Diggle en Felicity reizen naar het eiland Lian Yu op zoek naar Oliver, die Starling City verliet na de daar aangerichte verwoesting van De Onderneming. Nadat hij ervan overtuigd is terug naar huis te keren, komt Oliver erachter dat de situatie nog erger is dan hij zich had voorgesteld. Isabel Roche wil Queen Consolidated overnemen, Thea weigert Moira in de gevangenis op te zoeken.

Als voor het ziekenhuis bestemde medische voorraden onderweg gestolen worden, raakt Oliver erom betrokken in een verhitte strijd met China White en haar nieuwe partner, de Bronzen Tijger.

Als een gevaarlijke crimineel uit Lance's verleden uit de cel ontsnapt, biedt Felicity zichzelf aan als lokaas zodat Arrow, Diggle en Lance hem kunnen vangen, maar het plan loopt mis.

Om een einde aan de illegale wapenhandel te maken, begint Oliver een 'cash for guns'-campagne.

'The League of Assassins' zit achter Sara aan. Oliver is woedend als hij ontdekt dat Laurel zijn moeder zal vervolgen in de rechtszaal.

A.R.G.U.S. werft Diggle om Lyla te redden. Ondertussen suggeert Moira's advocaat dat Thea moet stoppen met het daten van Roy, het tast namelijk Moira's verdediging aan.

Oliver in ongerust als een mysterieuze ziekte de hele stad treft. Ondertussen vecht Moira voor haar leven in de rechtszaal.

Als een sterke dief een magazijn berooft, wordt wetenschapper Barry erbij gehaald. Oliver vermoedt dat er meer met de wetenschapper aan de hand is dan op het eerste oog gezien wordt.

Nadat Oliver bijna een overdosis aan drugs heeft gehad, begint hij mensen uit zijn verleden te zien.

Shrapnel, een bommenplaatser, heeft zijn zinnen gezet op Sebastian Blood. Ondertussen doet Laurel onderzoek naar de tante van Sebastian, die in een psychiatrische inrichting blijkt te zitten opgesloten.

Oliver heeft zijn twijfels over Laurel, met name wanneer ze wordt gearresteerd voor drugsbezit. Ondertussen test Roy zijn nieuwe skills, waardoor een man in het ziekenhuis belandt.

Het gaat niet goed met Laurel. Oliver en Lance proberen Sara ervan te overtuigen te blijven en af te spreken met Laurel en hun moeder, maar het Moordenaarsgenootschap wil Sara terug.

Felicity voelt zich buitengesloten wanneer Sara bij het team komt. Ze wil zichzelf bewijzen en gaat achter een dief aan die bekend staat als The Clock King.

Oliver is geschokt wanneer hij ontdekt dat Slade in Starling City is. Op het eiland probeert Oliver het geheim van de dood van Shado te verbergen en de begint strijd.

Amanda Waller werft Diggle voor de Suicide Squad – waar ook Deadshot, Bronze Tiger en Shrapnel deel van uitmaken – maar Diggle twijfelt.

Als Frank Bertinelli wordt gearresteerd, duurt het niet lang voordat zijn dochter, The Huntress, terugkeert. Wanneer zij mensen gijzelt, waaronder Laurel, komt Sara (Canary) in actie.

Slade komt in actie tegen Oliver, en de gevolgen zijn enorm. Terwijl Oliver er alles aan doet om zijn familie te beschermen, probeert Isabel Queen Consolidated van hem te stelen.

Nadat de Mirakuru in Roy een onbeheerste woede ontketent die hij op de stad richt, realiseert Oliver dat Roy hier volledig van in de ban is, en dat hij hem moet proberen te stoppen.

Na Roy's dodelijke gevecht met een politieagent, realiseert Oliver zich dat de Mirakura volledige controle over hem heeft. Oliver zet alles op alles om een manier te vinden om hen te stoppen.

Nadat Slade dreigt om Oliver alles waar hij van houdt te ontnemen, besluit Oliver besluit zich over te geven om verder bloedvergieten te voorkomen - een optie die tot zijn dood leidt.

Slade's soldaten vallen de stad aan. Oliver roept zijn team bij elkaar en Felicity krijgt nieuws van S.T.A.R. Labs met alles veranderend nieuws. Thea komt tegenover Malcolm Merlyn te staan.

In de finale van seizoen twee, moet Oliver besluiten of hij een held of een killer is nu Slade zijn plan ten uitvoer brengt om nog iemand uit Oliver's leven te vermoorden.