シガンシナ地区を襲った巨人は、そこで生活していた人々の日常を一変させた。悲鳴と怒号が飛び交うなか、我先にと逃げる人々をおもむ ろにつまみあげ、次々に口の中へと放り込んでいく巨人の姿は、人類はただのエサに過ぎないことを実感させるのに十分だった。目の前にいた母を救えず、己の無力さを痛感したエレンは、巨人への憎しみを募らせる。「あいつらを駆逐してやる……この世から……一匹、残ら ず！」

第57回壁外調査は、人類のなかに潜む敵━━巨人化能力を持ち、壁の破壊を企む人間を捉える作戦でもあった。しかし、調査兵団はこの作戦に失敗してしまう。政治的判断からエルヴィンら責任者が王都に召集されるだけでなく、エレンの引き渡しも決まってしまう。そんなおり、ストヘス区憲兵団支部に所属するアニは、調査兵団がストヘス区を通過する間の警備を命じられる。

アルミンの立案した作戦に沿って、アニを地下通路への入口まで誘い出すことに成功したエレン、ミカサ、アルミン。しかし、アルミンの真意に気づいたアニは巨人化し、エレンを死にもの狂いで捕えようとしていた。地下通路内に逃れたエレンたちを狙う女型の巨人・アニ。ミカサ、アルミンを守るためエレンも巨人化を試みるが……。

第49回壁外調査で壁の外へと出発した調査兵団一行。兵站拠点でエルヴィンと意見が割れてハンジが単独行動に出る。巨人を捕獲しようとおびき寄せるハンジ、そしてそれを追うリヴァイ班。森の奥へと進み、そこで彼らが見たものは―。

コニーやライナー、ベルトルトのいる南班、そしてクリスタとユミルがいた西班は暗闇の中で合流し、ウトガルド城という古城跡で共に夜を明かすことになった。だが、見張りが気づいたときには既に城の周りを大勢の巨人が取り囲んでいた。戦闘用の装備を持たない104期生たちは塔の中へ一時避難するが、突破されるのは時間の問題だった。巨人の侵入を防ごうと孤軍奮闘するライナー。彼の脳裏にフラッシュバックする記憶とは……？

エレンたちがまだ訓練兵団だった頃。とある雪山での訓練を終えた後、ふと気づくとクリスタとユミルの姿が見えなくなっていた。クリスタは訓練中に体調を崩したダズのそばについていて、また、ユミルはそんなクリスタに付き合っているうちに遭難してしまったのだ。吹雪の中、すっかり日も暮れて、息も絶え絶えなダズを引きずって山のふもとをめざすクリスタ。このままでは３人とも助からないという状況で、クリスタのとった決断は!?

ウトガルド城を取り囲んだ巨人の群れはユミルの活躍と、駆けつけた調査兵団の主力部隊によって撃退された。重傷を負ったユミルは治療のためトロスト区に送られることとなり、残った調査兵団は壁の修復作戦を再開することに。ところが、穴の位置を知らせに来たはずのハンネスは「穴はどこにもない」と報告する。穴がないのだとしたら、巨人はどうやって壁の内側に現れたのか？　疑問を抱えたまま、エレンたちはトロスト区で待機する。

鎧の巨人との戦いに敗れたエレンは、巨大樹の森で目を覚ます。そこにはエレンと同様に巨人化の能力を有する者たちがいた。巨人の巣窟となった森では、たとえ巨人になったとしても生き抜くことは困難であり、そもそも戦い終えたばかりのエレンには巨人になれるだけの体力はない。即ち今のエレンに出来ることは、巨人が動かなくなる夜まで大人しく待つことだけ。そんなエレンに、ある人物が「俺達の故郷に来てもらう」と語りかける。

日没まであと１時間。調査兵団の精鋭たちがついに巨大樹の森に到達した。目的はあくまで戦闘ではなく、エレンを見つけ出し奪還すること。だが、それでも危険な作戦であることに変わりはない。そんな中で、クリスタだけは絶対に助け出さなければならないと、ユミルの心に焦りが生じていた。ユミルは思い出す。貧民街で暮らしていた幼い頃と、その後の数奇な運命、そしてクリスタとの出会いを――。はたして、ユミルはどう動くのか!?

森に突入しようとしていたエルヴィンの前に姿を現す、鎧の巨人。その肩には、ある人物の背中に括りつけられたエレンの姿があった。巨人に連れ去られる前に、何としてでもエレンを救い出そうとする調査兵団。しかし、鎧の巨人とその協力者に攻撃を仕掛けるミカサを、もう一体の巨人が何度も妨害するのだった。その巨人を殺さなくてはならないと、敵意を剥き出しにするミカサ。彼女の前に立ち、戦いをやめるよう呼びかけたのは――!?

