Yamato, un lycéen vivant dans la ville d’Akagi, était en prison après une bagarre. Là, son camarade de classe Teru apparaît et lui dit qu’il a un projet qu’il veut qu’il entreprenne en échange de sa sortie de prison. Il se dirige vers l’endroit désigné avec son adversaire Ryugo, mais il est provoqué par Teru et les délinquants. Après avoir gagné la bagarre et avoir été emmenés sous terre, ce que Yamato et les autres ont vu était un spectacle choquant qui leur a fait croire leurs yeux.

Tous les trois, Yamato, Teru et Ryugo, montent à bord du Musashi et quittent le refuge. À l’extérieur de l’abri se trouvait un champ de bataille féroce avec des extraterrestres. Dans une telle situation, Yamato et les autres améliorent les résultats de la bataille grâce à la performance de Musashi. Cependant, les combattants extraterrestres attaquent d’une manière surprenante.

Possédé par Asuna, Ashem tente d’assassiner Yamato, mais échoue. Remarqué par Yamato, Ashem se rattrape avec une fausse confession afin de dissimuler ses actes. Plus tard, Yamato et les autres furent convoqués pour apprendre que l’un des pilotes avait été assassiné.

Amamiya, un étudiant transféré, a toujours été effrayant avec ses camarades de classe pour avoir agi avec des chats. Un jour, il erre dans la baie d’Oblivion à la poursuite d’un chat qui s’est échappé. Amamiya, qui est entré dans le cockpit du nouveau Rogue comme s’il était guidé, se rend sur le champ de bataille en pilote automatique avec le chat dessus.

Yamato et les autres aperçoivent un gang de rue en ville qui a un lien avec Ryugo, et entrent dans leur cachette. Le chef de gang était une personne inattendue. Une bataille féroce s’ensuit, mais elle est interrompue par l’apparition d’Amamiya. Après avoir reçu l’appel pour une sortie, Yamato et les autres se dirigent vers le champ de bataille avec Amamiya et combattent ensemble pour la première fois.

Au sommet, Minami explique son plan pour faire léviter Ixia jusqu’au légendaire Sanctuaire. Cependant, cela nécessitait un système avancé de manutention des navires. Pendant ce temps, Kindaichi et Kota, qui ont envahi la Baie d’Oblivion pour voir comment allait le nouveau Rogue, sont retrouvés par Duke.

Après avoir entendu l’histoire d’Asuna, qui a perdu ses biens, Yamato et les autres commencent à chercher un hôtel où se cachent les extraterrestres. D’un autre côté, quand elle ne peut pas voir Kota, qui est trempé après avoir sauvé un chiot qui se noie, Moeka l’emmène chez elle. Alors qu’il écoute l’histoire de Kota, un agent apparaît soudainement et se tient devant Kota.

Yamato et les autres traquent Sarzant qui possédait Hakamada, mais ils parviennent à s’échapper d’un pas. Kiyonatsu, qui regardait toute l’histoire, prétend que Yamato consultait Hakamada au sujet des dégâts causés par le harcèlement. De plus, Jun et Moeka ont été encore plus motivés par le fait qu’ils sont tous les deux devenus pilotes.

Yamato et ses amis luttent contre un avion extraterrestre au blindage inconnu. Entouré d’une clôture électromagnétique, Musashi est pris pour cible, et l’impact du coup fait que Ryugo a des flashbacks des souvenirs de sa vraie mère. Dans un besoin désespéré, Yamato apprend à faire face au Chasseur Noir grâce à l’apparition d’une personne inattendue.

Alors qu’Ixia s’apprête à faire surface, la Baie d’Oblivion est agitée. Teru y rappelle les événements du jour de la destruction. Teru, qui a perdu ses parents, a eu la vie sauve grâce à des extraterrestres. Yamato rencontre également Ashem et apprend la raison pour laquelle les extraterrestres ont envahi la Terre et ses pensées.

Alors que tous les Voleurs font face à une attaque totale des hordes de Dracters, Yamato embarque Musashi avec Urshem. Afin de gagner du temps pour faire léviter Ixia, chaque pilote est engagé dans une bataille féroce avec des extraterrestres dans diverses parties du champ de bataille, et le maire de la ville, Takekuma, apparaît à Landai.

Au milieu du grand choc qui se propage à Landai et au champ de bataille, Teru renouvelle sa détermination lorsqu’il entend un message du sud. Sur les lignes de front, les défenses sont percées, et Ibushi ordonne à Jun et Moeka de s’échapper de Maximus, mais Jun ignore l’ordre et affronte l’ennemi pour protéger Ibushi et les autres.

Une journée entière s’était écoulée depuis la bataille de la Lévitation, et dans la ville d’Akagi, la restauration des bâtiments et les opérations de mémoire des gens étaient terminées, et la Baie d’Oblivion était en train d’être réaffectée à un nouveau système. Pendant ce temps, Griffus, qui avait été emprisonné pour avoir désobéi aux ordres de la reine Crowzede, tente de s’évader de prison avec son confident.

