구하기 위해 각성한다. 한편, 주원과 미현은 학교로 들어온 북한 요원들과 맞닥뜨린다.

사라진 두식은 어디에 있는 걸까. 덕윤에게 두식의 행방을 묻는 미현. 작전을 위해 북으로 들어간 두식의 모습이 펼쳐진다.

재만의 합류로 전세가 역전되는 듯하지만, 새로운 북한 초능력자 재석이 등장하면서 싸움은 새 국면을 맞는다. 준화는 북한군과 합류하기 위해 정원고로 향한다.

부모는 자식을 지키기 위해, 자식은 부모를 지키기 위해 끝까지 맞선다. 세대에 걸쳐 반복된 싸움을 끝날 것인가.