教育機関に拉致された子供たちはヘーミテオスユニット化の適合実験を受けさせられていた。適合の可能性があるミヤは、教育機関の陸上空母内で本格的な改造手術をされようとしていた。そのとき、ミヤを助けにきたストレングスとノリトが陸上空母内へ突入し、ふたりを援護するかのように、エンプレスたちは教育機関の護衛武装車両部隊との戦闘を開始。ラボには適合実験の失敗により、ゴミ同然に扱われた少女たちの死体が山のように転がっていた。改造施設内で拘束されたミヤを発見するが、そこにはアルテミスの化身、ルナティックもいた。人を小馬鹿にするかのようなルナティックの言動にストレングスは……。護衛武装車両部隊との戦いも大詰めとなり、そこへ教育機関のリーダーであるスマイリーとシャーロットが現れる。そして、両者相容れない激しい戦いがはじまる。

月面から伸び続けるケーブルが、地球側の軌道エレベーターと接続されるまであと二週間。それまでにエンプレスが軌道エレベーターを破壊できれば、人類の敗北は避けられる。だが、そこへ向かうためには鉄海を渡る必要があった。鉄海近くの港町の酒場で「鉄海渡り」を請け負う漁師、イサナが現れる。イサナに水先案内を依頼し鉄海の周辺を探査すると強力な生体パーツの反応を確認する。反応の合った浮島へ向かう一行。上陸後、二人きりになってしまったエンプレスとストレングスは巨大ギガンテスの死骸から生体パーツを発見。エンプレスが生体パーツを引き抜こうとしたとき、突然、浮島が大きく揺れた！　異変を感じたエンプレスたちは……。

高熱が続くエンプレスを回復させるには、肉体の再調整が必要だった。気を失っていたエンプレスが目覚めた場所は、目指していた場所、孤児院「ライトハウス№８」。戦災で崩壊した施設には、ヘーミテオスユニット関係の情報はなにもなかった。だがストレングスは、別の「ライトハウス№８」のラボの手がかりを見つける。手がかりをもとにラボに到着したエンプレスらは、調整室のなかで記憶媒体を発見する。そこには「ライトハウス№８」でヘーミテオスユニットの実用化を研究し、みずからも被験者となった、大佐の妻、ジェシカからのメッセージが残されていた。記録映像のジェシカが語る過去の悲惨な出来事の数々。そしてジェシカから再調整装置を使って娘、シャーロットを救ってほしいとお願いされる。再調整装置が使えるのはあと１回。エンプレスの再調整を行えばシャーロットはもとに戻せない。エンプレスらが出した答えは…！？

「ライトハウス№８」のラボ跡地では、教育機関と平和構築軍との戦いが続いていた。その戦いを軌道エレベーターの傍から見下ろしていたルナティックが、地上へ向けて強力なビームを発射。そして、攻防戦を繰り広げるデッドマスターとストレングスの前に降臨したルナティックは、復活したスマイリーに任せる。その頃、ラボの調整室では大佐がシャーロットに襲われ、トドメを刺されようとしていた。そこに現れたエンプレスがシャーロットを取り押さえると、彼女の意識を奪い眠らせる。応急処置を受けた大佐が目を覚ますと、シャーロットは再調整ポッドのなかに。しかし、武装解除できても、洗脳そのものが解けるわけではない。望みをかけて、大佐が再調整装置を稼働させる。

大佐のもとへ偵察部隊から軌道エレベーター周辺に、急激に鉄海が広がっているとの緊急連絡が入る。キャンプ地で作戦会議をはじめたものの、想定外の出来事に大佐らも戸惑いを隠せない。そんな中、天文台より月面から兵器らしきものの打ち上げが確認されたこと、軌道エレベーターが数時間前に接続されたとの報告が入る。それでも大佐は作戦を変更せず、エンプレスを軌道エレベーターの間近まで送り込み、破壊することを目的とすると全軍に伝えるのだった。その日の晩は戦闘開始までの束の間の休息。最後の戦いへ向けそれぞれが思い思いの時間を過ごす。そして着弾１時間前。平和構築軍の自走砲部隊が砲撃を開始。ついに最終決戦が始まる。

軌道エレベーター周辺の荒野で繰り広げられるドローン軍隊と平和構築軍の死闘。自らに差し伸べてきたルナティックの手を払いのけ、最後まで自分の意志を貫くことを告げるエンプレス。軌道エレベーターへ向かう大佐へドローン軍の容赦ない弾幕が降り注ぎ死を覚悟したその時、後方へ移送されたはずのシャーロットが現れる。その頃、エンプレスたちのことが気になり荒野を移動中のノリトとミヤは、撤退中のモニカと出会う。ノリトの気持ちに押され、一緒に行くことを決めるモニカ。戦場は死屍累々。精鋭のドローン軍と激闘の末、ストレングスやデッドマスターも大ダメージを負い、軍もほぼ壊滅状態。果たしてここから起死回生の策はあるのか...！？