久遠はついに覚醒した──それはヘレナ・バーベムの知るところとなり、財団への移管が決定された。エルフィは配備されたばかりの新戦力ヴァーミリオンのテストを行っていた。だが、八雲とエルフィの言い争いを立ち聞きした綾人は、ついに自分にムーリアン反応があることを知ってしまう。そのときドーレムが襲来し、D1警報が発令される。迷いのまっただ中にいる綾人に代わってヴァーミリオンで迎撃に出たエルフィだったが…。

紫東恵はTERRA正式採用のため、ラーゼフォン逃走を想定したテストをやらされていた。自分の正体を知った綾人は亘理長官に食ってかかり、久遠はバーベム財団への移管を目前に、周囲に別れを告げて回る。遙は六道に彼が育てた娘のことを問い、恵はあこがれの人への思いが届かぬことを悟り、七森は一色の正体を知った。ニライカナイに住む人々の何かが確実に変わろうとしていた。そんな中で、綾人は久遠から意外な依頼を受ける。

一色新司令官によって、TERRAのダウンフォール作戦が発令された。6機のT・Jバスターを使ってTOKYO JUPITERの絶対障壁を消滅させるものだ。一色に協力を迫られた綾人は、考える時間を与えられて、小夜子や樹と会うが、自分の言葉が微妙にすれ違っていることに、まだ気づくことができなかった。自分の身体に記されたゼフォンの刻印の意味にも…。そして、六道家にかくまわれていた守は優しく接してくれていた恵に対し豹変する。

茫漠たる大海原は終末の様相をみせていた。恵に励まされ、遙は決意とともに海辺から去った。もう一度、失ったものを取り戻すために。綾人と久遠は、どことも知れぬ世界で対話をしていた。天空は、今や神々の戦さ場と化していた。世界の真実の心臓となった2体の真聖ラーゼフォンが波動を放ち、戦いを続けているのだ。だが、綾人の心はいまだ失った真実を取り戻せないでいた。そして、遙はVTOLを駆って綾人のもとへと翔び立つ。