Six mois ont passé depuis que les missiles ont rasé Atlanta et Philadelphie de la carte. Aaron, Miles et Rachel vivent désormais au Texas chez le père de Rachel, le docteur Gene Porter. Rongée par la culpabilité, celle-ci se remet lentement des événements survenus à la Tour. Elle se sent responsable de cet holocauste nucléaire qui a coûté la vie à tant de personnes. Charlie est quant à elle partie seule à la traque de Monroe. Quant à Neville, accompagné de son fils Jason, il parcourt les camps de réfugiés dans l'espoir de retrouver son épouse disparue.

Rachel prend d'énormes risques pour sauver Miles. Dans leur fuite, ils embarquent l'épouse malade du chef de la tribu. Pendant ce temps, alors qu'il tentent de s'infiltrer parmi les patriotes, Neville et son fils se font agresser par des réfugiés. Charlie, elle, est toujours sur la piste de Monroe avec Adam, le chasseur de primes...

Après s'être glissé à l'extérieur de la ville, Miles a découvert que les Patriotes ont menti sur le danger qui règne dans les parages. Titus et sa bande ont été neutralisés. Pourquoi sont-il donc retenus captifs ? Il propose alors à Rachel d'organiser la résistance avec la plus grande prudence. Aaron, pour sa part, est persuadé d'être connecté à la nanotechnologie. Monroe et Charlie arrivent enfin à Willoughby. Ils découvrent que les lieux sont encerclés par les soldats patriotes. Dans le même temps, un groupe de Rangers débarque en ville. Parmi eux figure un certain John Fry, qui a un passé commun avec Miles...

Pour justifier la présence militaire à Willoughby, les patriotes s'efforcent de faire croire à la population que le danger rôde. Et tous les moyens sont bons pour maintenir le climat de terreur. Rachel a sauvé Bass de sa condamnation à mort. Elle ignore que c'est son propre père qui a fait un pacte avec l'ennemi. L'arrivée du Dr Horn est une nouvelle source de problèmes pour Miles et ses amis. Neville, de son côté, a l'espoir de ramener son fils à la raison...

Miles, Charlie et Rachel arrivent au bunker pour délivrer Aaron, Cynthia et Gene. Seulement sur place, ils y découvrent tous les soldats évanouis pour une raison inexpliquée. Quant à Aaron, il se réveille avec Cynthia inconsciente dans une école où un jeune garçon a élu domicile. Dans le train pour la Maison-Blanche, Neville y aperçoit sa femme.

A Spring City, en Oklahoma, Aaron retrouve de vieilles connaissances. Grace vit seule ici depuis le malheureux "incident" de la Tour. Et drôle de coïncidence, une personne issue du passé du brillant ingénieur est arrivée en ville la veille... Au Mexique, Monroe est retenu prisonnier par son propre fils et le patron de celui-ci, Luis Nunez, qui fait office de figure paternelle auprès du jeune homme. Miles et Rachel parviendront-ils à sortir Bass de ce mauvais pas ? A l'extérieur de Willoughby, les Patriotes construisent une sorte de camp. Le Dr Porter y repère un de ses amis et veut aller le sauver. Va-t-il entraîner sa petite-fille au devant de nouveaux problèmes ? Enfin à la Maison-Blanche, Neville s'impatiente. Il ne supporte pas de voir Julia aux côtés de cet homme qui lui sert de mari...

Connor se procure l'antidote susceptible de sauver le père de Rachel. Mais arrivera-t-il à temps avec les soldats de Truman sur son chemin ? Convoqué par le Président, Tom Neville se voit proposer un surprenant marché, une nouvelle mission en échange de la vie de son épouse. Bass tente de rallier Miles à sa cause : réunir suffisamment d'hommes pour contrer les Patriotes. De leur côté, Aaron et Priscilla poursuivent leur route vers Lubbock, au Texas, sans être sûrs de ce à quoi ils doivent s'attendre...

Aaron se réveille dans un monde où l’électricité existe. Il y est marié à Priscilla et à la tête de sa propre entreprise. Tandis qu’il a peu à peu le sentiment que quelque chose ne tourne pas rond, des visages familiers commencent à apparaître.

Alors que Miles et le Dr. Porter cherchent des alliés, Monroe tente de prendre les patriotes par surprise. Entre temps, des manoeuvres politiques mettent Neville et Jason en danger, alors qu’Aaron et Priscilla avancent.

Tandis que Miles, Monroe, Charlie et Connor se précipitent pour fuir Austin, une confrontation avec les Rangers du Texas sépare Miles du groupe. Alors qu'elle recherche Miles, Charlie est confrontée à Neville qui exige des informations sur le sort de Jason. Alors que Miles, blessé, se retrouve face à des circonstances de plus en plus désespérés, Aaron apprend que la nanotechnologie a été occupée.

Unis par leur désir de faire chuter les patriotes, Neville et Monroe forment une alliance précaire. Tandis que Rachel se retrouve face-à-face avec la nano-technologie tout en recherchant Aaron, les choses ne vont pas comme prévu pour Miles, Charlie et Gene quand ils essaient de voler la réserve des Patriots de gaz de moutarde.