스테이시의 파일을 훔쳐본 하우스는 자신에 대한 감정을 확인하고 싶어 스테이시의 주변을 계속 맴돈다. 한편, 진단을 해달라며 애걸하던 에이즈 환자가 실랑이 도중 쓰러지자 하우스는 할 수 없이 치료를 시작한다. 카메론은 그를 치료하는 중에 얼굴에 피가 튀는 일을 당한다.

아기와 목욕하다 발작을 일으킨 엄마가 아기를 물속에 떨어뜨리고 마침 출근하려다 되돌아온 아빠가 발견한다. 몸이 회복되어 돌아온 포어맨은 다시 살아난 사실에 감사하며 하우스의 자극적인 말에도 웃으며 순종하여 하우스를 짜증나게 한다.

윌슨은 하우스의 약물 중독을 끊기 위해 트리터와 협상을 진행한다. 죄를 시인하고, 감옥에 가는 대신 재활 센터에 입소하는 조건을 내걸지만 하우스는 완강히 거부한다. 커디가 나서서 하우스에게 진통제를 처방하는 걸 엄격히 금하고, 하우스가 맡은 환자도 직접 돌본다.

매티는 백혈병에 걸린 형 닉에게 골수 이식을 하려고 하지만, 갑작스런 재채기로 모든 것이 달라진다. 하우스 팀은 매티의 감염을 파악하기 위해, 매티를 더 아프게 만드는 방법을 택한다. 포먼은 다른 공여자를 찾아야 한다고 주장하고, 부모를 설득해 부분 일치하는 골수를 이식받도록 한다.

남극에서 연구를 하던 한 정신과 의사가 원인 모를 통증을 호소하며 도움을 요청한다. 하우스 팀은 남극까지 영상통화에만 의존해 올바른 진단을 내려야 하는 상황에 처한다. 한편, 하우스는 병원의 케이블 방송 유료 정책에 반발해 예산위원회에 몸담고 있는 캐머런과 신경전을 벌이기 시작한다.

애청하는 TV 낮 드라마를 보던 하우스는 주연배우의 상태에 이상을 발견하고, 뇌종양을 의심해 매니저에게 검사를 받게 하라고 전화하지만 무시당한다. 결국 리무진 운전사를 가장해 배우를 병원으로 납치해 온다. 펄펄 뛰는 배우를 설득해 뇌종양 검사를 하지만, 뇌종양이 아님이 밝혀진다.

헌팅턴병 진단을 받은 후 방황하던 13번과 함께 밤을 보낸 여자가 발작을 일으켜 병원에 입원하게 된다. 하우스와 팀의 다른 의사들은 환자를 치료하며 13번에 대해 그간 모르던 사실들을 깨닫게 되고, 하우스는 13번의 방탕한 생활이 일에 지장을 미치자 13번을 해고한다.

유전 문제로 태어날 때부터 남녀의 생식기를 모두 갖게 된 아이는 부모의 선택으로 인해 남자 아이로 크게 된다. 그러던 어느 날 농구를 하다가 갑자기 골반 통증을 호소하며 쓰러져 하우스에게 맡겨진다. 한편, 하우스는 평소와 달리 심술을 부리지도 않고 사람들에게 친절하고 정중하게 대한다.

커트너가 자살한 이후로 밤에 좀처럼 숙면을 취하지 못한 하우스는 급기야 환각 증세를 나타낸다. 윌슨의 죽은 여자친구 앰버하 하우스 앞에 나타나서 하우스의 일거수 일투족에 사사건건 참견하기 시작하고 하우스는 급기야 앰버의 말을 따르게 된다.

하우스는 프린스턴으로 돌아와서 계속 회복에 집중한다. 자신의 불행과 그에 따른 중독이 병원 탓이라고 생각한 하우스는 놀런 선생의 제안으로 진단학과장 자리에서 물러난다. 팀원들은 새로운 증상이 나타날 때마다 인터넷에 올리며 의사의 권고 대신 온라인 커뮤니티에서 받은 치료 방법을 선택하는 말 많은 비디오 게임 제작자의 진단을 내릴 수 없게 되자 그 어느 때보다 하우스의 도움이 아쉬워진다. 한편, 포어맨이 하우스의 자리를 노리는 가운데, 환자의 사례를 해결하려는 압박감으로 13번과의 관계에 긴장감이 생긴다.

마약 판매상인 미키가 거래 도중 알 수 없는 원인으로 쓰러지자 그의 동료인 에디가 그를 데리고 프린스턴 플레인즈버러에 치료받으러 온다. 하지만 큰 거래를 앞둔 미키는 치료에 필요한 정보를 진단팀에게 제공하지 않는다. 미키의 병이 심해지자 진단팀은 구식 탐정수사로 문제를 해결하려 한다. 한편, 하우스와 윌슨은 새 이웃의 마음을 사로잡기 위해 경쟁하고 체이스, 13번과 타웁은 포어맨을 골탕먹이려고 한다.

하우스와 진단팀은 개방 결혼 생활을 하며 남자 친구와 데이트를 즐기다가 아프게 된 줄리아라는 여성의 진단을 맡는다. 복잡한 상황임에도 줄리아는 행복하고 건강하지만, 일처다부 관계에 모두가 당혹감을 느낀다. 한편, 하우스는 윌슨과 샘의 관계를 시험한다.

훈육 기관의 교관이 갑자기 허리 통증을 호소하며 쓰러진다. 진단 팀은 문제아 중 하나가 교관에게 앙심을 품고 약을 먹인 것을 발견하지만, 얼마 후 그 아이가 같은 증세로 병원에 실려 온다. 한편, 하우스는 커디가 원하는 유치원에 레이첼을 합격시키기 위해 레이첼에게 면접 훈련을 시키는데...

커디의 소변에서 피가 나오자 그녀는 당황해 병원에서 정밀 검사를 시행하고 신장에 종괴가 있는 것을 발견한다. 하우스는 커디가 아프다는 것을 인정하고 싶지 않아 그녀의 병실을 찾아가지도 않는다. 정신이 온통 커디에게 쏠려 있는 하우스는 16살의 환자를 제대로 진찰하지도 못해 팀원들에게 맡겨 버리고 마는데...

어느덧 매스터스가 자신이 인턴할 과를 정할 때가 왔다. 그런데 인턴을 받지 않던 하우스가 이례적으로 인턴을 뽑겠다고 한 것이다. 하우스와는 너무나도 다른 도덕관을 가진 그녀는 고민 끝에 진단학과에서 인턴을 하기로 결심하지만 하우스는 자신의 인턴에 되려면 마지막 관문을 통과해야 한다고 하는데...

감옥에 있던 하우스에게 새로운 병원장이 찾아온다. 이식을 위해 기증자의 몸에서 추출한 폐에 생긴 문제를 해결하려고 하우스는 가석방 상태로 병원으로 돌아간다. 상자 안에 있는 폐를 살려서 이식하려면 12시간 안에 문제를 해결해야 하지만 병원의 그 누구도 원인을 알아내지 못한 상태이다.

부부 관계 강연을 하며 남자들에게 여자처럼 살라고 말하는 조는 강연 도중 갑자기 쓰러져 병원에 실려 오게 된다. 여러 가지 가능성을 추적해 보던 하우스는 조가 3년 전 음낭을 심하게 맞아 테스토스테론 수치가 낮아져 지난 3년간 남성성을 잃은 채 살았고 현재 모든 증상의 원인이 되었다는 것을 알아낸다.