수많은 오타쿠 문화가 제거된 2011년의 일본. 아키바에서 농성하며 압정에 저항하는 오타쿠 혁명군의 젊은 리더 오타쿠 히어로는 혁명을 향한 열의를 잃어가고 있었다. 질서 유지 조직 SSC에 의한 총공격에 그를 따르는 마법소녀 아나키의 목숨을 건 호소가 아키바의 하늘을 불태운다. 붙잡힌 마법소녀 블루를 구출하기 위해 혁명군은 감옥 요새 '빅사이트'에 습격을 감행하는데!