乐园计划宣告失败，人工智能“阿尔特弥斯”选择对人类宣战，20年后，地球只剩一片废墟。名叫“皇后”的女孩在地下研究设施中独自醒来，对过去却毫无记忆。皇后结识了诺里特与米娅，一行人往地表出发，然而却遭到众多敌军挡住去路，战况即将弹尽援绝。

皇后带着诺里特和米娅回到故乡山城，却突然遭到前盟友“力量”的袭击。皇后以“线圈炮”反击，但因能量过低无法持续战斗，一行人节节败退逃逸。抵达山城后，诺里特请求皇后到邻近医院遗迹取得必要物资，然而位于该处的“蜂巢”是一大威胁。

前往和平构建军驻防地的皇后等人眼前一阵强光压境，原来是邪教“教育机构”的部队。皇后挺身面对追击而来的装甲部队，却发现他们猎捕的对象另有其人，是一名从教育机构脱逃的女孩，名叫红叶。皇后等人最终决定解救红叶，红叶则求他们救救她困在装甲列车上的朋友。

皇后等人从少佐沃尔特那里得知，轨道电梯只剩一个月就要完工了。死亡主宰再度现身，试图协商却仍然失败收场，就在她准备攻击的当下却中了夏洛特的埋伏。夏洛特是教育机构制造出的强化人类。皇后想予以反击，却被上校阻挡，这是为什么呢？

诺里特巧遇“力量”，因此向她求援，他希望她能呼叫皇后，因为米娅被教育机构掳走当作游戏奖品。接着，追击诺里特的军队出现并发动攻击。力量感觉到危险，不得不毁弃她的其中一只手臂。他们虽然成功脱逃，但力量在失去巨型手臂后性格大变，她从此变成了一个懦夫。

力量和诺里特闯进敌人的航空母舰抢救被绑架的米娅，皇后等人也从旁增援，攻击装甲守卫中队。航空母舰实验室中，适应性实验失败的女孩尸体堆积如山，像垃圾堆一样被弃置一旁。众人终于找到被五花大绑的米娅，同时发现了阿尔特弥斯的化身“卢娜蒂克”。

Black Trike can't self-repair, so they go to the Peacebuilding Force Memorial Library for the parts.

The colonel receives a message that the Iron Ocean is spreading, causing much confusion. Despite a message confirming that the Orbital Elevator is connected, the colonel tells everyone the plan is to get Empress close to the Elevator to destroy it. At the eleventh hour, the Peacebuilding Force begins their bombardment and the final battle begins.

The deadly battle unfolds in the wastelands. Empress rejects Lunatic's offer, and makes it clear that she will fight to the very end. The colonel suffers a drone barrage and faces death. Strength and Dead Master have also sustained heavy damage, and the army is all but destroyed. Is there a way out of this hopeless situation?