Isabel sigue siendo una amenaza a los ojos de su hermana católica sin hijos. La reina María sigue en el trono y con su dura política persigue en exceso la persecución de los protestantes, incluso de su hermana. La reina María sabe que su hermana tiene una gran cantidad de seguidores en Inglaterra y, por lo tanto, encarcela a Isabel en la torre y luego la pone bajo arresto domiciliario. Cuando la reina María muere sorpresivamente a causa de un tumor, Isabel se convierte en reina de Inglaterra. William Cecil, su asesor, advierte a Elizabeth de los peligros que el casado Robert Dudley puede causar, debido a su relación inapropiada, como miembro del Consejo Privado.

La presión sobre Isabel crece ya que todavía no hay matrimonio y, en consecuencia, ningún heredero al trono. Elizabeth teme que su prima Mary Queen of Scots, recientemente enviudada, pueda reclamar su derecho al trono de Inglaterra. Sin embargo, está decidida a pensar que puede gobernar sola. Mientras tanto, sigue conociendo a Robert Dudley. Cuando su esposa muere, corren rumores de que Elizabeth podría estar detrás de su muerte. Walsingham descubre los detalles de un complot para reemplazar a Elizabeth con Mary. Incluso el duque de Norfolk parece estar involucrado y posteriormente es enviado a la torre.

Para neutralizar la amenaza de los católicos, Isabel busca un partido con el duque de Anjou. Walsingham descubre pruebas de un asesinato planeado de Elizabeth. Isabel despide al duque de Anjou cuando encuentra un cuchillo en su cama y lleva a juicio a María, reina de Escocia. Se ve obligada a ejecutarla cuando Mary Queen of Scots es declarada culpable. Esta ejecución enfurece a los españoles y, como consecuencia, envían su Armada para luchar contra los ingleses. Sin embargo, los ingleses pueden derrotar a la Armada. La noticia de la muerte de Dudley deja a Elizabeth desconsolada, pero cuando conoce al hijastro de Dudley, el conde de Essex, se deja seducir por él.

La reina se niega a pagarle cuando el conde de Essex, el nuevo héroe nacional, regresa con menos riquezas de las esperadas. Luego viaja a Irlanda para sofocar una rebelión. Allí no le está yendo tan bien como esperaba. Elizabeth, sin embargo, no le permite volver a casa. Para su consternación, él se da por vencido y acepta un alto el fuego. De vuelta en Inglaterra, el conde de Essex encabeza una rebelión contra la reina Isabel. Él y los otros miembros de la rebelión son puestos en la torre después de que no pudieron movilizar suficiente apoyo. Finalmente, Essex es ejecutado.