生活在希干希納區的少年艾連．葉卡一直都嚮往加入進行牆外調查活動的調查軍團。然而與小夥伴們嬉笑的平和日子在某一天被突然出現在牆外的超大型巨人所破壞。這個巨人踢開了希干希納區與外界相通的大門，引入了大量以吞噬人類的巨人入城。此外，飛濺的石塊砸中了艾連．葉卡的家並壓住了他的母親。艾連只能眼睜睜的看著自己的母親被巨人吞噬。

在意識到未能消滅三人而打算再次發令時，奇茲被南部防衛總司令達特．皮克希斯阻止。皮克希斯詢問艾連是否願意再次變身為巨人來堵住托洛斯特區的缺口，艾連表示願意。

總集篇 第01話到第13話

艾連最終克服心理障礙成功化身巨人，但仍被女巨人逃跑，並趁隙想爬出牆外，米卡莎飛身斬斷女巨人攀爬在城牆上的雙手，讓女巨人墜落地面，艾連因此順利制伏女巨人。此時亞妮出現結晶現象，將自己和重要情報都封死起來。女巨人事件看似告一段落，但有關城牆上巨人的秘密才正要開始…