Afin d’atteindre le vaisseau-mère Dracter qui s’est écrasé pendant la bataille lorsque Ixia a fait surface, Arshem se rend dans la colonie du canyon de Solon. Pendant ce temps, des rumeurs circulaient au sujet du souverain qui contrôlait l’académie de l’Académie Hoshiki. Se méfiant de la personne dont ils ne se souviennent pas, Yamato, Jun et Amamiya partent à la recherche de son identité.

Dans les ruines de Shelter Edicia, un avion extraterrestre qui contrôle une boule de feu apparaît. Yamato et les autres sont forcés à une position inférieure par une attaque inconnue. De plus, Arshem, qui travaille avec Victo, réaffirme la gravité du péché d’envahir d’autres planètes à travers ses interactions avec des personnes qui vivent fortement sur terre malgré le fait qu’elles soient affectées par la maladie de la Terre Rouge.

Alors qu’Ixia se prépare pour son deuxième saut, le Neuvième envahit Landeye pour une bonne cause. Teru et Amamiya, qui le savaient rapidement, décidèrent de mettre à exécution un plan par la force. D’un autre côté, Jun confie à Moeka que quelque chose d’étrange se passe dans son corps.

Ixia changea de destination à la discrétion de Margaret. Dans le même temps, Ashem retrouve sa mère, Crowzeed, qui a déjà tenté de le tuer. Pendant ce temps, l’avion de Yugra et Miesis, qui tentent de sécuriser Arshem, s’approche, et Yamato et les autres l’affrontent avec Victo.

Alors que les habitants du terrain commençaient à se déplacer, Griffars ordonna une attaque sur la colonie. Afin de ne pas impliquer Ashem dans la guerre, Yugra se précipite pour le trouver et affronte Victo. Pendant ce temps, une attaque de Dracter commence, la ville est engloutie par les flammes, et les habitants tombent dans le chaos…

Yugra et Miesis, qui ont reçu l’ordre d’enquêter sur Yamato, décident d’infiltrer Ixia. Pendant ce temps, des discussions étaient en cours à la Cour Bleue au sujet de la capture de la forteresse de Dractor dans la Ligne de l’Abri. Kota et le reste de l’équipe de Landeye annoncent un plan qui sera un indice de l’attaque.

Ashem et son groupe arrivent dans un village construit par les soldats Sidr qui sont bloqués sur le sol. Là, qu’ils soient commandants ou soldats, ils s’entraidaient et vivaient. D’un autre côté, Amamiya s’inquiète pour Jun, qui semble avoir des ennuis, et visite un certain endroit.

Avant le siège de la forteresse, les pilotes et l’équipage de l’Ixia passaient leur temps à se préparer pour la grande bataille. Pendant ce temps, Yugra et Miesis découvrent l’existence de Mirai. Teru, sentant le danger, fait sortir Mirai du laboratoire.

La bataille pour la forteresse de Draktor commence, et une invasion totale du grand nombre d’ennemis commence. Grâce à la tactique et à l’intelligence des pilotes, Yamato et les autres se battent dans les deux sens. Cependant, au milieu de tout cela, un plan inattendu attendait Dractor.

Au milieu de toutes les voix qui s’élèvent, Ashem et Margaret proposent une nouvelle voie à suivre pour la Terre et Sidr. À la Porte du Togo, un festival a été organisé pour approfondir les échanges mutuels, et Ashem et Yamato, qui se sont retrouvés pour la première fois depuis longtemps, ont passé du temps seuls.

Ils arrivent à la destination qu’Ixia visait et sont montrés à l’intérieur. Il s’agissait d’une vaste base construite en rassemblant la technologie de la Terre. Pendant ce temps, Margaret est guidée par le commandant, Dixenberg, vers un certain endroit.

Dixenberg s’envole dans l’espace avec Margaret pour accomplir son but. Le Dr Halma et ses assistants convoquèrent l’état-major de Landeye sur la passerelle pour lancer le cuirassé à la poursuite de Margaret.

Au milieu d’une bataille féroce dans l’espace, Yamato et ses amis prennent des risques pour arrêter l’attaque de l’ennemi. Yoshitsune et Musashi Cross se battaient sur leur chemin, tandis que Griffers affrontait Beloa à Sidorgore.

La route est dégagée par l’attaque des alliés, et l’assaut de Yoshitsune attaque Musashi Cross alors qu’il tente d’atteindre sa destination. Avec une aide inattendue, Yamato et les autres esquivent la poursuite et avancent. La bataille pour le destin des étoiles était sur le point de prendre de l’ampleur…

Après la bataille décisive dans l’espace, un nouveau plan était en cours sur le terrain. Pendant ce temps, la menace d’Elzedo, qui a détruit Sidr, se profile. Une nouvelle force s’éveille dans l’univers pour contrer la puissance écrasante d’Elzedo.