Ao contrário do que se possa pensar, os ninjas não desapareceram do mundo contemporâneo. Enquanto os melhores entre eles ainda são encarregados de perigosas missões secretas, muitos outros estão simplesmente infiltrados na sociedade e aguardam desesperadamente por uma missão que enriqueça as suas vidas quotidianas. Kumogakure Kuro é um deles. Ele se reúne com outros colegas no telhado de uma escola para completar sua próxima missão.

Há um estrangeiro armado, vagando pelas ruas do Japão querendo encontrar ninjas. O plano deles é cortar pintos até que um dele apareça.

Kuro é o tipo de pessoa que fica cansado só de pensar em arrumar um emprego. Como ele conseguiu derrotar o estrangeiro corta-pinto sendo assim?

Mais ninjas aparecem para enfrentar o estrangeiro corta-pintos, o que revela uma trama muito maior dentro da organização dos assassinos das sombras.

Kuro Kurogakure já derrotou o estrangeiro cortador de pintos, mas agora enfrenta algo ainda mais perigoso: a prova escrita para entrar na escola.

Depois de consolidar sua posição como guarda-costas de Eita, Kuro continua investigando os segredos da escola enquanto o clima fica tenso entre os ninjas e o sangue jorra na TV.

Um assassino misterioso está usando tecnologia de ponta para atacar ninjas indiscriminadamente, colocando em cheque a lealdade dos vários agentes em ação.

O escritor Yoshida revela o segredo por trás da inspiração para seus livros, enquanto Kuro e seus amigos se planejam para atacar o Colégio Yankii a troco de nada.

O assassino da UN invade a escola e começa a fazer suas primeiras vítimas, entre alunos e professores. Onde está a gangue de Kuro enquanto isso?

Saruta continua o seu massacre no Colégio Kodan e está prestes a enfrentar Shizuka e Onikobe. Em outra parte da cidade, Kuro e Hibi perseguem a misteriosa Yamada.

A misteriosa Yamada continua deixando Hibi e Kuro confusos no telhado da escola, enquanto Suzuki, Noguchi e Sato tentam escapar do bombardeio pelos túneis subterrâneos.

Kuro e Yamada se encaram no duelo final no telhado da escola, enquanto a guerra se desenrola secretamente entre a U.N. e a NIN.