環境省の官僚・天海（小栗旬）らが、日本沈没という未曽有の危機に立ち向かう。2023年、総理・東山（仲村トオル）は各省庁の優秀な若手官僚を集めた「日本未来推進会議」を発足。そのメンバーに天海や経産省の常盤（松山ケンイチ）らが選ばれる。そんな折、地震学者の田所（香川照之）が関東沈没を訴える記事を発表する。