日蝕的那天的一個實驗室裡，神聖的石頭被植入兩個男孩，南光太郎和秋月信彥的體內。幾十年後，世界被一分為二。有一派人想把「怪人」從社會上消滅，另一派人則想與怪人共存。在喧鬧當中，有一個正在隱居的男人南光太郎，以及一個名叫和泉葵的年輕女孩，正在利用聯合國作為平台，來呼籲大家停止歧視，以及改變這個分裂的世界。當她和光太郎相遇時，曾經停止的時間又再次轉動起來…

首相堂波真一運用他的權力，利用了窮人和社會少數派，透過怪人的非法業務來賺錢。戈爾哥姆黨，一個與堂波有聯繫的政黨，向光太郎派出了一名刺客，命令他收回帝王石。信彥也採取了行動，但他真正的目的是什麼？

小葵和光太郎在襲擊事件後，發現他們處於一種奇怪的關係。與此同時，比魯基尼亞從被通緝的川本那裡獲得了足夠的影像證據，足以推翻政府。他並沒有告訴堂波。在這一切中，小葵所參與的那場示威發展成一連串的暴力衝突與混亂。突然，秋月信彥出現了，他擁護怪人的權利，並勸說他們採取行動。

信彥和他所召集的怪人們試著重組前戈爾哥姆黨。一位老朋友拜訪了信彥，並告知他帝王石在小葵的手中，於是他便去找光太郎…與此同時，小葵很高興能再次見到他的父親，川本英夫。然而，小葵卻突然被變成怪人的父親不斷追殺，但她竟被一個意想不到的人所救。

光太郎回想起可里所說，關於打敗「創世王」的事。信彥出現，並告訴他小葵在他們的家鄉。 那裡還有一台用於怪人實驗的設施，比魯基尼亞在等著他們。小葵和她的母親被抓了， 光太郎試著拯救她們，但一隻「螳螂」卻阻礙了他的去路。在戰鬥中，光太郎知道了真相，並加深了對比魯基尼亞的仇恨和敵意，使黑日展現出新的力量。

「誰會成為下一位創世王？」三神官為了堂波，舉行了一個儀式，但卻被「創世王」拒絕了。與此同時，對戈爾哥姆黨的攻擊也在進行中。在混亂當中，達羅姆與光太郎發生衝突，但為了「怪人」的存在，他提出了繼承「創世王」的請求。另一方面，小葵與她重逢的青梅竹馬，小松俊介，解救了被抓的人，並試圖逃走。

光太郎再次面對「創世王」，意味著他得面對厭惡的過去，以及一切本應早就解決的事。在創世王的屍體前，信彥得知了可里的真相。與此同時，小葵和俊介雖然失去了各種事物，但仍成功逃走了。但在他們回家的路上，俊介與小葵分別之後，被一個反怪人組織所包圍…

莉乃為自己的死亡做好了準備，並將「鑰匙」交託給了「諾米」，然後他把它交給了她的女兒小葵。在光太郎恢復意識後，小葵與他再次重逢，她笑著告訴他自己保護了帝王石。信彥成功登上了組織的最高位，他否定達羅姆的做事方式，並要求改革戈爾哥姆黨。信彥坐著他心愛的摩托車回到了家鄉。

獲得了控制怪人權力的信彥告知首相堂波，人類應該取代怪人成為下級，聽從他們的命令。與此同時，「鯨」仍然在海洞裡提供治療。小葵加入了他們，小葵的力量讓奇蹟發生了。光太郎因奇蹟而復活，以堅強的意志說出了「熾熱天堂」一詞。

黑日超越了時間，並在天空中翱翔。他相信自己的正義，為了保護地球，他出發前往推翻影月。兩人為了他們的命運，投入了最終的戰鬥。在一場激烈的戰鬥後，信彥將帝王石交託給光太郎，並回到了可里的身邊。但在他們身後，一個一直關注整件事件的影子正可疑地潛伏著…