Reese wciąga do współpracy detektywów Cartera i Fusco, którzy mają mu pomóc w poszukiwaniu Fincha. Mężczyzna został uprowadzony przez swojego odwiecznego wroga, niejakiego Roota. Tymczasem okazuje się, że Maszyna nigdy nie śpi i generuje Reese'owi nowy numer.

Następny numer, który podaje maszyna należy do Theresy Whitaker (Valentina de Angelis). Problemem jest to, że przypuszczalnie Theresa została zabita dwa lata wcześniej. Zostało to uznane za morderstwo/samobójstwo, a jako zabójce wskazano ojca dziewczynki. Jakkolwiek ciało Theresy nigdy nie zostało odnalezione. Reese szybko odkrywa, że to nie było samobójstwo, lecz zlecenie zabójstwa. Muszą dowiedzieć się kto wynajął zabójce i dlaczego, tylko w ten sposób będą mogli pomóc Theresie.

System naprowadza Reese'a i Fincha na trop byłego żołnierza Joeya Durbana. Okazuje się, że weteran wojny na Bliskim Wschodzie ma tajemnicze powiązania w świecie przestępczym. Reese zmieni tożsamość, by zinfiltrować gang. Bierze udział w jednym z napadów grupy. Tymczasem detektyw Joss Carter jest coraz bliżej odkrycia prawdy o tożsamości Reese'a.

Finch pod pretekstem wypisania recepty udaje się do szpitala, gdzie zamierza sklonować telefon dr Megan Tillman (Linda Cardellini). Podczas obserwacji pani doktor Reese dowiaduje się, że Megan ma prześladowcę - Andrew Bentona (Adam Rothenberg).

Pod opiekę Fincha i Reese'a trafia człowiek, który był świadkiem mafijnej operacji. Nieco później John i Harold muszą zapobiec śmierci niewinnej osoby, która znalazła się w złym miejscu i w złym czasie.

Reese i Finch namierzają kolejną osobę, której życie może być w niebezpieczeństwie. Jest nią Zoe Morgan - atrakcyjna kobieta zamieszana w różne dwuznaczne interesy, co stawia ją w potencjalnym zagrożeniu. Śledztwo ujawnia, że Morgan jest celem dla Marka Lawsona, jej dawnego klienta, dla którego miała zdobyć pewne tajemnicze nagranie. Reese zyskuje zaufanie kobiety. Zaczyna ona z nim współpracować.

Finch (Michael Emerson) dostaje numer należący do Charlie Burton (Enrico Colantoni) nauczyciela historii w szkole Brighton Beach na Brooklynie. Charlie staje się świadkiem morderstwa szefa rosyjskiej mafii. Reese nie tracąc czasu udaje się do domu nauczyciela w celu zapewnienia mu ochrony.

Maszyna generuje dwa numery. W związku z tym agenci muszą się rozdzielić i działać w pojedynkę. Jeden numer należy do Daniela Drake'a, a drugi do jego żony - Sabriny.

Maszyna podaje następny numer, który należy do detektyw Carter (Taraji P. Henson). Finch i Reese dowiadują się, że jest samotną matką oraz weteranem wojennym. Jako policjantka jest sumienna i nie przekupna, przez co ma wielu wrogów wewnątrz policji jak i na ulicach Nowego Yorku. Dlatego Reese postanawia mieć ją na oku i dopilnować aby nic jej się nie stało.

System wskazuje nie na jeden, ale na cztery różne numery ubezpieczenia. Reese obawia się, że tym razem nie uda się mu rozwiązać tej zagadki. Wspólnie z Haroldem próbuje ustalić sieć powiązań między czterema pozornie obcymi sobie osobami i wskazać, kto im zagraża. Tymczasem detektyw Carter nie może pogodzić się z prawdą na temat działalności Reese'a i Fincha.

Prowadząc kolejną sprawę, Reese i Finch zamieniają się rolami. Miliarder próbuje rozwikłać zagadkę właściciela kamienicy, który zbyt dużo wie o swoich lokatorach, natomiast Reese zajmuje się pracami biurowymi. Były agent jeszcze raz usiłuje przekonać detektyw Carter, by dołączyła do ich zespołu.

Reese (Jim Caviezel) w końcu postanawia się spotkać z detektyw Carter (Taraji P. Henson), aby pomogła mu w następnym przypadku. Jednak nie zamierza jej mówić o detektywie Fusco (Kevin Chapman), który z nim współpracuje. Reese przedstawia Carter nowy numer, który należy do młodej prawniczki Andrei Gutierrez (April L. Hernandez). Andrea złożyła pozew przeciwko miastu, który dotyczy skazańca Terrenca Kinga (Curtiss Cook), niesłusznie aresztowanego.

