1598 sticht eine holländische Handelsflotte in See. Ihr Ziel: Japan. Doch ein heftiges Unwetter vereitelt alle Pläne. Nur eines der fünf Schiffe erreicht Japans Küste: die Erasmus. Ihr Navigator John Blackthorne gehört zu den wenigen Überlebenden. In dem fremden Land begegnet ihm jeder mit Misstrauen

Blackthorne wird von dem portugiesischen Seemann Vasco nach Osaka gebracht. Toranga, einer der mächtigsten Männer des Landes will ihn verhören. Pater Sebastio übergibt Vasco die gestohlenen Seekarten und das Logbuch der Erasmus. So soll bewiesen werden, dass Blackthorne eine Pirat ist.

Blackthorne wird dem mächtigen Toranaga vorgeführt. Der Piratetrie angeklagt, sperrt man ihn bis zu seinem Prozess in ein Massengefängnis. Dort erfährt er von einem Franziskanermönch, was die Jesuiten unter Missionsarbeit in Japan verstehen

Blackthorne deckt die Methoden jesuitischer Missionare auf. Die sehen ihr schwarzes Schiff bedroht und versuchen, ihn zu töten. Nur knapp entgeht der Navigator einem Anschlag. Toranga will indessen von Schloss Osaka fliehen. Als Blackthorne davon erfährt, bietet er ihm seine Hilfe an.

Blackthorne will in Osaka eine neue Mannschaft anheuern. Aber im Schloß wird ein neuer Anschlag auf ihn verübt, dem er mit knapper Not entkommt, weil sich Mariko schützend vor ihn stellt, dabei aber selbst den Tod findet.

Ein Pater begleitet Blackthorne zu einem Schiff. Der Engländer will nach Anjiro segeln und von dort mit dem Rest seiner Crew die Rückreise nach England antreten. Doch auch dieser Plan wird vereitelt.

Kann er Japan noch verlassen?