In the year 2199, the space battleship Yamato embarks on a voyage to the planet Iscandar, to retrieve a device that will rejuvenate a war-ravaged Earth.

Année 2199. L'humanité vit ses derniers jours. La puissante flotte de la planète Gamilas envoie des astéroïdes radioactifs s'abattre sans relâche sur la surface de la Terre, la rendant inhabitable. Les survivants se sont réfugiés dans de vastes cités souterraines, mais la contamination radioactive s'enfonce toujours plus profond, et il n'y aura bientôt plus de refuge possible pour l'espèce humaine...

Nel 2199 la Terra subisce un continuo e massiccio bombardamento di asteroidi radioattivi, provenienti dall'ostile pianeta Gamilon al cui comando c'è il Supremo Desslock. Ben presto, l'intero pianeta diviene un deserto radioattivo e l'intera popolazione terrestre è costretta a rifugiarsi nel sottosuolo. L'unica speranza per l'umanità consiste nel raggiungere il pianeta Iskandar e recuperare il Cosmo DNA (un meccanismo in grado di eliminare la radioattività), offerto dalla Regina Starsha. Per questo viaggio viene scelta la nave da battaglia della seconda guerra mondiale Yamato, che giace incagliata sul fondale di un mare ormai prosciugato. La Yamato, ribattezzata Argo, viene trasformata in una nave spaziale e dotata di un equipaggio di 117 uomini, che guidati dall'esperto capitano Avatar dovranno raggiungere Iskandar e ritornare entro 365 giorni per garantire alla Terra di tornare ad essere un pianeta abitabile.