Terwijl ze plannen maken voor hun laatste grote drugsdeal, zijn Walt en Jesse bang dat hun enige afnemer hen zal vermoorden zodra hem dat uitkomt.

Terwijl de DEA een jacht op Tuco in gang zet, schakelt Skyler Hank in om op zoek te gaan naar Walt.

Als Hank op het punt staat om Walts rol in de drugshandel te ontsluieren, bedenkt hij een plan om zijn sporen uit te wissen.

Walt heeft moeite met het overbruggen van de kloof tussen hem en Skyler. Jesse heeft geen dak boven z'n hoofd, nadat z'n ouders hem uit huis hebben gezet.

Hank probeert zich groot te houden na zijn ontmoeting met Tuco. Ondertussen stelt Jesse een team samen om meer producten op straat te kunnen verkopen.

Terwijl Jesse de verslaafden, die Skinny Pete's drugsvoorraad hebben gesloten, achtervolgt, verzint Walt een verhaal dat verklaart hoe hij zijn behandelingskosten betaalt.

Door Jesse's plotselinge reputatie als drugsbaron, beluit Walt dat hij de handel moet uitbreiden. Ondertussen laat Hanks uitstapje naar het DEA-kantoor in El Paso hem op z'n grondvesten schudden.

Na Badgers arrestatie moeten Walt en Jesse samenwerken met Saul Goodman, een louche advocaat.

Bang dat hij niet lang meer te leven heeft, besluit Walt met Jesse de woestijn in te gaan voor een marathon meth-kooksessie.

Na het goede nieuws over zijn kankerbehandelingen, vraagt Walt zijn zwager Hank om advies voordat hij zich stort op het rechtzetten van zaken aan het thuisfront.

Na de dood van één van hun dealers moet Walt op zoek gaan naar een nieuwe laadplaats voor zijn meth. Aan het einde van de zwangerschap heeft Skyler tegenstrijdige gevoelens.

Nadat hij de geboorte van zijn dochter heeft moeten missen vanwege een grote drugsdeal, krijgt Walt ruzie met Jesse's vriendin Jane over zijn aandeel.

Walt wil zijn leven weer op het goede spoor krijgen als hij zich voorbereidt op z'n operatie en zijn bron van inkomst geheim wil houden voor Skyler en Walt Jr.

Walt heeft te maken met de nasleep van de vliegtuigcrash en een steeds kwadere Skyler, die peinst over de volgende stap in haar leven en dat van haar kinderen. Ondertussen wordt Jesse geconfronteerd met zichzelf.

Ondanks hoogoplopende spanningen in zijn thuissituatie, haalt Walt alles uit de kast om zijn gezin bij elkaar te houden. Walt Jr. haalt uit naar zijn moeder. Saul doet zijn best om Jesse te betrekken bij een hoogst ongebruikelijke investeringsmogelijkheid.

Walt trekt zich niets aan van Skylers eisen, waardoor hij haar steeds verder van zich af duwt. Saul smeekt Jesse om Walt over te halen weer te gaan koken. Op zijn werk gaat Hank, nog steeds geteisterd door paniekaanvallen, over de schreef.

Walt draait door als hij nieuws krijgt van Skyler en brengt daarmee zijn baan en zijn relaties met Saul en Jesse in gevaar. Hank stort zich volledig op zijn onderzoek naar de blauwe meth van Heisenberg. Jesse bedenkt een nieuw plan.

Gus intensiveert zijn pogingen om Walt weer aan het koken te krijgen, waardoor Walt en Jesse in een conflict raken. Skyler twijfelt over haar nieuwe relatie met Ted. Marie neemt Skyler in vertrouwen over haar zorgen om Hanks gezondheid.

Walt neemt zijn nieuwe lab in gebruik. Walt Jr. wil antwoord op vragen over de relatie tussen zijn ouders. De Mexicaanse neven jagen het personeel van Gus’ restaurant de stuipen op het lijf. Het onderzoek van Hank brengt Walt en Jesse in problemen.

Een woedende Hank gaat de confrontatie aan met Jesse en komt in de problemen op zijn werk. Skyler wil dat Walt actie onderneemt om Hank te helpen. Walts nieuwe lab-assistent verpest de eerste lading meth. De acties van Gus hebben grote gevolgen.

De familie wacht op nieuws over Hank. Walt vervangt zijn lab-assistent en probeert Gus tevreden te houden. In het ziekenhuis ziet Walt één van de Mexicaanse neven en realiseert hij zich dat hij door het oog van de naald gekropen is.

De vooruitzichten voor Hanks herstel leiden tot een conflict tussen Marie en hun verzekeringsmaatschappij. Jesse zoekt een manier om de opbrengst te verhogen.

Na een lang gespannen nacht in het meth-lab bezorgt een vervelende vlieg die weigert dood te gaan Walt en Jesse extra kopzorgen.

Hank is ontevreden over de snelheid van zijn herstel, Skyler twijfelt aan Sauls witwaspraktijken en Jesse wordt verliefd op een medepatiënt.

Jesse achtervolgt de dealers die Combo's moord hebben gepland. Hank weigert het ziekenhuis te verlaten en Skyler zet Walt onder druk om haar plan te accepteren.

Nadat hij twee dealers van zijn baas heeft uitgeschakeld, beseft Walt dat Gus van plan is hem en Jesse te vermoorden en Walt te vervangen door zijn voormalige assistent.

Na de cliffhanger van het derde seizoen zien we dat Walt en Jesse angstvallig afwachten wat Gus' volgende stap zal zijn.

Terwijl Walt zijn verdediging tegen Gus voorbereidt, moet Jesse omgaan met de druk door zijn vriendschap met Badger en Skinny Pete nieuw leven in te blazen.

Terwijl Walt zich zorgen maakt over Gus' bemoeienissen en Jesse's fragiele gemoedstoestand, voert Skyler de druk op om te krijgen wat ze wil.

Als Skyler tegenover Hank en Marie een verhaal verzint over de financiën, ontdekt Walt dat Hank met een nieuw onderzoek is begonnen.

Jesse maakt een angstaanjagende rit met Mike als ze op de vlucht zijn voor pick-ups. Hierdoor is Walt bezorgd dat zijn partner het niet overleeft.

Skyler neemt een afstandelijke houding aan als ze vermoedt dat Walt niet de waarheid vertelt. Ondertussen bewijst Jesse zichzelf aan Mike en Gus.

Met de opdracht om de auto die hij voor zijn zoon heeft gekocht terug te brengen, neemt Walt wraak door Skyler in de problemen te brengen met hun witwaspraktijken.

Als Hank aantoont dat Gus de meth-koning is van Albuquerque, is Walt bang dat hij en Jesse worden vermoord om hun baas te beschermen.

Terwijl Walt Hanks onderzoek naar de Albuquerque meth-wereld probeert te ondermijnen, moet Gus na een doodsbedreiging nadenken over een deal met een Mexicaanse kartel.

Met een zwaar gehavende Walt, die nog steeds herstellende is van de strijd, sleept Gus Jesse mee naar Mexico om de deal te sluiten met het kartel.

Terwijl Skyler Ted onder druk zet om haar geld aan te nemen om zijn belasting te betalen, dringt Gus erop aan dat Jesse zijn werk in het lab alleen moet voortzetten.

Terwijl hij zijn familie opdraagt om te profiteren van de bescherming die de DEA aan Hank biedt, wacht Walt op wat het lot voor hem in petto heeft.

Als hun plan om Gus te vermoorden wordt doorgezet, moeten Walt en Jesse snel handelen om hun sporen uit te wissen en een zekere dood te vermijden.