ヒーローに憧れた青年、蒼生シュウタはとある事件で幼馴染である翠堂アスミを助けることが出来ず、ヒーローになることを諦めてしまった。その事件から1年が経った追悼ミサの場で、シュウタは幼馴染の朱城ランと翠堂コウキに偶然再会する。「RGB」と呼ばれていた3人は事件をきっかけに少しずつ疎遠になっていた。そんな3人の携帯が突如一斉に鳴り響く。画面を見ると、死んだはずのアスミからの着信だった。

「グルメフェスティバル」を襲った竜巻による事故。そこでRGBに課せられた未来の選択により、カバをはじめ多くの人が犠牲となってしまった。そして24区のネットワークにハッキングし、謎の言葉を残した「カルネアデス」。3人はまだその正体が分からずにいた。そうした中、旧市街シャンティタウンで、強力な依存性のある謎のドラッグ「Ｄ」が流行し、犯罪率が急上昇していた。カバの娘、梢を危険な夜の街で見かけたと聞いたシュウタは、彼女の後を追いかける。

テロを阻止するため、クナイを射殺させたコウキ。一方、クナイが所属していたDoRedに疑惑が向いたことで、リーダーのランはガイケイから追われる立場となってしまった。テロを防いだコウキは、父豪理にヴィジョンの体験を語るが、未だ信頼を得ることはできず、信じてもらえない。そんな中、テレビでクナイが事前投稿してあった、ドラッグDやシャンティタウンの再開発に関する真実が流された。それを見た豪理はコウキをある場所へ案内するのであった。

「グラフィティ戦争」を仕掛けていたのはカルネアデスではなく、ランの師匠であるゼロスだった。彼からカルネアデスの居場所を聞いたシュウタは、急いでコルヌコピアの最上部へと向かおうとするが、そこにアスミからの着信が届く。届いたヴィジョンは、落雷により制御不能となったコルヌコピアのクレーンが落下し多くの人が犠牲になるか、それともクレーンのシステムを直す代わりにその修理者が犠牲になるか、という、ふたつの未来だった。さらにシステムを修理しているのはトロッコ問題を出しているはずのカルネアデスで……。