Rachel podejmuje próbę ratowania Milesa, a także ucieczki z chorą żoną Współplemieńca. Neville i Jason zostają zaatakowani przez uchodźców. Aaron po raz kolejny staje twarzą w twarz ze śmiercią.

Relacje między Charlie a Monroe zaogniają się. Rany Milesa i Rachel powoli się goją. Ciekawość i wyostrzony zmysł obserwacyjny kobiety mogą znów przyczynić się do jej zguby. Neville wykorzystuje potężną moc Patriotów. Rachel i Miles zaczynają organizować ruch oporu przeciw temu, co według nich może być początkiem okupacji Patriotów.

Tajemnicza nauka zdobywa nowych zwolenników. Aaron i Rachel zastanawiają się nad niezwykłymi skutkami zastosowania technologii Nano. Tymczasem on sam postanawia zaufać Cynthii. W życiu Milesa zjawia się postać z jego mrocznej przeszłości, strażnik Teksasu John Fry. Może on pomóc Mathesonowi pokonać Patriotów. Charlie ma niespodziankę dla Milesa i matki. Okazuje się że sekretarz Allenford skrywa tajemnicę ważną dla Neville'a.

Sebastianowi grozi kara śmierci. Miles zastanawia się nad konsekwencjami swojego postępowania. Charlie, Rachel i Gene poddają w wątpliwość lojalność Monroe'a. Aarona wciąż nawiedzają wizje, w których pojawiają się nowe pytania i wątpliwości.

Miles i Company zostają uwięzieni w Willoughby. Kiedy Rachel odkrywa pewne niepokojące fakty, Miles robi wszystko, aby pokonać przeszkody stojące przed nim i wszystkimi, na których mu zależy. Charlie decyduje się na rozmowę z matką. Neville i Jason wciąż walczą ze sobą.

Miles i członkowie gangu próbują się wydostać z niebezpiecznej sytuacji, w której się znaleźli. Rachel i Gene nadal walczą o swój związek. Neville podejmuje ryzykowną grę z Patriotami.

Relacje między Rachel i Gene'm pogarszają się, gdy Charlie uświadamia matce, jak bardzo wydoroślała. Neville składa Jasonowi jednoznaczną ofertę, lecz czeka go niespodzianka.

Miles, Monroe i Rachel wyruszają na południe od granicy z Meksykiem. Charlie i Gene odkrywają nowy spisek Patriotów podczas poszukiwań Aarona, który realizuje własny plan związany z nanotechnologią.

Przebywający na nieznanym terytorium Monroe musi podjąć decyzję w sprawie syna. Jasonowi nie podoba się zażyłość Neville'a i Julii. Za sprawą Gene'a Charlie odkrywa pewne niewygodne fakty.

Gene, Rachel i Charlie decydują się pomóc mieszkańcom Willoughby. Miles i Monroe muszą połączyć siły, by przetrwać.

Za namową Monroe Connor i Charlie wyruszają w ryzykowną misję, a Miles i Rachel obserwują mieszkańców Willoughby. Neville otrzymuje nowe zadanie, a Aaron spotyka się ze starym przyjacielem.

Monroe i Connor, którym grozi niebezpieczeństwo w New Vegas, muszą podjąć trudną decyzję, by przeżyć. Miles nie ufa Neville'owi i Jasonowi. Aaron i Priscilla sprzeczają się w kwestii kodu nano.

Aaron budzi się i odkrywa, że znajduje się w świecie, w którym jest prąd, on jest żonaty z Priscillą i ma własną firmę. Gdy uświadamia sobie tajemniczość tego zjawiska, pojawiają się znajome twarze.

Monroe, Charlie i Connor powracają do Willoughby, aby przekonać się, że centrum reedukacji Patriotów nadal działa. Rachel i Miles nie mogą się porozumieć co do metod walki z Patriotami.

Porter i Miles wyruszają do Willoughby w poszukiwaniu sprzymierzeńców. Monroe wykorzystuje okazję, by zaskoczyć Patriotów. Polityczne intrygi Neville'a sprawiają, że z Jasonem wpadają w tarapaty.

Jason ujawnia Milesowi niezwykle cenną informację dotyczącą dalszych planów Patriotów w Teksasie. Miles i Monroe, chcący popsuć szyki Patriotów, wyruszają z Jasonem, Charlie i Connorem do Austin.

Miles, Charlie, Monroe i Conor ruszają na ratunek Austin, ale Matheson odłącza się od grupy, by załatwić swoje sprawy. Charlie próbuje go odnaleźć. Musi przeciwstawić się Neville'owi, który żąda informacji o miejscu pobytu Jasona. Sytuacja rannego Milesa się pogarsza. Aron dowiaduje się, że nanotechnologia jest zajęta.

Truman przypuszcza atak z użyciem gazu musztardowego, aby zabić Milesa i Monroe'a. Miles postanawia wspólnie z Sebastianem pokonać Patriotów ich własną bronią.

Neville i Monroe tworzą koalicję. Aby odnaleźć Aarona, Rachel musi zmierzyć się z potęgą nanotechnologii. Miles, Charlie i Gene próbują wykraść Patriotom ich zapasy gazu musztardowego.

Miles, Charlie i Monroe przypuszczają atak na Patriotów. Pałający żądzą zemsty Neville postanawia zająć się Davisem. Aaron i Rachel robią wszystko, by uwolnić Priscillę ze szponów nanotechnologii.