又过去很多天后，艾伦又一次在地牢里醒来，自己依旧被锁在这里。这时法庭中已经在为艾伦准备“特别军事会议”，由三大兵团统帅达利思·扎克雷总统裁决。之后艾伦被两位分队长：韩吉·佐伊、米凯·撒迦利亚斯押送至法庭。审判中，宪兵团和宗教高层因自私自利而对艾伦和三笠加以指责，在艾伦快要失去理智时，利威尔兵长对其施以拳脚令其冷静，并称：这是我一贯的主张，我认为最有效的管教就是疼痛。实则是为了保护艾伦不会在失去理智时被宪兵团杀害。埃尔文团长借此机会将艾伦吸纳进调查兵团。庭审结束后艾伦被送出法庭，在休息室里，利威尔变相的对艾伦道歉了一番，而后分队长韩吉为艾伦检查被利威尔打伤的嘴时，却发现本应断掉的牙奇迹般的重新长出来了。

逃下地道的三人仁遭到女型巨人堵上一切的袭击。关键时刻，按计划应该变身成巨人的艾伦却因为不愿相信事实而没有成功。三笠和阿明冲出地道想吸引女型巨人的注意，艾伦却先遭袭，被压埋在废墟下，被木头刺穿。女型巨人与调查兵团在城中又是一场恶战，并挣脱了韩吉等人布下的陷阱。另一方面，在阿明的激励下，奄奄一息的的艾伦坚定了驱除巨人的决心，强忍剧痛，成功变身。艾伦与亚妮两人的决斗已经爆发！

城中，两个巨人间爆发激烈的格斗。最终，亚妮最终难敌盛怒狂暴之下的艾伦。极度虚弱的女型巨人想翻越希娜之壁逃脱，被三笠斩断十指摔落，为人类所擒获。然而，艾伦在挖出亚妮本体时的一丝迟疑，使亚妮有机会用坚硬的水晶石保护住自己。调查兵团众人无法打开水晶石，但总算对上级有个交代，保住了调查兵团，使艾伦免去被解剖的麻烦。

载着艾伦和希斯特利亚的马车被袭击，两人就这样被夺走了。阻挡在欲追的利威尔面前的神秘男子凯尼看来是过去和利威尔有关系的对象。两人之间赌上性命的战斗，不是巨人对人类，而是人类之间使用立体机动装置进行的死斗。知悉了这一切的104期兵们也被卷入了战斗中。

调查兵团在中央宪兵的设计诬陷下背负了杀害平民的罪行。利威尔班因此遭到王政府的通缉，奉命搜捕调查兵的宪兵马尔洛和希琪踏入了利威尔班躲藏着的森林。发现了打水的阿尔敏，但二人随后便被埋伏的利威尔等人控制。对宪兵团的做法抱有疑问的马尔洛提出了协助调查兵团的请求。利威尔把处理两名宪兵的任务交给了让……

调查兵团的命运行将结束。在中央宪兵的逼迫下，艾尔文即将被处决。在王座之间，艾尔文接受了最后的审判。艾尔文坚持主张“失去调查兵团意味着失去人类的矛”，但却徒劳无功。眼看艾尔文就要被带到处刑台的时候，传来了超大型巨人和铠之巨人突破了罗塞之墙的消息。人类的命运，到底应该托付给谁呢......

罗德巨人被消灭了，亲自给予罗德巨人最后一击的希斯特利亚在居民和士兵们面前宣称自己是真正的王。此时，从礼拜堂坍塌现场逃出来的凯尼已失血严重，奄奄一息地躺在地上。在肯尼的脑海中，浮现出了自己壮烈的一生。蓦然醒悟之时，利威尔正站在面前。凯尼像是在为了活下去而做出最后挣扎，拿出了装有巨人脊髓液的注射器...

战斗结束了。希甘希纳区的墙壁上，幸存下来的调查兵团士兵寥寥无几。然后，艾伦走向了自己家的地下室......

当帕拉迪岛（Paradis）在处理突袭雷贝利欧（Liberio）收容区的余波之时，阿尔敏回忆着他们与义勇兵相遇的过去。这次相遇让他们重新认识了世界。

岛外的世界没有同伴。为了生存，他们不得不将敌人毁灭。但这是正确的吗？无人确知。

他们的憎恨应指向何人？而我的怨愤又应归于何人？他们的信仰开始动摇。

彼此渴求的未来宛若平行线一般，只能怀抱着各自的信念彼此碰撞。再次来到起始之地，希干希纳区.....