La historia comienza en el mundo de los shinigami, donde uno de estos seres llamado Ryuk, se encontraba aburrido; por otro lado, en el mundo humano, Light Yagami, un estudiante japonés, igualmente estaba aburrido. Un día, cuando Light termina las clases, encuentra un cuaderno negro tendido en el suelo, llamado «Death Note», un cuaderno sobrenatural que es capaz de matar personas si se escriben los nombres en él y si el portador visualiza mentalmente la cara de quien quiere asesinar. Más tarde comienza a leer las instrucciones y decide probarlo con un hombre que tenía secuestradas a varias personas. Cuarenta segundos después de haber escrito el nombre en la libreta, el secuestrador muere. Asombrado por el poder del cuaderno y al mismo tiempo dudoso, decide probarlo con otra persona, eligiendo a un joven que pretendía abusar de una chica y efectivamente el hombre muere, por lo que se da cuenta que su poder es real. Después de cinco días, recibe la visita de Ryuk, a quien Light le cuenta que su objetivo es matar a todos los criminales, para así limpiar al mundo de la maldad y convertirse en el «dios del nuevo mundo».

Light con ayuda de Ryuk descubre que se habían colocado 64 micrófonos y cámaras ocultas en toda su casa por orden de L para vigilarlo mejor, pero esto no es suficiente para detener a Light, quien evade las cámaras y los micrófonos mientras continúa asesinando a los criminales. Más tarde, Ryuk le indica donde están ubicadas las cámaras y micrófonos y el joven elabora un plan para continuar matando a criminales sin ser detectado frente a las cámaras, eso eventualmente le proporciona una coartada perfecta que le quita de toda sospecha, pues L es su propio testigo, por lo cual L ordena quitar las cámaras y los micrófonos y reducir sus sospechas en un 5%.

Light y Misa no confiesan, así que Soichiro y L toman una decisión drástica; hacer una actuación en la cual el padre de Light iba a matarlo y luego se iba a suicidar, Light y Misa actúan como cualquier persona a punto de morir y L decide sacarlos de su confinamiento. Ahora alguien más estaba juzgando criminales en el nombre de Kira, la Death Note ahora pertenece a otra persona. Son 8 los sospechosos, todos pertenecientes al grupo Yotsuba.

L idea el plan definitivo para atrapar a Higuchi y ver como mata a las personas. Matsuda aparece en un especial televisivo que prometía revelar la identidad de Kira al final, al ver esto Higuchi se desespera y empieza a buscar el nombre de Matsuda. Llama a la supuesta agencia en la que trabajaba Matsuda y le dicen que busque en los archivos de la compañía. Higuchi se dirige al edificio donde se encuentran los archivos, el cual era vigilado por L, al llegar busca y encuentra el supuesto nombre de Matsuda y lo anota en el cuaderno. Al ver que Matsuda no ha muerto, decide hacer el trato por los ojos de shinigami; todo esto estaba siendo observado por las cámaras de vigilancia de L. Luego Higuchi mata a un policía sin saber su nombre y L da la orden de atraparlo, tomando en consideración que puede matar con solo ver un rostro. Comienza una persecución en la que termina Higuchi atrapado por la policía. Sabiendo que fue expuesto, Higuchi está dispuesto a hacer lo que sea para evitar ser arrestado.