La historia comienza en el mundo de los shinigami, donde uno de estos seres llamado Ryuk, se encontraba aburrido; por otro lado, en el mundo humano, Light Yagami, un estudiante japonés, igualmente estaba aburrido. Un día, cuando Light termina las clases, encuentra un cuaderno negro tendido en el suelo, llamado «Death Note», un cuaderno sobrenatural que es capaz de matar personas si se escriben los nombres en él y si el portador visualiza mentalmente la cara de quien quiere asesinar. Más tarde comienza a leer las instrucciones y decide probarlo con un hombre que tenía secuestradas a varias personas. Cuarenta segundos después de haber escrito el nombre en la libreta, el secuestrador muere. Asombrado por el poder del cuaderno y al mismo tiempo dudoso, decide probarlo con otra persona, eligiendo a un joven que pretendía abusar de una chica y efectivamente el hombre muere, por lo que se da cuenta que su poder es real. Después de cinco días, recibe la visita de Ryuk, a quien Light le cuenta que su objetivo es matar a todos los criminales, para así limpiar al mundo de la maldad y convertirse en el «dios del nuevo mundo».

Light escribe el nombre de Naomi un trozo del Death Note, pero resulta que es un nombre falso. Tras una serie de engaños consigue que Naomi le revele su verdadero nombre y logra escribirlo en el cuaderno haciendo que ésta se suicide. Mientras tanto, L se organiza con el FBI para elaborar planes para encontrar a Kira.

Luego que Light termina de hablar con Misa, L afirma que Light ha sido su primer y mejor amigo. Light, sorprendido, le corresponde la amistad, diciéndole que lo echa de menos en la universidad. Light luego afirma que es amigo de Hideki Ryūga, pero Kira es el enemigo de L y el resto pasa a segundo plano. L llega a la conclusión de que los dos Kira se pudieron haber reunido.

Después de haber identificado a Kira en Yotsuba, L decide que Higuchi no debe ser atrapado hasta descubrir que métodos utiliza para matar. Para ello, deciden transmitir un especial de televisión por Sakura TV en el que alguien dirá conocer la identidad de Kira para atraer a Higuchi y descubrir como asesina a las personas. Varias personas de Yotsuba hacen un acuerdo con Light para que Higuchi caiga en la trampa. Mientras el tercer Kira se dirige a la estación de televisión, L y el equipo de investigación está atento a cualquier movimiento observando las cámaras instaladas con anterioridad. Higuchi está decidido a detener a la persona que revelará la identidad de Kira; Matsuda.