ยางามิ ไลท์ นักเรียนมัธยมปลายอัจฉริยะเซ็งโลกได้ครอบครองอำนาจชี้เป็นชี้ตายมาไว้ในกำมืออย่างไม่ทันตั้งตัว

อาชญากรและคนชั่วในโลกล้มตายลงอย่างต่อเนื่อง แอลพบกับผู้แทนจากหลากหลายประเทศทางคอมพิวเตอร์

ยมทูตนามว่าลุคที่นำเดธโน้ตมาสู่โลกมนุษย์ เตือนไลท์ว่ามีคนตามรอยเขาอยู่

ไลท์ หรือที่ทั่วโลกรู้จักในนามคิระ ต้องการเข้าใจถึงขอบเขตของพลัง จึงลองทดสอบเดธโน้ตด้วยการฆ่านักโทษหกคนโดยใช้วิธีแตกต่างกัน

ยางามิ โซอิจิโร่ ต้องการพบแอลซึ่งๆ หน้า เมื่อพบว่าแอลแอบพาเจ้าหน้าที่เอฟบีไอเข้ามาในญี่ปุ่น

ไลท์พบผู้หญิงคนหนึ่งที่กรมตำรวจ เธอต้องการบอกข้อมูลสำคัญให้หน่วยสืบสวนพิเศษคดีคิระรู้

ไลท์คิดจะใช้เดธโน้ตกำจัดผู้หญิงที่อาจเป็นเหตุให้เขาถูกจับได้ แต่แล้วก็ต้องแปลกใจเมื่อทำไม่สำเร็จ

แอลยืนยันจะติดเครื่องดักฟังและซ่อนกล้องในบ้านของผู้กำกับยางามิและรองอธิบดีคิตามูระ

เหตุฆาตกรรมยังดำเนินต่อไป แอลสงสัยในพฤติกรรมที่สงบนิ่งเกินไปของไลท์มากขึ้นเรื่อยๆ จึงเริ่มลงมือสืบสวนด้วยตนเอง

แอลยิ่งสงสัยไลท์มากขึ้นจนต้องชวนมาร่วมวงสอบสวน

ผู้ประกาศข่าวและนักวิจารณ์ซึ่งสงสัยในตัวคิระเสียชีวิตไปทีละคน ตามคำทำนายในเทปที่ส่งมาให้ช่องซากุระ

คิระเบอร์สองยังลอยนวล แอลจึงขอให้ไลท์เข้าร่วมหน่วยสืบสวนพิเศษและปลอมตัวเป็นคิระตัวจริงเพื่อจับตัวปลอม

ไลท์ไปอาโอยามะเพื่อสืบหาตัวตนที่แท้จริงของคิระเบอร์สองก่อนที่แอลจะสงสัยไปมากกว่านี้

ไลท์กับมิสะให้อีกฝ่ายดูเดธโน้ตของตน ก่อนที่ไลท์จะขอให้มิสะส่งยมทูตของเธอที่ชื่อเรมไปฆ่าแอล

หลักฐานที่พบบ่งชี้ว่าอามาเนะ มิสะคือคิระเบอร์สอง

มิสะยังคงถูกควบคุมตัว แม้ว่าความทรงจำเกี่ยวกับเดธโน้ตจะหายไปหมดแล้ว

ผ่านไป 50 วันแล้วที่มิสะกับไลท์ถูกคุมขัง แต่ก็ยังมีการตายเกิดขึ้น

แอลยังคลางแคลงใจ ในขณะที่ไลท์และมิสะซึ่งถูกล้างความทรงจำเกี่ยวกับการที่ตัวเองเคยเป็นคิระกลับไปยังสำนักงาน

มัตสึดะซึ่งเป็นสมาชิกหน่วยสืบสวนพิเศษที่ได้รับมอบหมายให้จับตาดูมิสะ ต้องการสร้างผลงานให้ตัวเอง

ทีมของแอลได้รู้ว่าโยตสึบะกรุ๊ปมีการนัดประชุมลับเพื่อหารือเรื่องการกำจัดบุคคลที่จะสร้างปัญหาให้บริษัท

โยตสึบะกรุ๊ปจ้างเอรัลโด้ คอยล์ให้ค้นหาตัวตนที่แท้จริงของแอล

มิสะสามารถตีวงผู้ต้องสงสัยว่าเป็นคิระในโยตสึบะกรุ๊ปให้แคบลง จนพุ่งเป้าไปที่ฮิกูจิ

ฮิกูจิจากโยตสึบะกรุ๊ปพยายามจะฆ่ามัตสึดะจากหน่วยสืบสวนพิเศษ แต่แล้วก็ต้องแปลกใจเมื่อผ่านไป 40 วินาทีแล้ว เขายังไม่ตาย

ฮิกูจิถูกจับและยอมคายความลับเรื่องเดธโน้ตให้เจ้าหน้าที่สืบสวนรู้

ไลท์ที่ความทรงจำกลับมาแล้ว สั่งให้มิสะลงมือฆ่าหลังจากที่ฮิกูจิตายไป

ไลท์กำจัดทุกคนที่ขวางทางออกไปและใกล้จะสร้างโลกในอุดมคติได้สำเร็จ

ทีมสืบสวนได้สมาชิกใหม่อย่างเนียร์ ซึ่งเป็นเจ้าหน้าที่คนสำคัญในเอสพีเค องค์กรที่ก่อตั้งขึ้นเพื่อตามล่าตัวคิระโดยไม่พึ่งพาความช่วยเหลือจากแอล

ไลท์ที่แสร้งทำตัวเป็นแอลได้เปิดเผยกับเนียร์ว่าซายุ น้องสาวของเขาถูกใครบางคนลักพาตัวไปเพื่อใช้เป็นหมากแลกเปลี่ยนกับเดธโน้ต

ไลท์พยายามหาแหล่งกบดานของเมลโล่และมาเฟียหุ้นส่วน โดยใช้ดวงตาของมิสะเพื่อตามหาเจ้าของเดธโน้ตคนปัจจุบัน

เพื่อสร้างความมั่นใจว่าตัวเองจะไม่ถูกคิระฆ่า เมลโล่จึงบุกเข้าไปในสำนักงานเพื่อเอารูปถ่ายของตัวเองคืนมา

เนียร์ติดต่อหน่วยสืบสวนพิเศษของญี่ปุ่น เขามั่นใจว่าคิระเป็นสมาชิกของหน่วยนั้น

ทาคาดะ คิโยมิ ผู้ประกาศข่าวคนดังกลายเป็นโฆษกประจำตัวคิระที่คอยส่งข้อความของเขาให้โลกรู้

ไลท์แกล้งสืบสวนคิโยมิ

ไอซาว่ารู้ความจริงจึงบอกเนียร์ ซึ่งรู้เรื่องโน้ตดีอยู่แล้ว

ไลท์สั่งให้คิโยมิจัดการเนียร์

เนียร์และคนของเอสพีเคได้พบกับไลท์และหน่วยสืบสวนพิเศษที่โกดังแห่งหนึ่งเพื่อเปิดฉากปะทะกันครั้งสุดท้าย

มิกามิเขียนชื่อเจ้าหน้าที่สืบสวนทุกคนลงในเดธโน้ต เวลาผ่านไปหนึ่งนาที แต่กลับไม่มีใครตาย