An 2999. La Troisième Guerre Spatiale est terminé. La galaxie profite à nouveau d'un temps de paix. Notre système solaire, avec la Terre comme chef de file, se reconstruit lentement; essayant de forger un nouvel espoir à partir des cendres de la dévastation. Star Fleet, fer de lance des défenses terrestres, est commandé ici, au siège des Forces de défense de la Terre.

Le Bomber-X a été contraint d'atterrir sur la Lune. Endommagé et l'équipage blessé, peuvent-ils survivre aux attaques du croiseur de combat extraterrestre ?

Les Forces de défense de la Terre sont à la merci de l'Alliance Impériale qui menace de détruire l'humanité si elle ne remet pas le F-01. Impulsivement, Lamia dit à l'ennemi qu'elle pourrait être le F-01. Que fera le commandant Makara ?

Bomber-X escorte un convoi de cargos à travers la ceinture d'astéroïdes où plusieurs engins ont disparu. Le croiseur de bataille impérial pose un piège et les attire dans les mers gazeuses de Jupiter. Y a-t-il une issue pour le Dr Benn et son équipage ?

Répondant à un appel mystérieux de l'espace lointain, Lamia a rendez-vous avec le voilier intergalactique Skull, mais avant qu'ils ne puissent se rencontrer, l'Alliance attaque et Lamia ne peut que regarder impuissant. Le commandant Makara possédera-t-il enfin le F-01 ?

Le Bomber-X est sur le point de se lancer dans l'espace lointain à la recherche du crâne lorsque le croiseur de bataille impérial renouvelle son attaque contre les Forces de défense de la Terre. Le Dr Benn reçoit l'ordre d'engager l'ennemi. Quels nouveaux dangers attendent son équipage dans l'espace lointain ?

Son énergie drainée, le Bomber-X dérive impuissant dans le vortex d'un trou noir. Ils sont attaqués sans remords par l'ennemi. Peuvent-ils contre-attaquer ou les Forces de défense de la Terre ont-elles perdu leur dernière défense ?

Sur la planète Alleria, une éruption volcanique déclenchée par l'Alliance menace la sécurité du Dr Benn et de son équipage. Pourquoi les étranges habitants de la planète empêchent-ils X-Bomber de décoller ?

Après une défaite humiliante par Star Fleet, le commandant Makara et le capitaine Orion sont convoqués pour exécution par le maître impérial. Ils supplient pour leur vie. Le maître impérial va-t-il céder et leur permettre de continuer leur combat pour la domination de la Terre ?

Le Bomber-X atteint la mer des arbres, mais l'Alliance n'est pas loin derrière, leur stratégie dirigée par un nouvel officier impitoyable qui a juré de détruire le Dr Benn et son équipage. Y a-t-il moyen d'échapper au piège ?

Sur une planète étrange et dévastée, Shiro et l'équipage de Dai-X répondent à un appel à l'aide, mais la planète est hantée par la malédiction de la guerre, et nos trois jeunes pilotes sont confrontés à une bataille pour leur vie. Dai-X l'emportera-t-il ?

Le capitaine Carter, soumis au lavage de cerveau du commandant Makara, tente de détruire le Bomber-X de l'intérieur. Shiro Hagen est déterminé à affronter son ancien tuteur en combat singulier. Il ne peut y avoir qu'un seul survivant. Qui sera-t-il ?

Le Bomber-X poursuit la recherche du crâne dans l'espace lointain, bien au-delà de la portée du commandement de Star Fleet. La bataille avec l'Alliance impériale pour la possession du F-01 se poursuit. Shiro Hagen peut-il échapper au fantôme du capitaine Carter ?

Un message du voilier Skull convoque Lamia et Shiro à un dangereux rendez-vous avec le mystérieux capitaine Halley. Lamia est-elle en double péril ? Shiro peut-il la protéger d'une attaque de l'Alliance ?

Dans un conflit mortel avec l'Alliance impériale, le Bomber-X subit des dommages critiques à ses systèmes de survie. La planète Morphane offre un refuge, mais le commandant Makara est déterminé à capturer Lamia. Les pouvoirs du F-01 commencent-ils à se manifester ?

Lamia est kidnappée par les soldats du commandant Makara et embarquée à bord du Imperial Battle Cruiser. Le Bomber-X est gravement endommagé. Le Dr Benn et son équipage sont impuissants. Ils rencontrent le capitaine Halley. Peut-il leur montrer un moyen de sauver Lamia ?

Lamia est détenue prisonnière dans les donjons de la planète glaciaire, condamnée par le commandant Makara à la vie dans la mort. Seul le capitaine Halley peut lire ses pensées. Sera-t-il capable de diriger le Bomber-X vers la Rainbow Galaxy ? Ou le Dr Benn arrivera-t-il à temps ?

Returning to the Alliance Base, Bloody Mary and Kozlo are promoted and get drunk celebrating. Meanwhile Halley continues to try and contact Lamia, but the extreme cold of her prison is getting to her and her thoughts are becoming weaker.

Le Bomber-X atteint enfin la planète glaciaire, dirigée par le capitaine Halley. Lamia, perdant rapidement ses forces, languit dans un donjon souterrain. Shiro, Hercules et Lee dans Dai-X se battent pour la sauver, mais le temps presse. Arriveront-ils à temps ?

Deux nouvelles armes diaboliques de l'arsenal du commandant Makara promettent la mort du F-01. Sans le savoir, l'équipage de Dai-X transporte l'assassin bionique à bord du Bomber-X. La vie de Lamia n'a jamais été aussi menacée alors que Kirara se bat contre le cyborg.

Atterrissage sur la planète Callinian où une réunion surprise attend Shiro Hagen et l'équipage du Bomber-X. Une réception royale! Mais les Calliniens épris de paix seront-ils submergés alors que l'arme ultime de Caliban sera déchaînée ?

La boule de la mort fait des ravages sur la planète Callinian. Star Fleet se bat désespérément pour vaincre la machine scientifique ultime de destruction de Caliban. Le capitaine Halley et Shiro Hagen oublieront-ils leurs différences et uniront-ils leurs forces pour vaincre le maître impérial ?

Le Bomber-X voyage à une vitesse deux fois plus élevée pour sauver la Terre, mais ils comptent sans un dernier défi désespéré de la part du capitaine Orion et du croiseur de bataille de l'Alliance. Les deux navires sont gravement endommagés, mais le Bomber-X arrivera-t-il maintenant trop tard pour arrêter l'Alliance impériale ?

Les Forces de défense de la Terre sont engagées dans une bataille désespérée contre les armes écrasantes de la planète forteresse du maître impérial. Le filet spatial électrique a emmêlé le Bomber-X alors qu'il se précipite à la rescousse. Seule la puissance du F-01 peut encore sauver la Terre.

Lamia affronte le maître impérial à l'arrivée du millénaire, la pleine puissance du F-01 contre la puissance impressionnante du maître lui-même. Le général Kyle des Forces de défense de la Terre sait que l'issue de cette bataille dépend du sort de l'univers.