System wskazuje na kolejną potencjalną ofiarę. Zagrożony jest Scott Powell, typowy przedstawiciel klasy średniej, oddany rodzinie i miastu konstruktor budowlany. Reese i Finch odkrywają, że został on zwolniony z pracy osiem miesięcy temu. Ukrywa to przed żoną, udając każdego ranka, że wychodzi do firmy. Do jego zwolnienia przyczyniły się decyzje kongresmena Michaela Delanceya. Okazuje się, że Powell wysyła politykowi listy z pogróżkami i planuje zemstę. Wkrótce sprawa się znacznie komplikuje i zostaje w nią zaangażowana Zoe Morgan.

Reese (Jim Caviezel) i Finch (Michael Emerson) muszą ponaprawiać szkody po ostatnim ataku. Tymczasem maszyna wskazuje numer należący do 14-letniego Darrena. Reese dowiaduje się, że niedawno nastolatkowi zamordowano brata, który był też jego prawnym opiekunem. Wszystko wskazuje na to, że chłopak ma zamiar pomścić zabitego brata.

Maszyna wskazała Michaela Cahilla (Michael Aronov), który na pozór wydaje się być przeciętnym obywatelem. Jednak dorabia na szmuglerstwie dla niejakiego Vargasa. Reese (Jim Caviezel) szybko dostrzega, że Cahill jest policjantem, który infiltruje grupę przestępczą. John postanawia chronić życie tajniaka.

Kolejną osobą wskazaną przez system Reese'a i Fincha jest makler z Wall Street, Adam Saunders. Dla dużych pieniędzy mężczyzna skłonny jest podejmować ryzyko. Zachodzi podejrzenie, że jest on zamieszany w wielomilionowe oszustwo. By przyjrzeć się sprawie lepiej, John wciela się w rolę zamożnego inwestora.

Ojciec Eliasa zostaje wypuszczony z więzienia. Wszystko wskazuje na to, że syn chce go zabić. Carter oferuje mu pomoc i ochronę w zamian za doprowadzenie do Eliasa. Tymczasem John i Finch muszą chronić życie małego dziecka.

Detektyw Carter (Taraji P. Henson) po ostatniej nieudanej operacji przestała odbierać telefony od Reese'a (Jim Caviezel) i Fincha (Michael Emerson). Tymczasem kolejna osoba jest w niebezpieczeństwie. Tylko problem w tym, że nie wiadomo która dokładnie. Fakty wskazują, że ktoś ukradł niewinnej osobie tożsamość, dlatego śledzić trzeba dwójkę ludzi.

Maszyna tym razem wydaje Reesowi i Finchowi 5 numerów, które należą do pięciu największych włoskich bossów w Nowym Jorku. Elias chce wykończyć wszystkich aby przejąc pełną kontrolę nad przestępczością zorganizowaną w mieście. Natomiast Carter ma zapewnić im bezpieczeństwo w ramach ochrony przydzielonej przez policję.

Maszyna podaje następny numer należący do Tommy Clay (Pablo Schreiber), który pracuje jako ochroniarz samochodu pancernego. Reese zaczyna pracę pod przykrywką razem z Tommy aby móc w stanie uchronić go od niebezpieczeństwa. Tymczasem widzimy retrospekcje Reesa z czasów pracy dla CIA.

Kiedy Finch dowiaduje się, że następny numer należy do Sarah Jennings (Dagmara Dominczyk). Byłej żony agenta federalnego Brada Jenningsa (Jeremy Davidson) daje Reesowi dzień wolnego, aby nie przypominać mu o bolesnych sprawach z przeszłości.

Kolejna osoba, którą chcą chronić Reese i Finch, okazuje się zamieszana w rządowy spisek. Schemat działania skorumpowanych urzędników jest znajomy Haroldowi. Nowe zadanie pozwala Reese'owi odkryć sekret z przeszłości partnera.

Reese (Jim Caviezel) i Finch (Michael Emerson) biorą pod obserwację młodą psychoterapeutkę Caroline Turing (Amy Acker), do której na sesję przychodzą bogaci ludzie mający wiele, mrocznych tajemnic. Stąd pada podejrzenie, że mogła się ona stać czyimś celem. Sprawy się komplikują, gdy Johna zaczyna ścigać FBI oraz HR.

When the machine names a New York cabdriver as a person of interest, any of his passengers could be a part of the impending crime.

Maszyna generuje numer pewnego oszusta karcianego w podeszłym wieku. Reese i Finch udają się do Atlantic City, aby przyjrzeć się pozornie zwyczajnemu życiu ich nowego obiektu zainteresowania. W Nowym Jorku Carter stara się oczyścić z zarzutów kolegę po fachu. Niespodziewanie naraża swoje życie, kiedy wpada na trop komórki organizacji HR, działającej w jej departamencie.

Maszyna generuje numer dyrektorki jednej z wiodących firm z sektora zaawansowanych technologii. Finch przenika do jej korporacji, aby zebrać niezbędne dane. W miarę postępów nabiera wątpliwości, czy kobieta działa w interesie swojej firmy, czy może planuje zniszczyć ją od środka. Carter dalej podważa etyczność postępowania i wiarygodność Beecher'a (Sterling K. Brown), który przekazał kompromitujące materiały o jednym z detektywów.

