L'istruttore Keith Shadis si rivela un comandante duro e severo e ispeziona le nuove reclute insultandole e intimidendole, per farli distaccare dal loro passato e proiettarli nel divenire perfetti soldati. Quando iniziano a fare pratica con l'Attrezzatura per effettuare il Movimento Tridimensionale, Eren ha difficoltà a rimanere in equilibrio a mezz'aria e si rivolge per aiuto ai più abili Reiner Brown e Berthold Huber. I tre, insieme ad Armin, si dirigono nottetempo presso un lago vicino, dove fanno pratica con l'equipaggiamento. Il giorno dopo le reclute vengono valutate per decidere se possono proseguire l'addestramento o se venire allontanate. Eren prova nuovamente l'Attrezzatura per il Movimento e stavolta riesce a rimanere in aria per qualche istante prima di ribaltarsi. Con grande sorpresa di tutti, Keith scopre che il dispositivo del giovane è difettoso, e invece che criticarlo per la sua caduta ne rimane colpito per l'abilità nel riuscire a rimanere in equilibrio con un meccanismo rotto. Soddisfatto con chi ha superato l'esame, Keith continua ad allenare le reclute all'uso dell'Attrezzatura per il Movimento.

L'Armata Ricognitiva, guidata dal caporale Rivaille, riprende possesso di una città invasa dai giganti, ma è richiamata d'urgenza a Trost per aiutare le difese. Eren ripercorre gli eventi che l'hanno portato nello stomaco del gigante e il suo sfogo di rabbia che gli ha permesso di liberarsi, trasformandosi in gigante e attaccando senza pietà i nemici dell'umanità. Quando il giovane riprende conoscenza, si trova circondato da soldati in atteggiamento minaccioso, con Armin al suo fianco e Mikasa a proteggerli. Il comandante del Corpo di Guarnigione di Trost, Kitz Verman, infatti, è spaventato dalla doppia natura di Eren e teme di aver portato un nemico all'interno del Wall Rose. Nonostante il giovane neghi di essere un gigante, Kitz impaurito dà l'ordine di fare fuoco su di lui coi cannoni. Mentre i tre cercano di fuggire, a Eren tornano alla mente ricordi della sua infanzia, quando il padre gli fece un'iniezione, dicendogli di usare il suo potere per riconquistare il Wall Maria e aprire il seminterrato della loro casa con le chiavi che gli aveva lasciato. Per proteggere Armin e Mikasa dai cannoni, si morde quindi il dito e si trasforma in gigante.

Mentre Armin aiuta i subordinati di Pixis a escogitare un piano per chiudere la breccia nelle mura, il morale delle truppe cala rapidamente poiché alcuni soldati cominciano a mettere in discussione una nuova missione giudicata suicida e pensano di disertare. Dot riesce a ristabilire l'ordine ricordando ai soldati che questa occasione costituisce la loro ultima possibilità per fermare i giganti e proteggere le loro famiglie. Affermando che Eren sia il risultato di un progetto di massima segretezza per trasformare gli umani in giganti, il comandante progetta di assemblare il grosso delle truppe in un angolo della città, per attirare i giganti e dare modo a Eren, trasformato in gigante, di trasportare un'enorme masso e chiudere così la breccia. Il piano prevede inoltre che Eren sia protetto da Mikasa e dai tre migliori soldati della Guarnigione di Trost: Ian Dietrich, Rico Brzenska e Mitabi Jarnach. Mentre si dirigono verso il masso, Rico ricorda a Eren che molte vite sono in gioco nella missione e che il giovane ne è in qualche modo responsabile. Arrivati alla roccia, Eren si trasforma in gigante, ma perde il controllo e attacca Mikasa.

