El número inexplicable de muertes en criminales llamaría la atención del FBI y la de un famoso detective privado conocido como «L». Este deduce rápidamente que el asesino en serie, apodado por el público como «Kira» (キラ? derivado de la típica pronunciación japonés de la palabra inglesa «killer», lit. «asesino»), se encuentra en Japón. Asimismo se da cuenta que Kira sólo asesina a criminales. Ryuk le dice a Light que si alguien toca la Death Note podría verlo, así que Light decide esconder el cuaderno. Mientras tanto, el FBI se encontraba debatiendo los extraños acontecimientos que suceden con los criminales.

Light escribe el nombre de Naomi un trozo del Death Note, pero resulta que es un nombre falso. Tras una serie de engaños consigue que Naomi le revele su verdadero nombre y logra escribirlo en el cuaderno haciendo que ésta se suicide. Mientras tanto, L se organiza con el FBI para elaborar planes para encontrar a Kira.

Luego que Light termina de hablar con Misa, L afirma que Light ha sido su primer y mejor amigo. Light, sorprendido, le corresponde la amistad, diciéndole que lo echa de menos en la universidad. Light luego afirma que es amigo de Hideki Ryūga, pero Kira es el enemigo de L y el resto pasa a segundo plano. L llega a la conclusión de que los dos Kira se pudieron haber reunido.

L idea el plan definitivo para atrapar a Higuchi y ver como mata a las personas. Matsuda aparece en un especial televisivo que prometía revelar la identidad de Kira al final, al ver esto Higuchi se desespera y empieza a buscar el nombre de Matsuda. Llama a la supuesta agencia en la que trabajaba Matsuda y le dicen que busque en los archivos de la compañía. Higuchi se dirige al edificio donde se encuentran los archivos, el cual era vigilado por L, al llegar busca y encuentra el supuesto nombre de Matsuda y lo anota en el cuaderno. Al ver que Matsuda no ha muerto, decide hacer el trato por los ojos de shinigami; todo esto estaba siendo observado por las cámaras de vigilancia de L. Luego Higuchi mata a un policía sin saber su nombre y L da la orden de atraparlo, tomando en consideración que puede matar con solo ver un rostro. Comienza una persecución en la que termina Higuchi atrapado por la policía. Sabiendo que fue expuesto, Higuchi está dispuesto a hacer lo que sea para evitar ser arrestado.

El episodio muestra un resumen de la serie hasta el momento antes de volver con el argumento. Light comienza a juzgar criminales una vez más para crear su nuevo y perfecto mundo. Las naciones del mundo comienzan a apoyar a Kira, el mundo se divide en los que apoyan a Kira y los que no. 5 años después, Wammy's House, un orfanato para chicos superdotados de donde provenía L, recibe la noticia de que éste ha muerto. Esta noticia llega a los jóvenes Near y Mello, los sucesores de L. Aunque L señaló a Light como su sucesor, Mello y Near deciden investigar el «caso Kira» individualmente. En este episodio muere Aiber cuyo nombre verdadero es Tierry Morello, también muere Wedy (Marrie Kenwood) en un accidente y todos los miembros del grupo Yotsuba por parte de Kira.

Un shinigami desciende al mundo humano a recuperar el cuaderno que Ryuk le robó, lo que supone la renuncia por parte de Light a los derechos de posesión del cuaderno. Con la intención de recuperar el cuaderno robado, el equipo de investigación es enviado a irrumpir en la guarida de Mello y además, el padre de Light hace un pacto con Ryuk para obtener los ojos de shinigami. Finalmente, y justo tras recuperar el cuaderno y negarse a matar a Mello, el padre de Light muere. Sin embargo, y gracias a la renuncia de Light a la posesión del cuaderno, el padre de Light muere feliz al creer que su hijo no es Kira ya que puede ver, justo antes de morir, el tiempo de vida restante de éste.

Mello, con la ayuda de su compañero Matt decide secuestrar a Takada al descubrir la relación entre ella y Light. Sin embargo, Matt muere abaleado por los guardaespaldas de Takada y Mello muere a manos de ella por indicación de Light, que había previsto un posible retorno de Mello. Mientras, Near acuerda con Light una reunión entre los 2 equipos; la SPK y el equipo de investigación. Finalmente, y en giro sorprendente de los acontecimientos, Light provoca que Takada se suicide y queme el lugar en el que Mello la tenía recluida.