When a virus causes the machine to malfunction, numbers are issued irregularly; the team searches for an extremely elusive tech millionaire.

Maszyna ponownie kompletuje listę nieistotnych osób, które mogą znaleźć się w niebezpieczeństwie. Trafia na nią oficer amerykańskiej marynarki wojennej. Przybył do miasta na obchody Tygodnia Floty. Odszukanie mężczyzny stanowi dla Reese'a i Shaw spore wyzwanie, gdyż nie jest to jedyny marynarz w Nowym Jorku. Tymczasem detektyw Carter została zdegradowana. Obecnie zajmuje się patrolowaniem ulic, obmyśla też plan unicestwienia HR. To organizacja przestępcza, która zrzesza skorumpowanych policjantów. Przez jej członków Carter znalazła się w trudnej sytuacji. Root sprawdza, na ile może sobie pozwolić w nowym środowisku.

The team must figure out if a prominent lawyer orchestrated the murder of her husband or if she is being framed; Carter is spotted with Reese by her new partner.

Shaw must stay close to a 10-year-old girl with highly developed surveillance skills when she is identified by the machine; Carter's mission could be exposed.

The team is met with surprises during an investigation into a hypnotherapist; an antiquities dealer has ties to a crime organization.

Forced to take on new identities provided by Root, the team members try to adapt to their new lives. However, some find it hard to ignore The Machine's numbers, which puts them all at risk of being detected by Samaritan.

Despite not wanting to help with the new numbers, Finch's interest is piqued when the newest person of interest turns out to be a brilliant college student involved with a mysterious scavenger hunt.

Finch recruits Fusco to stick close to the latest POI, a professional 'wingman', but learning how to approach women soon becomes the least of his worries. Reese must find a way to play by the rules at his new day job. The Machine sends Finch and Root on a mysterious errand.

Reese's cover job as a detective at the NYPD becomes complicated when the young brother and sister he's protecting become targets of a gang investigation.

While Reese is forced to go to counseling for his violent tendencies, Root, Shaw and Finch try to help a new POI.

Reese, Shaw and Fusco must protect a unassuming office worker who stumbles into a dangerous conspiracy while moonlighting as fake detective. Finch travels to Hong Kong as part of his academic cover identity.

Shaw joins a team of international thieves in order to keep tabs on the latest POI, but an unexpected turn of events puts her in danger of being detected by Samaritan. Also, Finch and Root undertake a dangerous sabotage mission.

Reese volunteers as an NYPD police academy instructor in order to keep an eye on a talented young officer whose suspicious actions make him question her motives. Meanwhile, Martine – armed with information from Samaritan – hunts a member of the team.

Reese must save Elias from the Brotherhood. He can't get any help from Root or Shaw since Shaw's cover is blown and Root is escorting her to underground.

Samaritan shows its power by erasing crime from the city for a day in an attempt to force The Machine out of hiding.

Samaritan launches a cyber-attack on the stock exchange, forcing the team to risk their lives in a desperate mission to stop a global economic catastrophe.

Control, who oversees the handling of relevant numbers for the government, begins to question the methods and intentions of the Samaritan program. Also, alarming news reports of a pair of vigilantes rampaging through the Northeast begin to surface.

Root and Reese investigate a small town in upstate New York that holds the key to Shaw's location... and whether she's dead or alive.

When the Machine arranges for Finch to sit on the jury of a murder trial, he begins to suspect that a fellow juror is set to rig the proceedings. Meanwhile, Reese begins to open up to the department’s therapist.

Reese tries to protect a software programmer with a mysterious second life, but it’s unclear which side of her life the threat is coming from. Meanwhile, Claire, a young hacker whom Finch tried to protect from Samaritan, reaches out to him for aid.

Reese and Finch must protect Harper, a street-smart grifter, when her plan to steal cash from a medical marijuana dispensary goes up in smoke.

Reese and Finch try to protect a psychologist whose unorthodox methods for helping his patients find closure could cost him dearly. Meanwhile, flashbacks reveal Finch’s fragile state in the days following the bombing that killed his best friend, Nathan Ingram.

Reese must protect a bounty hunter who refuses to allow the potential threat to her life sway her from the relentless pursuit of her target. Also, Finch tries to set the plan he began in Shanghai in motion.

Reese and Finch scramble to protect a software CEO when his behavior becomes increasingly erratic following a hacker attack that reveals all his secrets and unravels his life.

Reese finds himself on a dangerous personal journey when he takes on a homicide case Detective Carter was never able to close.

Reese and Fusco get caught in the war between the two newest POIs, rival crime bosses Elias and Dominic. Also, a tantalizing clue to Shaw’s whereabouts leads Finch and Root into a possible trap, and Control goes rogue to uncover the true intentions of the Samaritan program.

Finch and Root race to save The Machine, which has been located by the rival AI, Samaritan. Also, Reese is caught in the middle of the final showdown between rival crime bosses Elias and Dominic.