Light attende una settimana prima di uccidere Raye Pember. Dopodiché lo segue sul treno e lo costringe a scrivere i nomi dei suoi colleghi su un foglio del Death Note, minacciando la sua famiglia. A causa della morte contemporanea di dodici membri dell'FBI, la polizia inizia a tirarsi indietro e il presidente degli Stati Uniti d'America richiama l'FBI dal caso Kira. Tuttavia Naomi Misora, fidanzata di Raye ed ex agente del Bureau in congedo, si mette sulle tracce di Kira in cerca di vendetta. Intanto Light fa pervenire ad Elle un messaggio in codice con scritto: "Elle, lo sai che gli shinigami mangiano solo mele?". Nonostante il messaggio costituisca una sorta d'indizio, Elle lo prende per una semplice provocazione e inizia a pianificare la sua prossima mossa.

Il detective Tota Matsuda e Light si offrono volontari per incontrare il secondo Kira. In possesso degli occhi dello shinigami, Misa scopre che Kira è Light Yagami, perché in quanto possessore di Death Note, non riesce a visualizzare la durata di vita del giovane. La donna non si fa però riconoscere e la squadra cambia dunque approccio, cercando di farla ragionare. Trasmettono dunque un videomessaggio in cui condannano Kira come un assassino senza cuore, che ucciderebbe chiunque dovesse scoprire la sua vera identità. Si offrono inoltre di concedere una riduzione di pena nel caso in cui il secondo Kira riveli informazioni su quello vero. Misa ignora il messaggio, trova Light e spiega di averlo cercato perché innamorata di lui.

Misa si reca all'incontro con gli uomini d'affari e viene contattata da Rem che mostra la sua presenza facendole toccare un pezzo del quaderno. La ragazza non riacquista i suoi ricordi, ma Rem le rivela che era il secondo Kira e che la situazione che si è venuta a creare era stata prevista da Light; poi le mostra l'identità del nuovo Kira che si dimostra essere Kyosuke Higuchi. Intenzionata a smascherarlo, Misa si reca ad un appuntamento con lui, dimostra di essere il secondo Kira facendo uccidere a Rem un uomo e riesce quindi a ricavarne una confessione convincendolo a interrompere le morti per dimostrarle di essere veramente Kira. Intanto Elle è insospettito dall'improvvisa sicurezza di Misa nel determinare l'identità di Kira.