Jest rok 2062. Dwadzieścia lat po fiasku, jakim okazał się projekt Elysion, który zrujnował Ziemię, pewna dziewczyna, Cesarzowa, budzi się ze snu w podziemnym laboratorium badawczym. Nie pamiętając nic ze swojej przeszłości, Cesarzowa spotyka Norito i Miyę, razem z którymi wyrusza na powierzchnię. Po drodze zostają jednak zaatakowani przez jednostki zmechanizowanej piechoty klasy Titan. Z opresji ratuje ich czarny trójkołowiec, który twierdzi, że zna Cesarzową.

Cesarzowa udaje się wraz z Norito i Miyą do ich górskiego miasteczka, jednak znienacka atakuje ich była sojuszniczka Cesarzowej – Siła. Zdając sobie sprawę z nieuchronności porażki, bohaterowie uciekają, a Cesarzowej zostaje powierzone zadanie zdobycia zaopatrzenia z pozostałości pobliskiego szpitala, w którym znajduje się niebezpieczny ul.

Cesarzowa wraz z drużyną udaje się do garnizonu Sił Pokojowych. Znajdują tam pojazdy należące do kultu Instytucji Edukacyjnej. Cesarzowa zdaje sobie sprawę, że pojazdy ruszyły w pościg, decyduje się więc na konfrontację. Gdy okazuje się, że pojazdy ścigają Momiji, drużyna przychodzi z pomocą dziewczynie, która prosi o pomoc w misji ratunkowej związanej z opancerzonym pociągiem.

Major Wolt zdradza Cesarzowej, że do ukończenia windy kosmicznej pozostał jedynie miesiąc. Martwa Mistrzyni rozpoczyna negocjacje, które przerywa nieoczekiwany atak. Agresorem jest Charlotte, zmodyfikowana mechanicznie kobieta na usługach Instytucji Edukacyjnej. Cesarzowa usiłuje odpowiedzieć siłą, ale zostaje powstrzymana przez pułkownika.

Przypadkowe spotkanie sprawia, że Norito prosi Siłę o pomoc. Chce wezwać Cesarzową, ponieważ Miya została schwytana przez Instytucję Edukacyjną, która wykorzystuje ją w charakterze nagrody. Siła i Norito zostają jednak znienacka zaatakowani przez żołnierzy, co zmusza Siłę do odrzucenia części swojego ramienia. Osobowość dziewczyny ulega zmianie.

Siła i Norito wdzierają się na pokład lotniskowca wroga, aby uratować Miyę. Cesarzowa wraz z drużyną bierze udział w bitwie z eskadrą uzbrojonych pojazdów strażniczych. W laboratorium na pokładzie lotniskowca gromadzone są ciała dziewcząt, którym nie udało się przeżyć eksperymentów adaptacyjnych. Znajdują tam związaną Miyę oraz Lunatyczkę – awatara Artemidy.

Czarny trójkołowiec uległ uszkodzeniu i nie może przeprowadzić samodzielnej naprawy. Monica chce mu pomóc, drużyna rusza więc do Biblioteki Pamięci Sił Pokojowych po części. Na miejscu spotykają zmechanizowanego bibliotekarza imieniem Andy. Przeglądając archiwa, Monica spostrzega wzmiankę o Jessice, żonie pułkownika. Chcąc dowiedzieć się więcej, poślizguje się i wpada do piwnicy.

Do połączenia windy kosmicznej z Księżycem pozostały dwa tygodnie. Jeśli drużynie Cesarzowej uda się ją do tego czasu zniszczyć, ludzkość będzie uratowana. W tym celu muszą jednak przemierzyć Ocean Żelazny, w którym odkrywają obecność potężnych części organicznych.

Dzięki zmianom wprowadzonym w jej fizycznym ciele Cesarzowa pozbywa się gorączki. Budzi się w miejscu, którego szukała: w latarni nr 8. Nie znajdują się tam co prawda informacje dotyczące jednostek klasy Hemiteos, ale Siła odkrywa wskazówkę, która doprowadza drużynę do laboratorium w latarni nr 8, w którym przechowywany jest nośnik danych. Ktoś zostawił na nim pewną wiadomość.

Na zgliszczach pozostałych z latarni nr 8 trwa bitwa. Obserwująca starcie Lunatyczka posyła potężny promień w kierunku powierzchni. W międzyczasie Charlotte atakuje pułkownika w laboratorium i już ma go wykończyć, gdy z pomocą przychodzi mu Cesarzowa, która ratuje go od niechybnej śmierci.

Pułkownik otrzymuje wiadomość, z której wynika, że Ocean Żelazny ulega zaskakującemu wszystkich podziałowi. Oznacza to, że winda kosmiczna została połączona. Pułkownik oświadcza jednak wszystkim, że Cesarzowa ma udać się w pobliże windy, by zgodnie z planem ją zniszczyć. W ostatniej chwili Siły Pokojowe rozpoczynają bombardowanie, rozpętując tym samym ostatnią bitwę.

Na pustkowiach toczy się śmiertelna bitwa. Cesarzowa odrzuca propozycję Lunatyczki i jasno oświadcza, że będzie walczyć do samego końca. Pułkownik zostaje zbombardowany przez drony i staje w obliczu śmierci. Siła i Martwa Mistrzyni również doznają ciężkich obrażeń. Armia idzie w rozsypkę. Czy istnieje jakieś wyjście z tej beznadziejnej sytuacji?