Agent Coulson se vrací, aby složil speciální tým, který bude po Bitvě o New York reagovat na nepozemské hrozby. Spolu se špičkovým agentem Wardem, tajemnou Melindou May, dvojkou geeků a hackerkou se pouští do prvního případu. Tím se stává "neregistrovaný superhrdina", který zachránil ženu z hořícího domu. Jeho schopnosti však ohrožují nejen jeho samotného, ale také široké okolí.

Coulson, Trip, Fitz a Simmonsová se vrací do Providence, ale všichni jsou pryč. I jejich letadlo zmizelo a tak musí začít pátrat po tom, kam všichni zmizeli. May se mezitím setkává ve Washingtonu s Mariou Hill, která nyní pracuje pro Stark Industries.

Coulson se se svým původním týmem vydává do samotného nitra Hydry, nedůvěra uvnitř celé skupiny ale přitom houstne čím dál tím víc.