エルヴィンが引き連れてきた巨人の大群が、鎧の巨人に襲いかかる。まるで地獄のような光景が繰り広げられる中、調査兵団はエレンの奪還に何とか成功した。だが、退避する兵たちに向けて、鎧の巨人が他の巨人を投げつけてくる。その衝撃で落馬したエレンとミカサの前に出現したのは、５年前のあの日、エレンの母・カルラを食った巨人だった。憎き仇との因縁に自らの手で決着をつけるため、エレンは巨人となって戦おうとするが……。

エレンとヒストリアを乗せた馬車が襲撃され、そのまま二人が攫われてしまった。追おうとするリヴァイの前に立ち塞がる謎の男。その顔を見て、リヴァイは「ケニー」と叫ぶ。どうやらリヴァイにとって、過去に因縁のある相手らしい。二人の戦いは、まさに相手の命を奪おうとするものだった。巨人対人類ではなく、人類同士が立体機動装置を用いて行う死闘。その信じられない光景を目撃したジャンたちもまた、戦闘に巻き込まれていく。

憲兵団の策により、民間人を殺害した罪を着せられてしまった調査兵団。彼らが潜伏する森の中に、見回りをしていた男女二人の憲兵、マルロとヒッチが足を踏み入れる。水汲みをしているアルミンを発見するも、逆にリヴァイたちによって拘束された二人。だが、憲兵団のやり方に疑問を感じるマルロは調査兵団への協力を申し出る。リヴァイは二人の身柄をジャンに預けるが……。

ヒストリアはロッドに逆らい、エレンを連れて礼拝堂から脱出しようとする。すると、床にこぼれた薬品を体内に取り入れたロッドが巨人化してしまった。その衝撃で飛ばされるヒストリアと拘束されたままだったエレンを、駆けつけた調査兵団の仲間たちが救う。そうしている間にもロッド巨人の体は形成されていき、その大きさは超大型巨人をも超えるものとなった。仲間が危機に直面したとき、エレンは再び自分を信じることを選択する。

エレンは仲間を守ることができたが、同時にロッド巨人も地上に出てきてしまった。高熱を発し、周囲の木々を焼きながら、ロッド巨人はゆっくりと歩みを進める。その先にはオルブド区があるが、エルヴィンはあえて避難指示を出さずに巨人を迎え撃つ作戦を立てる。被害がウォール・シーナの中心部にまで及ぶことを防ぐためにオルブド区の住民をおとりにしつつ、ひとりも死傷者を出さないという困難な戦いに、調査兵団が立ち向かう。

ロッド巨人は倒され、自らとどめを刺したヒストリアは住民や兵士たちの前で自分が真の王であることを宣言する。その頃、礼拝堂の崩落現場から脱出したケニーは大量の血を流し、息も絶え絶えになりながら横たわっていた。ケニーの脳裏に浮かんでは消える自らの壮絶な生涯―。ふと気がつくと、目の前にはリヴァイが立っていた。ケニーは生きるための最後のあがきをするかのように、巨人化する薬品の入った注射器を取り出すのだった…

ヒストリアの戴冠から２か月。牧場で孤児たちの面倒を見るヒストリアは、人々から親しみを込めて「牛飼いの女神様」と呼ばれていた。調査兵団ではエレンが得た硬質化の能力に関する実験が行われ、対巨人兵器の開発に成功する。度重なる実験は体に大きな負担を強いるものだったが、エレンは、巨人を一掃できるなら自分の身が削られることなどいとわない覚悟を見せる。そして、ある人物のことを思い出すのだった。

調査兵団の悲願であるウォール・マリア奪還作戦は、２日後に決行されることとなった。リヴァイは手負いのエルヴィンに対し出陣を控えるよう進言するが、エルヴィンは固辞。「この世の真実が明らかになる瞬間に立ち会わなければならない」と語るエルヴィンの強い意志に、リヴァイも納得してその場を去るのだった。その夜、兵舎で盛大な宴会が催され、英気を養う兵士たち。エレンたちはここまでの戦いを振り返り、決意を新たにする。

ファルコに連れられ、とある建物の地下室へと足を踏み入れたライナー。そこで彼を待つ人物の顔を見て、ライナーは愕然とする。そんな中、世界中の注目を集める、ヴィリー・タイバーによる演説が始まろうとしていた。

降りしきる雨の中、一人の兵士が倒れている。その横で謎の巨人の蒸気の中から、あの男が這い出てきて……。その頃、始まりの地・シガンシナ区でマーレが奇襲を仕掛け、巨人たちも動き出す。そして、始祖の巨人と鎧の巨人が再び対峙する。「来いよ、ライナー」。

ミカサの「助けたい」と思う気持ちは本物なのか。エレンは何のために戦っているのか……。地を響かせ激突する巨人たち。マーレの奇襲に人々は武器を手に戦場へと向かう。

獣の巨人と始祖の巨人、事態の鍵を握る2体の巨人を目指し、人々は争いを広げる。互いの思いと記憶が交錯し、兄弟の目指す先にあるものとは。

二千年前から抗い、戦い、進み続けてきたものたちの物語。それは、一体誰が始めた物語だったのか。歩き続ける始祖ユミルにエレンは語りかける「待っていたんだろ。ずっと…。二千年前から。誰かを。」

進軍する巨人の軍勢。やがて、何も知らぬ人々を踏みつぶす。それを見上げる兵士と戦士たちは立ち尽くすのか、それとも立ち上がるのか。森の中にいた2人の兵士の気持ちはすでに固まっていた。

戦火の先に、僕らの敵がいた。僕らは互いを憎み、蔑み、殺してきた。今、焚火の先にいるのは、異なる「正義」を持っている者たちだった。