Rivaille e il suo corpo scelto — composto da Petra Ral, Auruo Bossard, Erd Gin, e Gunther Schultz — conducono Eren al vecchio quartier generale dell'Armata Ricognitiva, dove il giovane si dovrà allenare a gestire i suoi poteri da gigante sotto il loro controllo. Mentre la squadra è impegnata nelle operazioni di pulizia per rendere nuovamente abitabile il castello, è raggiunta da Hansie. Essa chiede l'aiuto di Eren in una serie di esperimenti che intende condurre sui due giganti catturati nella battaglia di Trost, che nel frattempo ha rinominato Sawney e Bean. Hansie dimostra di avere una vera a propria ossessione per i giganti, trattandoli alla stregua degli umani. Parlando con Eren, rivela di aver scoperto che i giganti hanno bisogno della luce solare per attivarsi e che i loro corpi sono incredibilmente leggeri per la loro stazza. Tuttavia il giorno seguente si scopre che Sawney e Bean sono stati uccisi. Mentre Hansie si dispera, l'Armata Ricognitiva deduce che l'assassino è un soldato, che è riuscito a fuggire grazie all'Attrezzatura per il Movimento Tridimensionale. Nello stupore generale Elvin e Eren si chiedono chi sia il loro vero nemico.

Mentre le reclute sono sotto investigazione per l'omicidio dei giganti Sawney e Bean, si avvicina il giorno in cui dovranno decidere di quale corpo dell'esercito entrare a far parte. Nel suo discorso di convincimento, il comandante Elvin spiega che il piano dell'Armata Ricognitiva è di riconquistare Shiganshina e scoprire il segreto nascosto nel seminterrato della casa di Eren. Dopo averli messi in guardia sull'alto numero delle vittime a ogni spedizione, Elvin offre alle reclute la possibilità di rimanere e di arruolarsi nell'Armata Ricognitiva, o di andarsene per iscriversi agli altri ordini. Mentre la maggior parte dei soldati lascia la piazza, Jean decide di restare in onore di Marco, e altri seguono il suo esempio nonostante le loro paure, inclusi Mikasa, Armin, Sasha, Connie, Ymir, Christa, Reiner e Berthold. Eren ritrova dunque i suoi amici e viene interrogato da Jean se sia in grado di controllare i suoi poteri o meno, dal momento che stanno rischiando la vita per lui. Ultimati i preparativi, l'Armata Ricognitiva parte per la 57ª spedizione fuori dalle mura.

Dopo la battaglia i soldati scalano le mura in prossimità del Castello di Utgard. Essi vengono raggiunti da una pattuglia guidata da Hannes, il quale riferisce che non sono stati trovati segni di brecce nelle mura. Mentre i militari si mettono in marcia alla volta di Trost, Reiner prende da parte Eren e gli rivela che lui e Berthold sono in realtà il Gigante Corazzato e Colossale e che la loro missione di distruggere l'umanità può essere evitata se Eren accettasse di seguirli. Dodici ore prima, Hansie avverte i suoi uomini che il rapporto su Annie ha messo in evidenza una relazione tra la donna, Reiner e Berthold: nella fattispecie tutti e tre provengono dallo stesso villaggio ma non si dispone di altre informazioni sul loro passato. Facendo affidamento sui loro ricordi, le reclute cominciano a sospettare che i due possano aver aiutato Annie a trovare la posizione di Eren durante la 57ª spedizione fuori dalle mura, e si accordano per tenerli d'occhio. Nel presente, Reiner e Berthold si trasformano in giganti nonostante il tentativo di Mikasa di ucciderli prima. Il Gigante Corazzato prende Eren e si dirige all'esterno delle mura, mentre il Gigante Colossale afferra Ymir. Sentendosi tradito dai suoi compagni, Eren assume la sua forma da gigante e attacca il Gigante Corazzato.

Eren Kruger rivelò a Grisha che coloro che acquisiscono il potere dei giganti muoiono dopo tredici anni e che il loro gigante può essere passato in eredità a un altro eldiano se questi lo divora o riformarsi in un nascituro dopo la loro morte; tutti i destini e le coscienze dei mutaforma sono inoltre collegati dal Gigante Fondatore, il quale, dopo essere stato usato dal primo re delle mura Karl Fritz per costruire le mura e cancellare la memoria ai suoi sudditi, impone il suo volere di pace ai discendenti della famiglia reale di Paradis.

Armin e Conny cercano di mettere in atto un piano per prendere l'idrovolante degli Azumabito dagli Jaegeristi senza fare vittime, ma Floch non si fa raggirare e vengono scoperti.