Un nouveau Dolem a fait son apparition en ville et semble dissoudre tout ce qui l'entoure en un temps record. Ayato va devoir se battre à nouveau, même si s'est refusé à toute nouvelle intervention.

Ayato est reconduit de force à Niraikanai. Le commandement de Terra est désormais assuré par Isshiki, à la place de Kunugi. Mamoru, un ami d'Ayato venant de Tokyo Jupiter, décide de le rejoindre. Un nouveau type de Dolem fait alors son apparition et se dirige vers Nirai-Kanai.

Isshiki ordonne l'attaque de Tokyo Jupiter à l'aide de six nouvelles armes, les T.J Buster, afin de détruire le dôme qui entoure la ville. Ayato ne saisit toujours pas la signification des tatouages du Xephon, et qui parsèment son corps. Mamoru, quant à lui, continue de tourner autour de la famille Rikido, mais dans quel but ?

Haruka décide de quitter Terra et de ne plus obéir à Isshiki. Quon, sur l'île de Barbemu, continue tranquillement de jouer du piano. Reika apparait alors. Elle est en fait Ishtori. Ishtori apparaît devant Quon. C'est à ce moment que l'œuf dimensionnel noir éclot... Le dôme est enfin détruit mais cela entraîne alors des effets inattendus...

Ayato et le Xephon viennent de fusionner pour donner naissance au RahXephon sacré. Les dolems sont bien plus puissants que les forces de Terra et l'appui d'Ayato pourrait bien faire pencher la balance en leur faveur. Elvy Hadhiyat va tenter de détruire la plus grosse partie de l'armée adverse grâce à son système de TDD (trans dimensional drive unit) en créant une zone similaire à Tokyo Jupiter.