｢このノートに名前を書かれた人間は死ぬ｣という力を持つ、死神が落とした恐るべき“デスノート”。 ノートを拾い、世の中の犯罪者たちを抹殺して理想的な新世界を築こうとする高校生･夜神月と、彼の行為を止めるべく捜査に乗り出す謎の名探偵L。一冊のノートから始まる天才vs天才の壮絶な頭脳戦が繰り広げられる。

日本に潜入していたＦＢＩ捜査官の死の直前の情報を分析したエルが注目したのは、駅構内の監視カメラが捉えていたレイ＝ペンバーの死のシーンであった。レイが改札とホームで手にしていた封筒が、死亡した際には見当たらず、遺留品リストにもない。絶命寸前のレイが必死に走り去る電車の中を見ようとしていることからエルは、キラがその車中にいたかもしれないと推理した。

監禁50日目。キラが犯罪者の裁きを開始してから一ヶ月以上が経過しても、一向に月と海砂の監禁を解く様子のないＬに苛立ちを感じ始めた相沢は、キラ＝月という推理が外れたことを認めたくないから監禁を解かないのではないかとＬを問い詰める。他に疑う者がいないことから月に固執していたＬは、相沢の言葉を聞きいれ、総一郎に２人の監禁を解く為の条件を直接話したいと本部へ戻ってくるよう告げる。

計画通りに誘い出された火口は松田を始末する為、海砂の事務所へと侵入し、引き出しから松田の履歴書に記された名前をデスノートに書き込み、履歴書を元に位置に戻した後、直ぐさま事務所を後にする。Lと月は、わざわざ履歴書を元の位置に戻したこと、松田の名前をメモした途端に冷静さを取り戻した火口の行動に疑問を感じる。