東京都練魔区の安アパート。そこには、日がな一日暇を持てあましている男・雲隠九郎――その正体は、職にあぶれた末端の忍者――がいた。そんな九郎の元を訪れる、中忍の加藤。加藤が持ち込んだ、『ある仕事』とは？　忍者としての使命を成し遂げるべく、九郎がいま動き出す。

『チンコを３本切れば、忍者になれる』都内で男性器を切り落とされる事件が発生。その犯人は、犯罪組織に娘を人質に取られた外国人だった。外国人に与えられた使命は、忍者の内部に潜り込み、その秘密を探ること。外国人は勘違いをしたまま、凄腕の忍者・佐々魔と戦うことになって――

講談高校で繰り広げられる、九郎ら『ＮＩＮ』と『援護工作二課（エンコー）』の、忍者同士の戦い。九郎と共に戦うくノ一の鈴木はその少し前、チンコ切り外国人の捕獲任務に当たっていた。ある時は女子高生、またある時は歴史小説家・吉田の担当編集、而して、その正体は……。鈴木の忍者としての実力が今、明らかになる。

鈴木とチンコ切り外国人の戦いに日比が参戦。乱戦が繰り広げられる中、同じく外国人捕獲の忍務を与えられた九郎は――そして、講談高校での戦いにも動きが。『第二種房中術』の使い手である蜂谷は、エンコーの隈取りギャル忍者・マコを保健室に誘い込んで……。

チンコ切り外国人の事案も解決し、九郎は本来の忍務――講談高校への潜入に当たる。転入試験に臨んだ九郎は、そこで知り合った女子高生の野口をアパートに誘う。川戸の部屋で駄弁りながら、野口から情報を引き出そうとする九郎。そんな中、川戸のテレビに『おっさんといっしょ』という番組が流れて――

講談高校に生徒として潜入した九郎は、学校に主事として潜伏していた『順風耳の使い手』と対峙する。時を同じくして、加藤は海外での忍務に従事していた部下の鬼首を呼び寄せる。「戦場はどこですか？」と問う鬼首に、加藤はこう答えた。「次の戦場は、ここだ」

『ＮＩＮ』と敵対するもう一つの忍者組織、『ＵＮ（アンダーニンジャ）』がついに動き出した。戦場を求めて『ＵＮ』に寝返った猿田の凶刃が、鈴木を襲う。『ＵＮ』の動きを察知した佐々魔は、単独で不穏な動きを見せる加藤を召喚。そこで加藤を待っていたのは、『ＮＩＮ』最高幹部・七人衆の一人で――

歴史小説家・吉田の元を夜な夜な訪れ、歴史に埋もれた過去の『忍務』を語る忍者たち。その中でただ一人だけ、未来について語った女とは……。九郎は日比と共に、絶滅危惧種のヤンキーが集う楊紀伊高校に特に理由もなく殴り込みに向かう。そして、瑛太の元には学年一の美少女・山田が訪れて――

狂気に囚われた猿田の振るう刃が、講談高校に血の雨を降らせる。姿の見えないシリアルキラーによる無差別殺人に、パニックとなる講談高校。一方その頃、楊紀伊高校に向かった九郎と日比の前に、『ＵＮ』の忍者が現れる。意外なその正体とは――

九郎と日比が対峙する『ＵＮ』の忍者――その正体は山田だった。そして、講談高校で凶刃を振るい続ける猿田を制圧すべく、鈴木と鬼首、蜂谷が動き出す。猿田が着用する『ＵＮ』の最新スーツを前に苦戦する鈴木たち。そこへついに、加藤が参戦して――

山田の底知れぬ実力を前に、圧倒される日比。その戦いを冷静に見つめる九郎の意図とは……。講談高校では、猿田との戦闘で足首を失った鈴木が戦線離脱。野口らと共に、主事の案内に従って向かった秘密の抜け穴には、『ＮＩＮ』と『ＵＮ』の血塗られた過去が眠っていた。

講談高校で繰り広げられる、鬼首と猿田の壮絶な殺し合い。『ＮＩＮ』が誇る最終兵器・『遁』の発射を要請する加藤。その陰で進行していた、『ＵＮ』の真の狙いとは……。そして、ついに刀を握った九郎。相打ち覚悟で臨む、山田との決闘の行方は――